首先，洛克强调，对上帝的信仰和拯救是人们内心里的事情。不可能通过政治的强制手段来达成。这种灵魂之事的标志在于每个人发自内心的虔诚和德性，需要在和自己的欲望与欠缺的斗争中形成。任何一个不关心自己的拯救的人，怎么可能关心别人的拯救?那些靠暴力手段强迫别人信仰的人，并不是出于对别人的爱或友谊，而是出于权力欲，这是一种非常不符合教廷精神的世俗欲望。只有异教徒才会用武力来强迫别人信某种宗.教，教堂徒必须靠理性来让人向善。
我们前面已经看到，新教各宗派不仅没有减弱宗.教迫害，甚至还大大加强了宗.教迫害。为什么同样是从新教教义出发的洛克，会得出和这些新教徒完全相反的结论呢?果真像洛克说的那样。这些新教徒根本就没有理解新教的真正含义吗?
其实。洛克对信仰和拯救的理解。和那些迫害异教徒的新教徒并没有根本的不同。洛克同样认为，只有教廷信仰才是唯一正确的宗.教信仰，只有新教所提倡的“因信称义”才是真正恰当的宗.教态度;在宗派林立的新教中，他也相信存在着真假正误的区别。但是。洛克和那些宗.教迫害者根本不同的一点在于，他认为，真正的教堂徒，不应该以友爱的名义，强迫别人像自己一样信仰，而是要在理性上战胜或劝化别的教派。
如果说那些迫害别人的新教徒都只是出于权力欲，宗.教只是他们争权夺利的借口，这一定是过于简单的讲法。大多数真诚的新教徒本来就是出于虔诚的信仰，才坚定地认为自己的宗.教是唯一正确的;而他们之所以要强迫别人改宗。也是真诚地出于坚定的信仰，想帮助别人获得救赎。否则，我们就无法理解，为什么那些在欧洲倍遭歧视的教徒，到了美洲还要建立唯我独尊的官方教会。洛克同样认为。教廷的信仰才是真正的信仰，而且在千差万别的教派当中，一定有对的也有错的;教派纷争的局面，并不利于纯正的教廷的发展。不过，他认为，任何教派都不能因为这一点，就用政治手段强迫别人改宗，上帝并没有赋予任何人这样的权利，而且任何人都不能武断地认为，自己的信仰就比别人的更正确。最后的审判权在上帝那里。他的一个重要理由是，既然那些异端在末日审判时会遭到上帝的惩罚，此时的人们又何必越俎代庖，做这种费力不讨好的事情呢?
洛克把“因信称义”的神学理论推到了极端。但是，我们前面看到，就连路德宗和兹温格利宗都没能坚持政教分离的立场，而是陷入了宗.教迫害的陷阱中。那么，洛克和美国的洛克主义者为什么能如此坚决地贯彻宗.教宽容的主张呢?这还来自他的另一套思想资源：社会契约论。
洛克认为自然状态中的人拥有上帝赋予的自然权利，但是自然状态必然会演变为战争状态。为了避免战争状态，同时又维护上帝赋予的这些权利，人们需要结合成政府，并通过社会契约，把某些权利转让给政府。但是，那些来自上帝的基本权利是不能转让给政府的;政府不仅无权，而且没有能力干预这些权利，而只能从外部保护。在洛克看来，宗.教信仰，当然是上帝给人的最重要的权利之一。那么，只有上帝有权干涉人的信仰问题，而政府是不能插手的。因此，“我认为下述这点是高于一切的，即必须严格区分公民政府的事务与宗.教事务，并正确规定二者之间的界限』话菩±既脑亩?ahref="http://www.iei8.net/"target="_blank">http://www.iei8.net/谖铱蠢矗沂怯扇嗣亲槌傻囊桓錾缁幔嗣亲槌烧飧錾缁崾俏四鼻蟆⑽ず驮鼋衩亲约旱睦妗Ｋ焦窭妫抑傅氖巧⒆杂伞⒔】岛图膊∫约岸灾钊缃鹎⑼恋亍⒎课荨⒓揖叩韧庠谖锏恼加腥ā换爱黄小兰全文阅读闭胃静荒芤膊挥Ω貌迨至榛暾鹊奈侍猓蛭谝唬八裁挥性鸪晒俪け人烁嗟乩凑乒芰榛甑氖隆Ｎ铱梢杂蒙系鄣拿逅担⑽词谟杷庵秩Α换爱黄小兰全文阅读钡诙罢乒芰榛甑氖虏豢赡苁粲诿袷鹿俪ぃ蛭娜鱿抻谕獠苛α浚空娴暮途仁赖淖?