通关拳皇95之后，秦风本来想继续挑战拳皇96的，要知道，这一部才是拳皇最巅峰的开始。
拳皇96大会不再是如同前两年一般的迷雾重重，而是由无数的大企业赞助的世界性格斗大会。预选赛在世界各地召开，强手如云的9支队伍当中，免不了出现大家熟悉的面孔，公开的初赛也让大家兴奋不已。然而这中间也有令人惊讶的出现，由比克（MR.BIG）、克劳萨（KRUSER）、吉斯（GEESE）这三位曾几何时想要称霸世界的人物，也组成一支强劲的队伍参加。他们的目的，是铲除波格兄弟和极限流空手道的继承者吗？还有与迷一般的两位女性组队再度参赛的八神庵，和京有着隔世宿怨的他到底会怎么行动？这使得公开的拳皇96也笼上了一层阴影。
拳皇96到了尾声，主办者神乐千鹤现身。原来她和京、庵一样，同是传说中的三神器之一的守护者。天国神族八杰集四天王之首的息吹暴风高尼茨复活了，要解开大蛇OROCHI的封印，将世界推入毁灭。为了阻止他的野心，神乐举办了拳皇96寻求天下强者联手应敌，主要目标就是京和庵。
充满正义感的京自然会答应她的请求，但是庵呢？他怎么可能和京联手？更何况，从暴风口中得知，其实他也不是人类，而是神族的王子！（好神奇的展开，我一直无法理解高尼茨是怎么说出口的。）
然而经历种种曲折，两位宿敌终于暂时站在了一起，大蛇薙和八稚女交相辉映，与暴风展开了血战，三股力量交相辉映，连天地都发出了颤抖。终于暴风败了，化做清风飞向天国，不过最终飘散在风中的大蛇一族的血液似乎影响了莉安娜以及八神庵……
京和庵再次回复了对立。八神抑制不了体内汹涌澎湃的力量，陷入了疯狂状态。对身边的人展开了残杀……
这便是拳皇96的故事，但是这其中有多少强者呢？三神器、八杰集的三位、比克（MR.BIG）、克劳萨（KRUSER）、吉斯（GEESE），这些人物会给秦风带来怎样的卡片？可惜秦风选择游戏，并没有进入游戏，只有等级不够无法进入的提示。
“96都不行了，那么97不就更加不行了。”拳皇97拳皇的最巅峰，直至今日，KOF97在全国各地街机厅也依然长盛不衰。
一九九六年——众格斗家的决胜战之后，高尼茨突然出现的破坏引起了很大的回应，市民争相希望了解，当天究竟发生了什么事情。主办机构亦忙于向那次特别事件作出解释（说是由恐怖分子引起的事端）及处理善后的问题。
K.O.F.96大会的成功，不单引起了格斗潮流，更引起了数间巨大企业的兴趣，并以赞助者的名义期望举办K.O.F.97，K.O.F.97之声势就此日渐壮大。在一遍群情汹涌下，K.O.F.97正式落实举行了。大会决定举办后，世界各地的武道家都会纷纷云集。在大赛前，与草薙京有着宿世姻缘的女友雪登场，同时京的徒弟——十分仰慕他的矢吹真吾也出现在大众面前，京传授了他草薙流古武术。
（值得一提的是京的徒弟完全是个渣，也许是因为他没有草薙家的血统的原因吧。）
经过激烈比赛，大会结束，此时庵、莉安娜体内的邪恶力量突然爆发。在击败暴走的两人后，在大会中引人注目的七枷社、夏尔米、克里斯登场，这三人的真正身份竟然是大蛇一族的四天王。
一番激战后战胜了三人，而这时候大蛇藉克里斯的身体转生成功！但是由于祭品的不足，大蛇的力量只是复苏了40%，但他仍然是传说之中最强的暗黑力量主人——大蛇OROCHI，他终于出现了！最终力量严重缺失的OROCHI败于三神器的京、庵、千鹤的手上。即使如此三神器依旧重伤，大伤元气的庵被千鹤救回神舍修养，而重伤的京则被N.E.S.T.S.组织生擒回去，成为制造复制人的素材……