刑部大理寺都察院共同审理案件叫做三司会审，民间又称为三堂会审，一般用来审理重大疑难案件，这次审问的是因私刻改编《邸报》而落马的众多高官。
这次事件涉及官员之多，影响之大，都快赶上明世宗时期的大礼议事件了。拿下的从五品的官员有两个，一个是大理寺少卿左光斗，另一个是礼部员外郎顾大章；正七品官员五个，分别是兵科都给事中杨涟户科都给事中魏大中吏科都给事中周朝瑞两个监察御史——袁化中和黄尊素。
不过，天启皇帝的聪明之处在于他运用司法手段，利用三司会审来定案，让文官没有办法信口雌黄；而明世宗嘉靖皇帝则运用皇权，威压百官，导致文官以受罚挨打为荣，据有一位官员的夫人还很细心地把丈夫被打下来的肉收集起来，做成腌肉，逢年过节就拿出来显摆。
《东林风声》因为诘屈謷牙的文风，颇受某些道学先生的欢迎，现在成了烫手的山药，大家纷纷把家里收藏的《东林风声》销毁。那些曾经在《东林风声》上发表过文章的官员更是惶惶不可终日，直到皇上为此案定调，“首恶必办，协从不问”，大家这才放下心来。
左光斗顾大章杨涟魏大中周朝瑞袁化中黄尊素七人倒真是七条汉子，把罪名全部担了下来，没有牵扯别人。三堂会审的结果，七人罪名全部成立，左光斗杨涟为首犯，秋后处决；顾大章魏大中周朝瑞袁化中四人为从犯，罪减一等，流放三千里；黄尊素欺君谤上，流放三千里。
朱诚劝道：“皇上，这些东林党人虽然触犯国法，但毕竟为恶不深，不如减刑一等，以示皇上的慈悲与宽宏大量啊。”
经过几天的冷静，天启皇帝的气也消了不少，于是法外开恩，左光斗杨涟流放，顾大章魏大中周朝瑞袁化中黄尊素撤职，永不叙用，并削去功名，严禁从事文化教育工作——也就是，即便回到故乡，他们也不能去东林书院讲学和参加书院组织的大活动。
东林党人见皇上仁慈，不但没有感激，反而起了生命不止斗争不息的雄心壮志。
在送别左光斗的饯行宴上，左光斗道：“诸公，我离开京城后，皇上那边就全赖诸位照顾了。”
叶向高哽咽着道：“左公，你放心，我一定会让皇上回心转意，把你们重新请回朝廷。”
“回不回朝廷没关系，但首先要把皇上身边的奸佞人清除干净。”
“奸佞人，你指的是朱诚吗？”
“朱诚当然是奸佞人，不过他跟在朱由检的身边，我们很难抓到他的把柄，而且他奸滑异常，如果弹劾不成，反而容易把自己赔进去。高攀龙先生不就是死劾朱诚，结果事败身死吗？唉，现在高先生的坟头恐怕已经长满了青青的野草，空余碧血照丹青啊。目前，对我们威胁最大的是司礼监秉笔太监魏忠贤。”
“哦，为什么？”
“魏忠贤是天启皇帝的左膀右臂，有了魏忠贤，皇上就不需要我们这些东林党人。杀了魏忠贤就等于斩断了皇上的手臂，他就会发现，离开东林党，大明的朝廷运转不灵，于是朝政又会重新回到我们手上。”
“魏忠贤好像没犯什么错呀？”
“魏忠贤是阉人，阉人就是一大罪状，俗话得好，阉人无罪也该杀。再则，你们有没有发现，魏忠贤的黑手已经伸到了朝堂上了。崔呈秀李春烨顾秉谦已经和他结成了死党，他们就是阉党。还有，魏忠贤非常聪明，每一招都打在我们的软肋上，让我们疲于应付。假以时日，魏忠贤执掌大权，我辈将死无葬身之地。”