教则存在于心灵内部的信仰，舍此没有任何东西能够为上帝所接受』话菩±既脑亩?ahref="http://www.iei8.net/"target="_blank">http://www.iei8.net/钡谌傲榛暾鹊氖虏豢赡苁粲诠俪ふ乒堋Ｒ蛭戳罘珊托谭５耐δ芄凰捣透谋淙说乃枷耄慈晃拗谡攘榛辍换爱黄小兰全文阅读?br/>
宗.教改革虽然从神学上规定了因信称义的基本立场，但是传教与发展的实践使虔诚的教徒不断滑入宗.教迫害的泥潭之中。宗.教迫害所带来的血腥争斗，并不能消除宗.教纷争。鉴于这一情况，社会契约论者洛克清醒地看到，要在根本上消灭宗.教纷争，不能靠一派吃掉另一派的方法，而必须使宗.教与政治从根本上分离开来。放弃了宗.教权力的政治可以走上最现实和最理性的实践道路，放弃了政治权力的宗.教，可以使灵魂的事回归到灵魂本身。而不必再借助于不属于灵魂的政治武器。
洛克结合了因信称义的神学和社会契约的政治理论。提出以政教分离来解决宗.教问题的主张。成为第一个提倡宗.教宽容的政治哲学家。美国这个有着深厚的新教传统，而又主动把自己的立国原则奠基于自然权利和社会契约论治上的国家，所提倡的宗.教宽容，当然有着浓重的洛克色彩。
美国国父们并不是一开始就一致主张宗.教自由的。美国宪法第一修正案中的宗.教自由条款。也是在经过了各方反复的磨合与论辩之后，才最终形成的。
在宗.教问题上最保守的，当属乔治?华盛顿和约翰?亚当斯。他们认为，官方宗.教制度会成为新生的合众国的道德基础，于是在很多公众场合诉诸教廷教义。华盛顿甚至明确要求，美国.军队要向上帝发誓。虽然他们也不乏反对宗.教迫害的言论，但他们还是要依靠宗.教制度来维护社会稳定。
不过，国父中的大多数人认同宗.教自由。虽然他们可能出于相当不同的原因，但其基本观念。都秉承了从洛克到《独立宣言》中所强调的天赋人.权说，即，上帝赋予了人们不可转让的自然权利，其中包括宗.教信仰的权利。更加强调民主制度的，担心官方宗.教会破坏民主政治;更加强调宗.教自由的。担心政治的干涉会破坏人们的宗.教信仰。因此，他们大多同意，政教必须分离，宗.教自由必须得到保护。
在宗.教自由问题上的第一步实质举措，应该是弗吉尼亚州对宗.教自由问题的开创性规定。我们前面已经看到，弗吉尼亚1606年建立的圣公会，是北美殖民地中的第一个官方教会。针对弗吉尼亚的这一问题，梅森、麦迪逊、杰佛逊都先后尝试提出保障宗.教自由的法律形式。
1776年，梅森起草了《弗吉尼亚权利宣言》，这一天才的文件在很多方面都成为后来《独立宣言》的蓝本。而其中第十六条对宗.教自由的表述，更是美国宗.教自由的最初法律形式。在梅森的草稿中，这一条是这样写的：“宗.教，或者说我们对我们的造物主所负的责任，以及传播它的形式，只能靠理性和说服来指导，而不能靠强制或暴力;因此，在宗.教活动中，任何人都应按照良心的指挥，享有最充分的宽容，不能受官长的惩罚和限制，除非有人在宗.教的幌子下破坏社会的和平、幸福和安全。这是所有人相互实践教堂徒的忍耐、爱和仁慈的责任』话菩±既脑亩?ahref="http://www.iei8.net/"target="_blank">http://www.iei8.net/闭庖晃募竦昧斯惴旱娜峡伞５牵蟮涎啡慈衔飞赜玫穆蹇说摹翱砣荨币淮什煌住Ｒ蛭飧龃拾凳荆承┤嘶蚰掣龌褂凶?