但是，方腊还是担心赵构率领大军追击，命令方杰且委杜微押住阵脚，却待方腊御驾先行，方杰、杜微随后而退。方腊御驾，回至清溪州界，只听得大内城中，喊起连天，火光遍满，兵马交加，却是李俊、阮小五、阮小七等人在清溪城里放起火来。
方腊见了，立即率领御林军马，来救城中，入城混战。
赵构眼看方腊急匆匆的离去后，再从容不迫的追击，赶到清溪，看见了城中起火，就知道李俊等人已然得手。接着，赵构再下令众人分头杀入城中，帮助李俊等人。此时，卢俊义军马也刚好度过山岭，直奔清溪县城，两军呼应更是杀的南军节节败退。
方腊见宋军两路大军汇集一处，又杀入城中，知道清溪县城已然失陷，就算是知道自己会败也不可能败得如此之快，只不过片刻功夫，就发生了如此多的事情。迫于无奈之下，方腊只得任命方杰带领大军保驾，直接逃到帮源洞躲避。
阮小七带领大军杀入内苑深宫里面，搜出一箱，却是方腊伪造的天平冠、衮龙袍、碧玉带、白玉、无忧履。阮小七看见上面都是珍珠异宝，龙凤锦文，心里想道：“这是方腊穿的，我便着一着，也不打紧。”
于是，阮小七便把衮龙袍穿了，系上碧玉带，着了无忧履，戴起平天冠，却把白玉插放怀里，跳上马，手执鞭，跑出宫前。三军众将，看见有人穿着龙袍，还以为是方腊，一齐闹动，抢将拢准备拿下他，却发现是阮小七，众人皆是大笑。
赵构皱着眉头，他知道龙袍乃是皇上穿戴的，就算是方腊是自己称帝，在这里他的确是皇上，有这个资格。但是，阮小七却穿上，只怕有些不妥当。宋江、卢俊义、吴用等人见了也是大吃一惊，立即让他下马脱去衣裳，换回自己的衣服，他们都知道这是禁忌，要是被当今皇上知道，只怕是一件祸事。
宋军大队人马都已经进入清溪县，众人杀入方腊宫中，收拾违禁器仗、金银宝物，搜检内里库藏，就殿上放起火来，把方腊内外宫殿，尽皆烧毁，府库钱粮，搜索一空。宋江会合卢俊义军马，屯驻在清溪县内，聚集众将，都来请功受赏。
只不过清溪县城一战，阮小五被娄丞相杀死，方腊麾下的文武大臣也全部都被生擒活捉住，共计九十二人。赵构安抚百姓，张贴榜文追踪逃脱的杜微、娄丞相二人。只不过，杜微这厮甚是倒霉，原本躲在倡妓王娇娇家，想要逃出生天，却被家中奴仆告知，最后也是被赵构杀了。
“元帅，为何不继续追击？”卢俊义疑惑的问道。
赵构回道：“我军攻破清溪县的确是可喜可贺之事，只不过大军舟车劳顿，将士们都已经疲惫了，尤其是与你随行的将领，身心俱疲。若是再继续追击，怕是又要厮杀一番。若是这样的话，我军士兵又要增添几人陪葬了。”
“既然我军夺得清溪县，方腊这厮也无处可逃，成为瓮中之鳖。只不过，方腊此人的武功的确不弱，要是兄弟们与之战斗，怕是又有死伤。这一次我们出征以来，兄弟们死伤惨重，不能再冒险了。”
“如今，我军已然胜券在握，南军被我军打得溃不成军，只怕是惊弓之鸟罢了。既然如此，何不休整一日，明日再派兵追击，料想南军也无路可逃了。现在，我们要做的就是真正的活捉方腊。”
卢俊义等人闻言，皆是点点头，也觉得有些道理，故而都下去歇息去了。
次日，赵构率领大军直接抵达帮源洞口，大军将之团团围住围住。方腊麾下将领只剩下方杰一人，士兵也是所剩无几，不敢出去迎敌，只得坚守不出。
宋江问道：“元帅，方腊此贼坚守不出，我军又无路可入，该如何是好？”
赵构笑道：“宋先锋放心，只怕方腊比我们更加着急。虽然此洞乃是他起义之地，也不曾留有足够的粮米，而且兵力不足，时间长了必然是忍受不住，只怕到时候会自己走出来，那时候我们再来擒拿，现在只需要守株待兔就好，不必心急。”