在告别了合众地区的艾莉丝和天桐后，小智与三色堇一起回到了真新镇，而在真新镇大木研究所这边，小智遇见了一位对他充满无限爱意和憧憬的女孩子—瑟蕾娜！而后，小智决定跟着瑟蕾娜与三色堇一起启程前往那个拥有着超进化小精灵的卡洛斯地方！带着皮卡丘以及从合众地方收服的其中五个精灵，开启全新的冒险篇章。与瑟蕾娜、希特隆、柚丽嘉等人的邂逅旅程才正要开始！（