教上的特权，他们居高临下地宽容那些不属于这一机构或教派的人。因此，这个词就没有把宗.教自由当作自然权利的一部分，无法使所有公民享有充分的平等和自由。于是，麦迪逊把这一条修改为：“宗.教，或者说我们对我们的造物主所负的责任，以及传播它的形式，只能靠理性和说服来指导，不能靠强制或暴力;所有人都有权根据良心的指挥，充分而自由地进行宗.教活动;没有人或人群应该因为宗.教而得到某些薪俸或特权……”
麦迪逊的这一稿不仅改掉了梅森稿中的“宽容”一词，而且其矛头直指弗吉尼亚的官方教会圣公会，遭到了很多弗吉尼亚人的反对。于是，麦迪逊只好退一步。删去了关于宗.教特权的句子。但这一文件的最终形式还是保留了他针对梅森作的修改：“宗.教，或者说我们对我们的造物主所负的责任，以及传播它的形式，只能靠理性和说服来指导，不能靠强制或暴力;所有人都有权根据良心的指挥，充分而自由地进行宗.教活动;这是所有人相互实践教堂徒的忍耐、爱和仁慈的责任』话菩±既脑亩?ahref="http://www.iei8.net/"target="_blank">http://www.iei8.net/?br/>
在很多方面参考了《弗吉尼亚权利宣言》的杰佛逊并没有把宗.教内容写进《独立宣言》。但是，1779年，他在弗吉尼亚议会上提出了著名的建立宗.教自由的法案，把宗.教自由问题进一步推进到具体的立法之中。
杰佛逊首先提出主张宗.教自由的原因：“首先，人们的意见和信仰并非来自自己的意志。而是来自其心灵所能接受的外界迹象』话菩±既脑亩?ahref="http://www.iei8.net/"target="_blank">http://www.iei8.net/闭庖惶踉诤罄赐ü囊榛嵛募猩救チ恕５庖淮忻飨缘穆蹇撕奂５恼苎е髡拧１砻髁私芊鹧匪枷氲母丛有裕矗⒉皇俏拊虻刂髡抛杂梢庵荆前研牧槎酝獠渴挛锏谋欢邮苡胱杂梢庵鞠嘟岷稀６庖磺械母础６荚谏系勰抢铩Ｓ谑牵艚幼沤渤隽说诙鲈颍骸叭艿纳系鄞丛炝俗杂傻男牧椋⑷眯牧楸３肿杂桑皇苋魏卧际南拗疲源酥っ魉奈奚弦庵尽换爱黄小兰全文阅读币蛭系鄹秤枇俗杂傻男牧椋裕耙磺杏檬浪椎某头换爱黄小兰全文阅读⒏旱换爱黄小兰全文阅读峁褡矢窭从跋煨牧榈钠笸迹换嵫尚槲焙捅氨傻亩裣埃俏シ次颐堑淖?教的神圣创造者的意图的。宗.教的神圣创造者作为身体和心灵的主宰。不喜欢使用压迫两者中任何一种的手段来传播宗.教，尽管无所不能的他完全有能力这样做』话菩±既脑亩?ahref="http://www.iei8.net/"target="_blank">http://www.iei8.net/被谏鲜鲈颍芊鹧啡衔切┌研叛銮考痈鹑耍衔约旱囊饧退嘉绞绞俏ㄒ徽返谋曜嫉牧⒎ㄕ吆屯持握摺２宦凼浪椎幕故墙袒岬模涫刀际遣或系模撬⒌亩际俏弊?教。而这样的立法者和统治者却遍及世界的各个部分，也存在于历史上的多数时期。强迫人们向自己不信的教会交纳钱财，就是有罪的和僭政式的;强迫人们支持某种宗.教教条，也是剥夺其固有的宗.教自由。无疑，杰佛逊这里明确批评了弗吉尼亚的圣公会及其宣教和征税办法。
