朝廷之中的暗流，文震孟不可能不知道，但作为内阁次辅，他必须顾全大局，有些时候就必须让郑勋睿忍受委屈了，几年时间以来，郑勋睿的所作所为以及取得的成绩是摆在眼前的，文震孟很清楚，郑勋睿的能力比他强太多，可惜这样的人才，注定是要遭受打击的。
浙党和东林党之间，已经有联合的味道，这主要是内阁首辅温体仁在尽力的拉拢人才，稳固自身的地位，譬如说在洪承畴负责剿灭流寇的事情上面，就是东林党的提议，得到了温体仁的赞同，要不然皇上也不会下旨。
不过朝廷之中，东林党和浙党之间的斗争还是存在的，可一旦牵涉到某个方面的利益，两方面往往能够找到一致之处，联合起来发力，对待郑勋睿的态度，就是最好的说明。
其实郑勋睿的能力，温体仁也是认可的，最关键的问题在于，郑勋睿与东林党势不两立，也不愿意攀附浙党，这就注定在朝廷之中成为孤独的一派，遭遇两方面的打压，东林党和浙党都很清楚，一旦郑勋睿真正的强大起来，他们都讨不到好，所以还不如趁着现在，狠狠的打压郑勋睿，让郑勋睿在朝廷之中没有出头之日。
这是一种很可怕的现象，这种现象的出现，也促使文震孟深思，他以前所奉行的道理是不是正确的，也正是因为这样的反思，让文震孟对郑勋睿有了更加深刻的认识，郑勋睿不攀附任何人，更是不愿意加入到所谓的东林党和浙党之中，这是很难得的选择。
最让文震孟寒心的，还是姚希孟的变化，两人本来是情同手足的关系，可以说是无话不谈，可因为郑勋睿的事情，两人之间的关系出现了裂缝，更加零文震孟没有想到的是，姚希孟竟然加入到对付郑勋睿的队伍之中，究其原因，无非是自身的颜面受到了不值得一提的伤害，到了这个时候，文震孟对姚希孟那种迂腐的态度，已经非常不满了，他甚至认为，姚希孟当年所谓的和阉党做斗争，是不是也包含有其他的味道。
当初讨论让洪承畴负责剿灭流寇的时候，姚希孟是大力支持的，而且是没有什么缘由的支持，可是看看如今的结局，南阳府城被攻陷，曹文诏战死，三千关宁铁骑被斩杀，如此惨烈的结局，姚希孟这个时候不说话了。
张溥、杨彝、张采、吴伟业、吴昌时、龚鼎孳等人，都是当年被文震孟看好的，特别是其中的张溥和吴伟业等人，可是看看他们进入到朝廷之中的表现，文震孟唯有感慨自己看错人了，偌大的年纪，见识还不如郑勋睿。
出于性格上面的原因，也处于根深蒂固的认识，文震孟不愿意和他人争执，在他内心里面，还是有着读书人为上的认识，不管是浙党还是东林党，都是读书人，既然大家是读书人，那就要顾及到自身的颜面，至于说和阉党之间的斗争，文震孟是不会客气的。
内阁讨论洪承畴奏折的时候，文震孟没有发表什么意见，他不想让郑勋睿捡这个烂摊子，崇祯元年至今，流寇一直肆掠，唯有郑勋睿出面的时候，彻底压制了流寇，让流寇四散而逃，面临被剿灭的结局，可就是这种大好的局面，却被朝中别有用心的人利用了。
文震孟认为，这个时候郑勋睿不能够参与到剿灭流寇的事宜之中，这明显就是浑水，若是郑勋睿立功了，明显会遭遇到不少人的嫉恨，若是不能够彻底剿灭流寇，朝中某些人更是有话说，所以最为明智的选择，就是继续担任陕西巡抚。
内阁讨论完毕，文震孟就给郑勋睿写信了，这一次写信，和以往有很大的不同，他将自身的分析，以及朝廷里面的诸多情况，全部都写出来了，如何判断这些局势，如何做出选择，文震孟没有在信函里面表露，他相信郑勋睿自身能够做出最好的选择。
文震孟也感觉到了温体仁的进攻，好几次在皇上的面前，温体仁毫不客气的弹劾了他，只不过皇上没有听从，温体仁在内阁首辅位置上面，接近两年的时间，势力慢慢的建立起来，态度和以前也不一样了，如此情况之下，文震孟不知道自己还能够在内阁次辅位置上面多长的时间，必须趁着这个机会，将所知道的情况告知郑勋睿，让郑勋睿做好一切的准备。
最为气愤的要算是杨廷枢了，他和郑勋睿之间的关系，谁都是知道的。
出任詹事府少詹事，接近两年的时间，期间内阁曾经提出建议，让杨廷枢到南京去主持翰林院的事宜，这个建议被内阁次辅文震孟否决了，这表明不仅仅是有人想着对付郑勋睿，也想着对付和郑勋睿关系最好的他了。
剿灭流寇的大好局势毁于一旦，杨廷枢感觉到憋屈，可惜他无能为力，退出应社之后，很多的压力让他喘不过去来，被提拔和重用的事宜，也看不见苗头。
这一次，杨廷枢忍不住了，直接给皇上奏折了，矛头直接指向了张溥和张采等人，说两人身为监察御史，不能够全面了解情况，贸然提出了弹劾奏折，致使朝廷误判，导致剿灭流寇的事宜，遭受了巨大的波折。
写出这个奏折，表示杨廷枢和张溥、杨彝、张采、龚鼎孳、吴昌时、吴伟业等人的矛盾公开化了，也等于是和东林党的争议公开化了。