赵谦等到达南京的时候，已近端午，韩佐信邹维涟等心腹大员护送赵谦家人，从杭州到达南京，放弃杭州为中心，入驻南京。
朱徽娖住进了南京紫禁城，赵谦住在紫禁城端门和承天门外的广场西侧五军都督府，改名为军机处，仿照后来的清制，目的是架空内阁。
赵谦进入南京之初，就开始埋下**伏笔，以免以后内阁再现党争，在战争期间，党争是徒劳内耗。
南京紫禁城由明太祖朱元璋始建于元至正二十六年地址在元集庆城外东北郊,初称"吴王新宫",后又称"皇城".由于当时朱元璋尚未称帝,故新宫建筑规模有限,只有中路的外朝和内廷建筑,东西两侧空地均未兴建宫室.
新宫东西宽七百九十米,南北长七百五十米,有门四座,南为午门,东为东华门,西为西华门,北为玄武门.入午门为奉天门,内为正殿奉天殿,殿前左右为文楼,武楼.后为华盖殿,谨身殿.内廷有干清宫和坤宁宫,以及东西六宫.
洪武元年,朱元璋即位称帝,以应天府为南京,开封为北京,并于次年在凤阳兴建中都城.由于人力物力全被集中于中都城池和宫殿的兴建,因此南京宫殿的扩建工作再度终止.此后数年间只对已有宫殿进行了必要的维修.
洪武八年朱元璋放弃营建中都的计划,集中力量修建南京.此次修建,增设了午门左右两阙,在奉天门左右增加了东西角门,并增建文华殿,武英殿等建筑.
洪武二十五年再次增建,在皇城外增设宫墙,以新墙之内为皇城,原皇城改称宫城.在宫城前建造了端门,承天门,金水桥,形成"T"字型广场,向南直抵洪武门.广场东侧为五部(刑部在皇城之北的太平门外),西侧为五军都督府.
南京故宫修建时注意了风水的问题,以紫金山的富贵山为靠山,但是由于选址的局限,内廷部分是在被填平的燕雀湖上建造的,虽然采用了打入木桩,巨石铺底,以及石灰三合土打夯等方法加固地基,但日久之后仍然出现地基下沉的问题,宫内容易形成内涝,排水不易.同时宫城离外城过近,战时不易防卫.
建文四年,燕王朱棣攻破京师,建文帝出逃,马皇后在宫中**死.朱棣即位后仍居于南京皇宫中,但同时下令以北平为行在,准备迁都.永乐十八年,北京宫殿建成,次年朱棣迁都北京,此后南京宫殿不再使用,但仍作为留都宫殿,委派皇族和内臣管理.
军机处内（愿五军都督府），赵谦纠集心腹大员，商议新政府策略。
因找不到朱氏血脉，一部分官员建议赵谦自立称帝。
韩佐信和邹维涟一致认为不妥。
邹维涟道：“大人一再表示效忠明朝，今一夜之间便自立称帝，不可避免会造成南京政权内部混乱，一部分士林官员定会弃大人而去。此紧要关头，东夷与叛军大军悬于头顶，最重要是稳固南京，备战迎敌。不必自添麻烦。”
韩佐信也赞同邹维涟的意思，“大人初治南京，可先收取人心，巩固实力，待解除内忧外患，天命所归之时，谁敢逆大人言行？”
“大善。况我对大明之忠心未改，不忍弃明。”赵谦赞同韩佐信和邹维涟的意见，赵谦可不想过完皇帝瘾便被灭掉，“大明不可一日无君，现在天子的人选怎么办？”
众人议论纷纷，一时也拿不出好办法来，现在能找到的明朝血脉，就长平公主一个女流，拥立女皇，在中国显得不伦不类，是不可取的行为，所以一时没有对策。
最为紧迫的，是赵谦得知，武昌的左良文好像寻到了福王朱由崧，正在筹措登基的事宜。
