1996年，怪兽伊比**陆东京，摩杰拉mii型应战，成功击杀。
1998年，人类为哥斯拉建立了研究所，哥斯拉二世的活动被限制在终焉岛，人类暂时告别了哥斯拉的威胁。
1999年，外星生物奥加入侵，与摩杰拉mii型大战，摩杰拉被毁。
2000年，奥加尚存，持续寻找哥斯拉的信息，人类军事武器对其完全无效。
2002年，三式作战型超级机械哥斯拉问世，成功击溃奥加。战役中三枝未希受重伤。
2004年，哥斯拉二世体型已经超过一百米，已然成为继平成哥斯拉后又一个怪兽王。
2009年，负责照顾哥斯拉的五条不幸因病身亡。
同年，又出现一只新的碧奥兰蒂和哥斯拉，分别取代号晴生、暗黑破坏神。双方大战，最终哥斯拉胜。
2010年，科学家确定，1989年的碧奥兰蒂死后，少部分细胞残留在地球，很有可能发育为碧奥兰蒂或者受变异发育为其他怪兽，诸如暗黑破坏神哥斯拉。
2011年，人类再一次掌握微小氧气的使用手段，终结了暗黑破坏神哥斯拉。