政权由佩恩主导的雨隐村，则成为了晓组织的总部。
两年多后，孤岛也遭到了将再次全面展开行动的晓组织的毒手。
聚集在孤岛上的那些富商和权贵被洗劫一空，晓组织的活动资金瞬间充足，并且还富余了很多。
被拘禁在斗技场的血继忍者，则大多成为了蝎、大蛇丸还有卑留呼的素材。
不肯配合的御屋城炎，被佩恩天道活捉，成为了卑留呼鬼芽罗之术之下的祭品。
神农也依靠这些被拘禁在孤岛的忍者内心的黑暗，完成了零尾的培育。
废物利用的神农，还将孤岛上剩余的人抓去，充当空中要塞安克尔?班迪安的动力能源。
只待卑留呼完成最终实验，成为完美忍者，晓组织便全面展开尾兽捕捉行动。
从风之国海岸线派遣分身漂洋过海寻找新大陆的神原真司。
在茫茫大海上花费了大半年时间后，终于找到了与忍界大陆相隔茫茫大海的新大陆。
于是神原真司的分身，便在那片没有忍者，常年战乱的骑士大陆上，掀起了一场腥风血雨。
仅仅几个月的功夫，神原真司便横扫了骑士大陆上的所有武装势力，完成了统一。
神原真司以武力征服了骑士大陆上的人民，带来和平曙光后。
将龙脉深植于该大陆地脉之中，驱使龙脉以竭泽而渔的方式，疯狂吞噬骑士大陆上的地脉能量。
过程中，神原真司还收割了，曾在剧场版中出现过的海德一行人的研究成果。
以武力征服了骑士大陆的神原真司，建立了一个名为葬天的帝国，并将大陆名改为真原大陆。
并将真原大陆与忍界大陆之间相隔的海域取名为五龙海。
完成了统一大业的神原真司，没有花费太多心思在治理上。
因为在他的计划中，真原大陆将化为龙脉的养分，就算他治理的再繁荣，用不了几年也会崩塌。
毕竟当地脉能量完全被龙脉吸收后，真原大陆将成为不毛之地，迎来毁灭，不再具备成为人类居住地的条件。
不过即便如此，真原大陆还是有开发的价值，在用武力与手腕，构建起了一个统治框架后。
神原真司便将因战乱而失去父母和家人的孤儿聚集在一起，进行洗脑和培训。
除了教导忍术和进行思想教育之外，神原真司还将囤积的格雷尔之石拿出，让他们一一尝试匹配。
后面神原真司充分利用海德遗留从远古帝国王脉后裔手中夺来的格雷尔之书。
将之用在了一些天赋和资质不够，但思想觉悟很高，又颇为努力的少年身上。
培养出了一群能借助格雷尔之石的力量使身体变异为兽人形态的战力。
因完成系统任务而获得了一枚查克拉丹的神原真司。
在木叶和云隐大战即将结束，准备正式进行和谈的前夕。
用全部的英雄之水送服了查克拉丹后，在龙脉的协助下，疯狂吸纳格雷尔生命之源。
神原真司以格雷尔之石中带来的强大生命力来对抗英雄之水吞噬饮用者副作用。
再以瞬间提升了近百倍的查克拉与龙脉查克拉，来平衡体内疯狂攀升的生命。
再加上在过程中起到了中和与平衡效果的查克拉丹，这才使他熬过了这一关。