宗臣一到任所，广受百姓爱戴，据近人黄云眉《明史考证》第七册有云：“臣迁福建提学副使时，移郡邑学宫弟子为约八篇，其第六为谈艺篇。”另据王先谦云：“临郡县，敝衣蔬食，屏绝供张，以躬行范诸生，见百姓疾苦，语谆谆不能休。”
宗臣到了福建的第二年，便发生了倭寇犯境之事，当时的情势颇令人发指，明代文学家归有光《备倭事略》有云：“倭寇犯境，百姓被杀死者几千人。流离迁徙，所在村落为之一空。迄今数月，其势益横。”更为可恶的是：“倭寇江南，用赵文华督察军情，大纳贿赂以遗嵩，致寇乱益甚。”不仅外敌猖獗，救援客兵亦甚非为。宗臣行军过汀州，戎马倥偬之际，作《滴水岩记》，并作《西征记》，记述客兵在汀州扰民之情景。记云：“是时，汀守徐君使使来问粤兵状，予报以尺牍，其词曰：‘归自建安则有护军之檄矣，其人咸虎而戟，日夜绳之，仅不掠涂，然亦其涂之人徙其鸡犬孥孺而内之他所，故免。足下幸传檄涂居者，毋纵鸡犬不收，毋不能一时去其孥孺以为护军使者忧也。’”又云：“其所经虽少焚劫，然鸡鸭鱼鳖门屏庐灶萧然矣，出瑞遂益大掠。而予间从舆中问父老，父老辄为予泣曰：‘吾民之苦，客兵甚于盗也。’夫当事者走千里召外击贼，岂不至急民哉，及其至，乃不肯发一矢，徒攫金而归也。”
作为护军使者的宗臣，不仅督察左右，日夜绳之，时尚暑气未消，秋阳又炽，客兵惧热，“不日驰而夜驰”，宗臣不辞劳顿，也“与之共驰，与不鸡鸣不停也。”当倭寇初入，来势甚猛，日益迫近，众皆惊惧不安，而宗臣神色自如。他一再告慰大家：“我在不忧贼也。”在抗击倭寇的战斗中，他虽是文质彬彬的一介书生，这时却俨然昂长七尺，顶天立地，雄姿英发，身先士卒。他把自己的卧榻安置在城楼之上，颇具运筹帷幄，决胜千里的将帅风度。他始终与士卒与民丁同吃同住同战斗，生死相关，休戚与共。
在他的《西门记》一文中此事叙述甚详。《西门记》收入陶珽所编《说郛续》被列入禁毁书目，故流传极少。今不妨录其一节，使我们对当时的宗臣其人及对这场战斗情况得以了然大概。记云：“戊午四月既望，予至自汀。是时，都御史阮公被逮北去，岛寇直犯闽安，省中人慌急走，而诸大夫日议守城事，遂以予守西门。西门城凡七门，而西门者，芋原、横塘、南台之所取道也。先是有司悉部勒诸父老子弟守陴，予登陴则悉罢诸所贫者、疾者、孤而懦者，留其壮。与之约曰：‘昼则家，夜则陴，击拆鸣桡而悬火陴外，不如约者以军法从事。’会明日报寇将至，六门咸闭矣，而城外人数十万大呼祈入，予遂日西门入之。晨起辄坐城上，列健儿数十于门，人诘而入，而牛马鸡豚群群薄吾坐不问也。客有言‘门诚善，独奈何不虞奸人哉？’予曰：‘客休矣，予办此矣，即有奸人者，吾任之’。于是为檄召城外百里所蓄薪谷悉徙之城中，不徙者，吾纵乱兵焚之！而壮夫有不肩薪谷而入吾门者，不得入。于是城外薪谷日以万石塞门矣，城外人食城中者不下十万。城守凡五十日，而斗米不增一钱，盖以多故……当是时，兴泉之寇已南，而镇东者尚屯海上，意扬扬甚也。会督府驰至，则檄兵数千连数十大舟刍要击之，寇轻我，辄驾大舟刍逆我，而我兵奋怒，弩驳乱发，乘风大呼，寇舟刍反出其下，遂大肆擒获，馀者沉之海中。捷至，悉罢诸所守陴之卒与外兵入援者，予亦解榻还署。而父老群然别余，泪下沾衣焉。”这时的宗臣也仅仅才有三十四岁。
宗臣卒于任所，死时，士民皆哭，“后七子”之一的王世贞，闻宗臣去世的消息后，仿楚辞《九歌》而作《少歌》三章以哀悼。宗臣死后，福建的百姓们便择地而葬，备受爱戴的宗臣之墓矗立在闽赣交界而风景秀美的武夷山上，生前所穿戴的衣冠，由福州而南京，再由南京至兴化，由他的家人和家乡父老在小南门外百花洲上筑墓埋之，所谓衣冠冢也。
小说《水浒传》最初的刻本，就是施耐庵后人交由宗臣刻印的。