方时俊并非故意走上“独立”于陆军之外的道路。一方面是因为龙谦要求他立足自身培养人才。另一方面是陆军军官基本不愿意去海军，就连他司令部的组建都费了很大力气。
龙谦虽然确定了先陆后海的原则，但对于海军的投入还是逐年增加的，加上美国的专项贷款，建国五年来对于海军的投入接近了满清打造北洋舰队的总量。这些钱却大部花在了潜艇购买和制造上。
1911年春，中德签订了海军合作秘密协议，除了购买德国2艘最新的u型潜艇外，还委托德国制造4艘同型潜艇并购买了全套图纸，拉开了海军潜艇发展的大幕。以后三年间，购买德国潜艇的数量逐年增加，累计达22艘之多。不仅如此，德国还在1912年转让了一座潜艇工厂和全套的鱼雷技术，中国在南昌建立了鱼雷工厂，可以在德国工程师的指导下在本土建造远洋潜艇及潜艇的主要武器鱼雷。
就潜艇技术而言，德国领先全球，所以中国瞄准了德国而不是美国。1912年底，上海海军技术研究院在德国专家的帮助下设计了一款大型潜艇，这艘潜艇是在德国u型攻击型潜艇基础上改进的，大的结构没有改变，但吨位及全艇尺寸增加了。定员32人，柴油动力，水面1700马力，水下1200马力，水下排水量达到900吨，吃水3.65米，全高8.25米，航速水面15节，水下9节，潜深达到50米，最大的变化是取消了德国潜艇装备的105mm舰炮，使得该型潜艇的武备只剩了鱼雷。可携带16枚鱼雷，共有4具鱼雷发射管（前2后2）。
这款被命名为剑鱼级潜艇是共和国第一艘有着自己设计思想的远洋潜艇，对德国潜艇思维有了革新。获得了德国潜艇专家的肯定，德国专家对中国人取消火炮的思维认为是一次革命性颠覆，将引发潜艇战术的巨大改变。建议德国海军也仿效中国取消火炮那个基本不发挥作用的鸡肋，专心发展鱼雷攻击战术。
虽然潜艇发展取得很不错的成绩，但当时在海军霸主英国的影响下，大炮巨舰主义盛行，各海军强国专心发展新一代战列舰，认为战列舰才是决定海战胜负的关键。对于潜艇这种新玩意，除了受到英国强力打压的德国，包括日本在内，都不太重视。
中国海军另辟蹊径的战略思路受到了海军内部的质疑。随着国力的复苏，海军要求添置大型战舰的呼声也出现了。1913年春节，南海舰队司令官萨镇冰海军中将致信龙谦，请求购置两艘战列舰以壮声势。为此，国防部在上海召开了绝密的海军发展研讨会，龙谦在会上抛出了令海军耆宿们难以接受的“战列舰”无用论。
“我可以大胆预言，战列舰这种海上霸王很快就会退出历史舞台了。随着航空技术的发展，海军将呈现与现在完全不同的格局。与其花大钱去打造大型的海上棺材，还不如一开始就走正确的道路。海军的发展要抓两头，促中间。什么是两头？潜艇和飞机，中间当然是水面舰只了。不要战列舰不等于不要水面舰只，驱逐舰，巡洋舰，运输舰还是要的，但要服从于飞机和潜艇。你们要相信，我所规划的海军发展道路会得到证明的。”龙谦在1913年春在海军总司令部召开的海军发展研讨会上这样讲。
“飞机？飞机能对付战列舰？”没有人相信只能携带五公斤炸弹，航程极短的飞机会威胁到战列舰的生存。这不是开玩笑吗？
“谁说飞机只能带五公斤炸弹？”龙谦反问，“如果飞机可以携带250公斤的巨型炸弹呢？如果飞机的航程提高到一千公里甚至更长呢？诸位海军同仁们，请你们记住一句话，‘技术决定战术’，每一种新技术的出现将改变现有的战术，这就是我格外重视海军研究院的缘故。战列舰我们不搞，现在不搞，将来也不搞。你们算过没有，一艘战列舰可以换多少架飞机？多少艘潜艇？我们还很穷，陆军在换装，航空兵在发展，海军也要跟上来。以我们的国力和技术底子，跟在别人后面永远落后，但我们可以在新领域当领头羊，这个新领域，一是飞机，二是潜艇。等我们证明飞机和潜艇威力的时候，那些大力建造无畏舰的海军强国就会后悔到死！”
龙谦的巨大权力决定了海军只能按着他的步调走。几年来，水面舰只增加缓慢，但潜艇部队却初具规模，海军组建了独立的潜艇司令部，下辖两支潜艇战队，在崇明岛和舟山群岛建造了潜艇基地，1914年夏，可以用于海战的潜艇总数达到20艘，其中2艘是自行建造的剑鱼级攻击潜艇。
潜艇的作用在1914年春海军在南海举行的小规模演习中得到了证明，从舟山出发的4艘潜艇（其中1艘剑鱼级）秘密穿越台湾海峡准时抵达演习区域，靠近南海舰队的旗舰海雄号巡洋舰300米未被发觉。如果是实战，海雄号可能已经沉没了。而在随后的实弹射击中，萨镇冰亲眼目睹了潜艇实施的鱼雷攻击靶船的过程，感到十分震惊。在反潜技术还未成形的当时，潜艇就是来去无踪的幽灵杀手，对付巨无霸战列舰似乎力不从心，但如果攻击小吨位的驱逐舰或者运输舰，一条鱼雷就可以将目标舰送入海底！
对于即将爆发的中日战争，海军司令部根据总参的总体战略制定了自己的作战计划。必须说明的是，总参谋部正确地预料到了日本海军的作战思维，预料到日本海军将采取封锁战略堵死中国海军的出口，因此协助海军针对性地制定了避开日本海军主力、以袭击其运兵船和运输舰为主要目的的作战方案。这个方案下，潜艇部队将担负主要的作战任务，制定了东海两大潜艇基地被日军摧毁后的备用方案。方时俊总司令面对海军强烈求战的情绪，强调海军实力尚不足于正面迎战日本海军，“我们不做傻瓜。这不是怯弱，而是审时度势。保留火种以待时间是正确的方针，业已得到总统的批准。陆军不会责难我们的，我向你们保证。”(未完待续。。)