皮卡丘见小智醒来了，立刻投入其的怀抱。
所有的精灵见到这一幕都开心的叫着，似乎此时再也没有什么正品与复制品的区分了。
“的确，我和你都是存在着的，都是小精灵。”超梦看了眼梦话后说道。
“梦幻~”梦幻点头叫道。
“或许这件事没有人知道最好。”漂浮在空中的超梦看着地上的人和小精灵对梦幻说道：“全忘记了······或许最好。”
之后超梦和梦幻全身泛起蓝光，地上被复制出来的小精灵身上也被蓝光包裹着，然后慢慢的飘了起来。
“大家，要去哪里呢？”小智看着大家笑问道。
“我们都诞生了，都活着。”超梦和梦幻带着大家飞走了说道：“我们要活下去，在这个世界的······某个角落。”
站在地上的大家看着超梦和所以精灵慢慢的向远处飞去，不知不觉的脚下开始出现一道白光，将所以人都包裹了起来······
码头城市的神奇宝贝中心——
回到神奇宝贝中心的真嗣还在一个人静静的看着窗外的暴风雨，然后看了看自己右手手掌心中的“输”笑了笑。
此时在神奇宝贝中心的所有人的记忆都被超梦给删除了，真嗣也不例外，但真嗣事先就知道超梦会这么做，所以在超梦动手之前将自己的战果写在了手心里，不过即使没写，真嗣也知道单单凭借三神鸟也是不可能会打赢超梦的。
窗外的雨慢慢的停了，天空也放晴了，真嗣趁着所有人的都没发觉时，拿上了自己的东西，悄悄的离开了着嘈杂的神奇宝贝中心，朝着小智的家乡真新镇走去······