除去关于信仰自由这种自然权利的主张外，杰佛逊和洛克一样，诉诸政教分离的观念，并批评弗吉尼亚对公职人员的宗.教信仰的要求。他说：“我们的公民权利不依靠我们的宗.教见解，就像不依靠我们的物理学或几何学见解一样;因此，一个公民除非表明信仰或不信仰这种或那种宗.教，否则就被剥夺公民权，宣称他不知的公众信任，没有资格担任有报酬的公职，这种做法等于是剥夺他和他的公民同胞一样因自然权利而具有的特权和利益』话菩±既脑亩?ahref="http://www.iei8.net/"target="_blank">http://www.iei8.net/弊匀蝗ɡ纠淳屠醋陨穹ǎ虼耍嶙匀蝗ɡ簿褪琴翡铝松穹ǎ敲矗坝寐⒍鲜郎系娜儆捅ǔ甑陌旆ɡ椿呗改切┍砻嫔闲叛龊妥穹钜恢肿?教的人，实际上是败坏本来想予以鼓励的那种宗.教的原则』话菩±既脑亩?ahref="http://www.iei8.net/"target="_blank">http://www.iei8.net/彼徊街赋觯骸叭嗣堑囊饧皇枪裾闹霸鸱段В皇芩墓芟?听任行政长官在意见领域内滥用权力，随便假定一些原则或清香不亮就不准信仰或传播，这是一种危险的错误，会立即把全部宗.教自由回调』话菩±既脑亩?ahref="http://www.iei8.net/"target="_blank">http://www.iei8.net/辈还芊鹧坊故歉诜浅Ｊ逼诟稍ぷ?教事务留下了一点余地：“当一些原则突然变成公然破坏和平与秩序的行为时，公民政府为了其正当目的应要求其官员进行干涉』话菩±既脑亩?ahref="http://www.iei8.net/"target="_blank">http://www.iei8.net/?br/>
上述这些论证，与洛克在《论宗.教宽容》中的说法如出一辙，一方面是基于新教这种“良心宗.教”的理解，另一方面是基于自然权利与社会契约论的政治哲学观念。于是，杰佛逊代表州议会提出，“我们，弗吉尼亚州议会兹规定，不得强迫任何人举行任何宗.教礼拜仪式，或资助任何圣地或牧师，也不得由于其宗.教见解或信仰而对其人身或财产施加限制、强制或折磨，一切人均可自由表明并通过说理坚持其宗.教见解，决不可因此而缩小、扩大或影响其公民权』话菩±既脑亩?ahref="http://www.iei8.net/"target="_blank">http://www.iei8.net/?br/>
在这份法案的结尾，杰佛逊指出，虽然按照法律规定，他们这一届议会无权限制以后各届议会的行为，因此不可宣布这份法案是不可撤销的，但他还是强调，这里所宣布的，乃是人类的自然权利，以后谁要撤销这项法案，那就是对人类自然权利的侵犯。
杰佛逊所提出的这一法案在弗吉尼亚得到了广泛的支持。1786年初，弗吉尼亚议会通过了这一法案。到这个时候，不仅梅森那里含义模糊的“宽容”概念不见了，而且，麦迪逊遭到反对而不得不删除的内容，也被加进了法律规定之中。宗.教自由问题，首先在弗吉尼亚取得了丰硕的成果。
在1787年通过的美国宪法中，并没有关于宗.教自由的条款，也没有任何关于个人.权利的规定。在制宪会议中，很多代表就对此表示了异议。当时对此的一般反应是，对人.权的规定是没有必要的，因为国家本来就没有限制人民自由的权力。比如，宪法里没有赋予联邦政府限制言论的权力，为什么还要规定人民有言论自由的权利?宪法里没有规定联邦政府有宗.教迫害的权力，为什么还要规定人民有宗.教自由的权利?
作为美国宪法之父的麦迪逊并没有认为这些权利是不重要的，但是他还是没有把各州代表们提出的权利法案写进宪法正文，因为他担心，这样就会使反联邦党人借机抬头，破坏联邦党人已经取得的优势，从而破坏国家的稳定。因此，梅森等反联邦党人虽然极力呼吁加入权利法案，1787年宪法里还是没有相关的规定。