虽然停战谈判还未结束，但是日本做出的让步，已经使日本蒙受了明治维新以来最大的耻辱。对日本来说，只能在“骄傲的死去”与“耻辱的活着”之间做出选择。也许绝大部分日本人会选择前者，可是村上贞正只能选择后者。
12月8日，运载45000名工程部队官兵、50万吨物资的船队离开横滨港。
“有幸”参与“大和民族之根”行动的工程兵都是日军的精锐力量，其中35000名官兵来自陆军、7000名官兵来自海军、3000名官兵来自空军。这些军人的年纪都在18到24岁之间，至少精通1门外语与2项专业技能，均身体健康、无任何异常反应。如此安排，不是为了保证工程顺利完成，而是这些官兵将成为“民族种子计划”的一部分，在完成工程建设之后参加生产劳动与社会管理。如果被选中的350万日本人是大和民族仅存的硕果，那么这45000名日军官兵就是大和民族的精髓。
登船出发前，每名官兵都带上了一包横滨港的沙土。
这是他们唯一能带到伊豆诸岛去的“私人物品”，也是他们的精神寄托。数十年后，当他们中的幸存者返回日本本土时，都将当年带走的沙土撒入了东京湾，从此放下了肩负数十年的民族重任。
因为所有大型船只已被摧毁，需要运送的人员与物资非常多，所以由游艇、渔船、橡皮艇、渡轮组成的船队规模非常庞大，数百艘船只足足花了1整天，才陆续离开横滨港，踏上前往伊豆诸岛的航程。
万幸的是，从横滨前往伊豆诸岛的路途并不遥远，直线距离不到100千米，航程大约150千米，船只1天能够跑2个来回。
按照计划，工程部队在新岛与神津岛上建好“收容营”之后，才转移平民。
村上贞正临时调整了计划，将转移平民的时间提前到9日。不是村上贞正打算破坏停战谈判，毕竟日本已经丧失了抵抗能力，如果日本反悔，共和国随时可以用舰载战斗机与舰炮摧毁伊豆诸岛上的人造设施，让转移过去的日本平民变成炮灰。加快转移速度，也是不得不采取的办法。春天即将到达，随着风向转变，横滨不再安全。只要聚集在关东平原上的放射性云层向南漂移，整个东京湾都将成为重灾区。
可以说，这是人类历史上规模最大的“疏散行动”。
与之相比，当年英国在敦克尔刻创造的奇迹根本算不了什么。9日当天，就有大约5万名平民到达新岛，接下来平均每天都有5万以上的平民与30万吨以上的生活物资到达伊豆诸岛。到12月20日，已经向伊豆诸岛转移了大约80万平民与400万吨生活物资，其中包括大约200万吨粮食。照此速度，在2月底之前，就能将“民族种子计划”选中的350万平民与保证这些人生活半年的2500万吨物资转移到伊豆诸岛。
当然，如此大规模的转移行动，肯定会遇到很多问题。
12月15日，横滨港外爆发大规模动乱，100多万未通过“体检”、愤怒绝望的平民冲过东京卫戍部队设置的隔离带，希望登上前往伊豆诸岛的船只、获得囤积在港口内的粮食与药品。在没有请示村上贞正的情况下，山鹿素静下达了开火命令。短短数个小时之内，50多万手无寸铁的平民倒在了日军的枪口之下，其中不但有成年人，还有未成年的孩子、年过古稀的老人、甚至挺着大肚皮的孕妇！
随同运送救援物资船队到达横滨的记者用摄像机镜头记录下了整个过程。
当天《纽约时报》用一半的版面介绍了发生在横滨的“大屠杀”，封面头版的“绝望”二字显得格外刺眼。
绝望，真正的绝望！
因为西方国家志愿参加救援工作的人员并不多，所以设在横滨港的救援站的规模非常有限，每天只能帮助不到5万人。绝大部分希望生存下去，却没有拿到“船票”的日本平民只能挨饿等死。在死亡面前，再优秀的民族都会崩溃。绝望之中，有人选择默默离去，更多的则选择奋起反抗。不是反抗发动侵略的敌人，而是反抗那些拿着枪、毁灭他们生存希望的同胞！
对下达开火命令的山鹿素静上将来说，他没有别的选择。
在保存民族希望的前提下，他只能让一部分同胞进入地狱！
当天晚上，山鹿素静在东京卫戍部队的地下指挥中心内剖腹自杀。临死前，他用鲜血写下了两个血红的大字——“罪人”。
真正的罪人是山鹿素静吗？
这个问题不需要答案，山鹿素静的死，宣告了村上贞正时代的结束。
只是，谁也没有意识到这一点，甚至连村上贞正都没有意识到这一点。