正月十六，朱慈炯终于回到了南京，虽然在扬州只是被围了半年多，但却有种在牢里关了几十年的感觉，回到南京有种阔别已久的感觉，半年不在，南京倒是令人有一种焕然一新的错觉。
朱慈炯回了宫，首先就去拜见太后张嫣。
去了坤宁宫，朱慈炯见了张嫣，已是说不出话来了，只是行礼道：“儿臣回来了”，一句话说完已是满眼泪花。
张嫣用丝巾撇了撇眼角，道：“回来就好，回来就好！”又虚扶了一把，“皇帝快快起来”。
见此情景，几位伺候的宫女在角落也暗暗擦着眼泪。
回京的第一件事，朱慈炯便是召集内阁、部分勤王将帅，举行了弘光朝最大的一次军事会议，经过讨论，会议定下来今后几年的军事战略，即“固守江淮、严守长江、徐图中原、暂缓北伐”。
眼下，清军八旗北还去草原平叛去了，即便是从扬州跑到蒙古，一个来回没有一年半载也是来不了的，剩余的大股兵力都在湖广一带与顺军对撕。
左梦庚去年年底曾上奏南京，报告“闯逆伪高太后携伪帝李明清率贼军与清虏战于郧荆（指湖广郧阳府、荆州府）”。
朱慈炯对此呵呵一笑，对着群臣道：“李逆真是死了也不甘心，给儿子起名也要把李姓放在明、清的前面”。心中不由暗爽，李自成应该是有不孕症，不然不会娶了三个老婆都没有孩子。这李明清是由西毒组织“运作”出来的，如果李自成知道自己唯一的儿子竟然是隔壁老王的，不知道会不会气的活过来！
眼下，明朝应该借此能争取到一到两年的修养期，这段时间应该好好巩固下江淮的防御。
二月初，马世奇上“请招流民屯垦筑堡疏”，由于江淮一带因为半年来的大战，已是一片白地，尤其是徐州一带，几乎已是渺无人烟。郑鸿逵收复徐州后，修复了徐州部分城墙。马世奇奏请在自己的江淮巡抚辖区内，招募流民屯田耕种，并修筑堡垒群。
奏疏被史可法等人赞为“中肯稳妥之策”，因为眼下马上就要春耕，奏疏很快就被批复，并下发扬州。马世奇一收到行文，便立即动手招募山东、安徽、河南等地的流民，分散到江淮各地安置。
以十户为一队、百户为一旗，实行“抽丁保甲法”，即由官府给农民田地耕种，每户出一丁，忙时农耕，闲时则筑堡练兵。以一村一小堡、二十里一大堡为基准，建立起江淮的堡垒群。
二月初六朝会，朱慈炯询问朝臣：“朕决定将此次扬州大战殉国的将士们的骨灰带回来葬于南京，不知道诸位爱卿觉得葬在哪座山上比较好？”
由于尸骨太多，无法将尸骸运回南京，便只能将一名名战死的士兵烧成灰，装在坛子里，封号，贴上有姓名、籍贯的纸，装车运回南京，朱慈炯计划将他们葬在南京附近的山上，以表彰他们为国做出的牺牲。
朱慈炯又问道：“诸位觉得紫金山如何？”
礼部侍郎黄道周急忙出列道：“皇上，万万不可，紫金山速来有乃我大明龙脉一说，西有孝陵，北有中山王、开平王陵，将将士们葬于紫金山则于礼有所僭越了”。
朱慈炯心道，难怪后世的中山陵建在紫金山，原来还有龙脉这么一说，紫金山对于大明看来非同一般。