在神奥传说中，整个宇宙，包括神奇宝贝世界，是由一位名为阿尔宙斯的神奇宝贝创造的。阿尔宙斯从虚无之地的蛋中诞生，是第一只存在于世界的神奇宝贝。接着阿尔宙斯创造出帝牙卢卡，帕路奇犽，还可能包括骑拉帝纳。阿尔宙斯分别给了帝牙卢卡与帕路奇犽掌控时间与空间的能力，而骑拉帝纳则掌控反物质的能力，它存在于另一个次元之中。接着，在世界诞生之初，阿尔宙斯创造了亚克诺姆，由克希，和艾姆利多，分别代表共存于现代的人类和神奇宝贝之中的意志、知识与感情。它们生存于今天被称为立志湖，睿智湖，心齐湖的湖泊的异空间里，被称为湖中的传说神奇宝贝。在此期间，梦幻在神奇宝贝世界诞生，并包含了当时及未来存在的全部神奇宝贝的遗传基因。
固拉多与盖欧卡的大战
很久很久之后，固拉多从地底的岩浆中诞生，盖欧卡在深海的海沟中出现，烈空坐则形成于臭氧层的物质中。烈空坐在臭氧层中盘旋，偶尔也会来到天空之柱休憩。固拉多和盖欧卡分别扩张着大陆与海洋。两只超古代神奇宝贝终于碰面，带来了为争夺在神奇宝贝世界之初的优势而进行的激烈战斗。烈空坐最终平息了这场战斗，并使得固拉多与盖欧卡回到各自长眠的洞窟中。为了防止两只超古代神奇宝贝再度醒来，红色宝珠与蓝色宝珠被制造，并保管于送火山。当时，梦幻在世界各地出现，有相当多的分布数量。除此之外，神奇宝贝世界中出现了天冠山一类的地块，随着雷吉奇卡斯在陆地间的移动，形成了各个地区，在天冠山周围形成的是神奥地方。在这场造山运动中，神奥地方的东北部出现了严酷山，在其中的岩浆中诞生出席多蓝恩。阿尔宙斯创造了金刚玉魂、白玉魂和白金玉魂，之后进入了长眠之中。
远古时代的未知图腾
许多年之后进入了史前时代，并出现了多种存在于那个时期的神奇宝贝。考古学家已证实这些神奇宝贝分布于各个陆地，在今天形成了化石并包含着神奇宝贝的遗传基因。这一时期可能梦幻的数量开始减少，世界上更多地存在其它种类的神奇宝贝。除了神奇宝贝之外，神奇宝贝世界上还出现了人类。
在石器时代、冰河时代和铁器时代，分别出现了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁，它们藏于丰缘地方，并作为打开在切锋神殿雷吉奇卡斯封印的钥匙。
烧焦塔在被烧毁150年之后
约3000年前，卡洛斯地方发生战争。当时的国王AZ的神奇宝贝朋友花叶蒂死亡。AZ因而开发出了最终兵器。
1500年前，最早的文字书写方式在阿露福遗迹、阿斯卡纳遗迹和随意遗迹出现。考古学家尚不能确定未知图腾和这种书写方式究竟哪个最先出现，但显然它们之间有某种关联。在此时期，鲤鱼王的种群发生突变，成为了最脆弱的神奇宝贝。