而在橘子群岛的某一片海域中，真嗣正悠闲的坐在水箭龟的壳上，朝着橘子联盟最终站前进着······
“啪~”
天边一个惊天响雷打响了，然后开始乌云密布起来，到最后，天空开始慢慢变得阴沉沉的。
“吼~”
原本载着真嗣平稳前进的水箭龟突然转身，朝着前方大声吼叫着。
“怎么了水箭龟？”真嗣稳了稳身子问道。
“吼~”
随着水箭龟指着前方一叫，真嗣就看见天上一大群比雕和大嘴雀等精灵成群结队的朝着远方飞去，而水里也是一样，所有的精灵也朝着一个方向游去。
“看来剧情开始了！”真嗣看着远处的乌云想道。
本来正想催促水箭龟赶快赶路的真嗣突然想到一件很重要的事，然后立刻乘上快龙，飞到附近岛屿的神奇宝贝中心上，和大哥雷嗣交换了下精灵后，就坐着快龙朝着亚西亚岛飞去了······
亚西亚岛——
亚西亚岛上……
“不难，这种风暴的话太难了。”芙萝拉看这海上狂风大作，喃喃地说道，然后转头对小优说道：“姐姐，船借我。”
“在这种暴风中想干什么？”小优担心的问道。
“无聊的惯例让别人陷入危险之中，而且还是我拜托的，这是我的责任。”芙卢拉解释道。
之后，芙萝拉和小霞、小健就赶往小智那里去了······
此时，世界各地也都异象纷纷，电视正播放着此事······
大木博士研究所——
“突然在全世界发生的异常变化，被认为是深层海流发生了异变所引起的，深层海流是在这个星球的海底深处流动的海流，据说控制着全世界的气候、天气和自然，据说异变的中心处于橘子群岛附近！”
“橘子群岛？”大木博士惊讶道。
“小智不是在那里旅行吗？”小智妈妈担忧说道。
这时，大木博士发现有人来电话了，点开一看，橘子群岛的內木博士。
“我是橘子群岛的內木！”
“喔！內木！”
“橘子群岛的小精灵们发生了异变……”