朱元璋杀掉了胡惟庸废除了丞相制度但他并没有罢手他的眼睛又转向了掌握军权的大都督府。当时掌管都督军权的正是他的外甥李文忠事实证明在不信任大臣这一点上对自己的亲属他也一视同仁。他改组了大都督府把这个军事机构分成左、中、右、前、后五部分至于原来的统帅李文忠他也没有放过。
由于李文忠曾经指责过他滥杀无辜而且触怒过朱元璋朱元璋决定送佛送上天连李文忠一起杀掉。就在他准备动手的时候马皇后站出来阻止了他求他看在李文忠立有大功的份上留他一条命。朱元璋从不卖别人的面子但马皇后与他共过患难情深意重于是他听从了劝告放过了李文忠但仍严厉处罚了他并削去了他的职位。
处罚李文忠并不是一个单独事件它有着更深刻的含义。这件事告诉所有的大臣朱元璋在剪除异己这个问题上是有着大义灭亲的精神的无人可以例外。
胡惟庸案件牵涉的人越来越多在某种程度上已经演变为屠杀。那些办案的官吏们手持名单到各个衙门去找人找到就抓抓回就打然后逼供再根据逼供得到的名单去抓人。这些人权力极大即使衙门正在办公他们也能公然闯入抓走所谓的犯人。从而导致了很滑稽的现象往往官老爷刚刚还在堂上威风凛凛的断案这些人一进门就把那位仁兄从堂上拉下来拷上枷锁带走。下面的犯人也看得目瞪口呆。
侦办此案的线索来源主要是两个部门一个叫亲军督尉府大家可能对这个名称并不熟悉但要说到它后来的名字那可是无人不知无人不晓——锦衣卫。
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另一个其实并不能称为部门而只能叫群体这个群体的名字叫检校。他们没有固定的编制全部直接向朱元璋报告探听到的各种情况。他们是朱元璋最主要的耳目。这些人晚上不睡觉到处转悠从史料来看他们的窃听和跟踪手法十分高明。比如国子监祭酒宋讷有一天上朝朱元璋问他为什么昨天晚上不高兴宋讷大吃一惊。朱元璋拿出一幅画正是宋讷昨夜生气表情的画像。
这真是让人毛骨悚然要知道宋讷并不是睡在街上的他在自己家里生气这些检校不但一直在监视他还居然饶有兴致的把他生气的样子画了下来大家可以想象一下在没有照相机的当年深更半夜你坐在自家房里居然就在离你不远处（很有可能就在你家）有人正在一边看着你一边帮你画像。这种情节在现代恐怖片中倒是经常出现。
这些检校的来源也很复杂主要都是些社会闲散人员也有文武官员甚至还有朱元璋的老相识——和尚。这些人互相不认识只受朱元璋调遣。
这些人无孔不入捕风捉影制造了很多冤案正是有了这些人的帮助朱元璋在胡惟庸案件的办理上越来越得心应手杀人越来越多。
官员们惶惶不可终日牵涉的人也越来越多甚至连已经退休的人也被抓回来其中最著名的就是宋濂。