不久之前火箭队占领了神奇宝贝之塔的顶端作为自己的基地，从那以后任何企图闯入神奇宝贝之塔的人都会遭到火箭队的攻击。面对火箭队的强力普通群众根本就无法与其对抗，当地一些有实力的训练家也尝试向火箭队发起挑战，而那些训练家自从进入到了神奇宝贝之塔后就在也没有回来过..一些群众也尝试在没有火箭队看守的时候进入神奇宝贝之塔，自那以后紫苑镇就多出了一条幽灵的传说，甚至还有人怀疑那些没有回来的训练家就都是死在了幽灵的手中。在人们的恐慌当中富士老人前往了神奇宝之塔与火箭队进行谈判，可富士老人却也如同那些训练家一样在也没有回来..
“我无法原谅火箭队那群家伙这样肆意妄为，还有可拉可拉的事，我一定会成功的！”
听过火箭队的事小智是彻底的愤怒了起来，这与火箭队三人组那随意就可以原谅的骚扰不同，这一次火箭队真的是太过分了，过分到让人无法去原谅。
..
“皮卡丘用十万伏特。”
皮卡丘纵身跃起，澎湃的电力开始在身前凝聚，就在身体即将落下的一瞬，强劲的电流化作无数的电蛇奔向了火箭队..电光闪过，包括火箭队派出的神奇宝贝以及火箭队本身都在皮卡丘这一记攻击过后晕了过去。
“走吧，皮卡丘。目标是塔顶！”
抱起了因这一击过后就已经开始微喘的皮卡丘，小智也是快速奔向了神奇宝贝塔的顶层。
一路上小智遇到了很多火箭队的小喽啰，这些人的实力尽管并不是特别的强，可却都能很好的利用神奇宝贝塔内的地形，给小智的神奇宝贝造成了不小的伤害。凭借着众神奇宝贝的强势，在清理掉了所有的小喽啰之后，小智也终于踏上了神奇宝贝塔的第九层，而出现在面前的已不在是那些任人欺负的小喽啰，而是被小智一直视为劲敌的小茂..