刘泽清在瓜洲没派一兵一卒去扬州，尽筑营寨了，瓜洲是长江要塞，有军堡一座，刘泽清在堡外又筑营寨，挖壕沟五道，拒马无数，各式铳炮数百，清军连攻了五日，伤亡数千，只是攻占了一条壕沟。
望着明军连绵不绝的壕沟与营寨，清军只能望之兴叹。
阿济格部渡江未果后，渡江东进，与多铎部于扬州会师，会消除瓜洲刘泽清部的威胁，阿济格所部前往瓜洲，强攻营寨。
刘泽清一向以逃跑见长，眼看自己要守不住了，跑也跑不了，忙向南京告急。
此时的南京，汇集了浙江、江西等地诸路勤王兵马六万余人，于是分兵三万于镇江渡江，增援瓜洲，余部随同水师沿运河北上，准备直捣扬州城下。
瓜洲纯粹是阵地战，经过增援，抵住了清军的轮番进攻。而沿运河北上的明军则遭到了清军的阻击。明军依托运河上的炮船，水陆并进，打的极是艰难。
扬州城，马世奇站在城头用千里眼观察清军围城工事，这几日清军攻城强度大大降低，虽然工事外旗帜依然招展，但在千里眼的观察下，很明显，清军分兵了。
于是回报皇帝，朱慈炯旋即召集群臣诸将议事，把清军分兵之事与大家一说。
兵部郎中贸子安奏道：“臣以为清虏分兵，是为好事，鞑子攻不破扬州，所以只能分兵南下，有长江天险，正适合我军各个击破。”
刘肇基面有忧色：“就怕京城抵挡不住，则万事休矣！”
左懋第起身奏道：“臣以为不必多虑，江南尚有大军百万，月余之内，得勤王兵马数万，守住京城不成问题。”左懋第率义勇至扬州后，一直在把守旧城南面诸城门，多次击退清军进攻。
史可法道：“太后执政有方，多有威仪，必能聚拢人心，南京应当无虞，眼下，倒是该计议咱们这扬州该如何是好”。
朱慈炯见众人都觉得清军应该攻不破南京，这才放心不少，见史可法这么说，便询问马世奇：“城中粮草军械所剩如何？”
“臣自到任以来，不敢忘皇上所托，所存粮草够支取至明年，军械无算”。
朱慈炯很不喜文人这种春秋笔法，什么军械无算，到底是多少也不清楚，就说道：“明日将粮草军械一应物资，列个条陈，朕要阅看”，马世奇忙称是不提。