已经到了5月5日了，之前曾下达命令，限期于5月5日反攻夺下南昌。
第九战区代司令长官薛岳认为：“以南昌防御战后，尚未得到补充，而武器装备又远逊于敌人的部队，对武器装备占绝对优势而又依托防御工事的敌人，进行攻坚作战，不可能按主观决定的时间攻下南昌。”
但是，薛岳他不敢直接向提出不同意见，于5月3日曾致电陈诚陈述自己的看法。
薛岳曾说：“查南昌、奉新方面之攻击，自4月23日开始，已11天。因我军之装备等不及敌人，而敌人之重兵器、机械化部队与飞机等，能处处协力敌陆军之作战。因此攻击颇难摧毁敌之坚固阵地。现迭奉委座电令：我军作战之方略在消耗敌人，而不被敌人消耗，避实击虚，造成持久抗战之目的。故此次南昌之攻击，即在消耗敌人、避实击虚之原则下，预行设伏，采用奇袭方式，四面进攻，冀以最迅速敏活之手段，夺回南昌。”
薛岳又陈诚说“现时已持久，攻坚既不可能，击虚又不可得，敌势虽蹙，但欲求5月5日前攻克南昌，事实上恐难达成任务。除严令各部排除万难、不顾一切继续猛攻外，拟恳与委座通电话时，将上述情形婉为陈明。”
陈诚在5月5日，将薛岳的电报全文转报蒋委员长。
当时，桂林行营主任白崇禧，对限时攻克南昌的命令，也认为不符实际。
5月5日，白崇禧也致电蒋委员长及何应钦，婉转地提出不同的建议。
白崇禧说：“我军对敌之攻击，必须出其不意，始能奏效。今南昌之敌既已有备，且我军兼旬攻击，亦已尽其努力。为顾虑士气与我最高战略原则计，拟请此后于南昌方面，以兵力三分之一继续围攻，三分之二分别整理。在外则仍宣传积极攻略……”
两封电报的用意，都是“以子之矛，攻子之盾”，以作战指导不符战略方针为理由，希望蒋委员长改变限期攻克南昌的命令。
蒋委员长接到电报后，又得到陈安宝军长牺牲及进攻部队伤亡惨重的报告……
5月6日，日军第106师团主力，在飞机、坦克支援下，从南昌及莲塘夹击城郊的第29军。
激战至5月6日17时，第29军被包围，第26师师长刘雨卿负伤，军长陈安宝及第156团团长谢北亭牺牲。
第29军参谋长徐志勋及刘雨卿，根据战场实际情况，见已不可能完成攻占南昌的任务，为避免部队被歼，冒被蒋委员长杀头的危险，决定向中洲尾、市汊街突围。预备第5师化装便衣潜入城中的1个团，因无后续部队接应，被迫撤出。
面对着反攻南昌战役的不利现实，5月9日蒋委员长下达停止进攻南昌的命令。
其实这时的日军，此时亦因损失严重，无力反击了……
南昌会战，至1939年5月9日结束。
……
整个南昌会战中，中国合计损伤兵力5万2千余人，中国阵亡兵力不4万3千余人；日军
合计损伤兵力2万4千余人，日军死亡2千2百余人。
整个南昌会战中，中队与日军的损伤比例，高达19比1，也就是说，在南昌会战中，想打死一个日军，中国要付出十九个人的伤亡……
南昌会战，虽以战败失守南昌为结果，但是打破了日军想击溃中队主力的计划。
南昌会战，是正面战场进入相持阶段后，中日军队的首次大战，也是武汉会战的自然延伸和以后其它会战的前奏。
南昌会战，中队既未能在防御中守住南昌，也未能在反攻中夺回南昌。但它在军事、政治上的影响，却有积极的一面。
南昌会战表明日军虽然占领了武汉三镇，但既未能迫使国民政府屈服，也未能击歼中队的主力，更没有摧毁中国广大军民的抗战意志。
中队不仅继续进行抗战，而且还开始实施战役范围的反攻，这是“七七”事变以来的新发展，同时也证明国民政府军事委员会，在战略指导上确有改单纯防御，为攻势防御。
南昌失陷使得第3战区与大后方的联络陷于困境，军事补结只能依赖浙赣两省的公路线了，使东南各省未沦陷地区的处境更加困难。