左良文就是左良玉的弟弟，左良玉死后，左良文继承了他哥哥在武昌的军事实力和地盘，算得上很实力的一派军阀。
几年前，赵谦联军第一次征伐郑芝龙，左良玉中了赵谦的算计，冲前面当了炮灰。可以说，左良玉之死，赵谦负有不可推卸的责任。可想而知，现在武昌的左良文，认为赵谦乃他的弑兄仇人，完全谈不上好感。要赵谦奉左良文拥立天子的诏令，实在是很难，所以赵谦听说左良文要拥立新君，心里着实有些慌了。
这时小林在门口说道：“东家，高公公来了。”
赵谦忙从北面居中的椅子上站起来，走出府门，亲自迎接高启潜。
“高公，请里边坐。”赵谦对高启潜仍然很谦和热情，只是不必再像以前那样当干爹供着。
高启潜也知道今非昔比，对赵谦执礼道：“谢赵大人相邀，咱家是传公主殿下的话，殿下请赵大人入宫叙话。”
“好，我换身衣服，高公请稍候。”
不一会，赵谦换上了圆领官袍，着乌纱帽，和高启潜一并走向广场。
现在明朝官员最重要的标志服饰，便是圆领。因为满人官员的官袍是折领。
赵谦一边走一边问高启潜：“锦衣卫查访皇子下落，有线索了么？”
高启潜说道：“还没有，咱家觉得……皇子恐怕已经被李贼害了，不然为何不到南京，争取皇位？”
赵谦沉默片刻，低声道：“佐信等曾与我商议，如皇子被害，查无实据，可否……”
高启潜听罢脸上变色，他知道赵谦的意思，是弄一个长相想像的人冒充皇子登基，这狸猫换太子的事，可不是小事，高启潜听了心里是波涛汹涌。
赵谦也没有办法，他是绝对不想左良文挟天子以令诸侯的，但是别人已经有了皇家血脉了，自己要是想在这件事上有优势，除非是有崇祯帝的亲子，才能盖过去。
况且这事也不是没有可能的，只要高启潜等一干太监认同，还有长平公主认同，还是可能骗过天下的，毕竟古代的媒体并不达。就算被揭，手里有军权，大不了被逼自立。
赵谦入宫，可不像以前进北京紫禁城那样诸多限制，他现在是想进就进，昂挺胸，连佩剑也没人敢要求解下，直接按剑入宫。
高启潜和赵谦穿过奉天门，太极殿，到达内宫两仪殿，见了朱徽娖。
因为礼教的关系，现在又住进了皇宫，朱徽娖对礼节有所注意，坐于帘后。
赵谦叩拜毕。朱徽娖说道：“赐赵大人坐。”
太监为赵谦搬来椅子，坐于帘侧。众宫女太监退出，殿内只有赵谦朱徽娖高启潜三人。
朱徽娖在帘后道：“赵大人，国之大统，可有人选了？”
赵谦躬身道：“臣正在派人加紧寻找太子及诸皇子的下落，高公也在联络锦衣卫，明察暗访……”说罢看了一眼高启潜。
殿内默然了片刻，高启潜低声道：“咱家已寻得了三皇子（朱慈炯），近日便能接入宫中，与殿下团聚。”
这下惊讶的，该是赵谦了，他没有料到高启潜会如此干脆就将事情自个揽下了。其实高启潜也没有选择，要么和赵谦抱成一团，共图阴谋，要么无家可归。
而且高启潜分析了长平公主朱徽娖的态度，认为朱徽娖也会配合。因为赵谦如果没有皇子，极可能自立，她一个明朝公主，想要再享受现在的礼遇规格，恐怕很难。对她没有任何好处。
当然如果朱徽娖死不认同，高启潜还可以将责任推卸给其他太监，然后说自己看错了。
朱徽娖信以为真，泣不成声，以为真的可以看见自己的弟弟了。赵谦和高启潜对望一眼，默不作声。
“请高公公尽快迎三弟进宫……”朱徽娖哽咽着说。
高启潜紧张地跪拜道：“奴婢这就尽快去办，殿下请安心。”