谈到最后，双方各让了一步。日本承认共和国的实际控制区域，共和国则放弃在日本本土驻军的要求。最重要的是，在琉球群岛等外岛获得独立地位之前，共和国需要向日本租借军事基地，以此抵偿部分战争赔款。钱是小事，关键是共和国在日本驻军的正义性与合法性受到了挑战。
在驻军地点与驻军数量上，双方的分析也非常大。
经过数十轮谈判，最终仍然以相互妥协的方式达成一致。在2050年之前，共和国以租借的方式获得嘉手纳空军基地、那霸港、种子岛航空航天基地、西表岛军事基地、对马岛军事基地{实际驻军权归朝鲜，朝鲜与日本一直在对马岛的主权问题上存在争议}、琉黄岛军事基地与母岛军事基地{核试验基地}等7处军事基地的驻军权，如果在届满前1年，双方没有主动提出归还军事基地、且没有就归还军事基地的具体事务达成一致，租借协议自动延长10年，以此类推。换句话说，只要共和国愿意，可以在付出廉价租金的情况下，获得7处军事基地的永久驻军权。
与驻军问题一样，日本的“军事自主权”也成为谈判的焦点问题。
共和国在谈判中一直坚持日本必须解除除了用于维持国内秩序的武装力量之外的所有军事力量，不得建立正规军、不再拥有军事自主权。为此，共和国不但承诺确保日本的国家安全，还提出由多个国家成立监督与执行机构。显然，共和国的要求不可能得到满足。不但日本不会放弃军事自主权，美欧等国也不会让共和国得逞。
经过艰难谈判，共和国只能做出让步。不再要求日本放弃“军事自主权”之后，共和国提出了限制日本军事实力的可行方案，并且最终达成协议。按照该协议，日本签署停战条约后，只能拥有一支总规模不超过20万的军事力量，其中陆军总兵力不得超过15万、空军总兵力不得超过3万、海军总兵力不得超过3万，陆军重型装备不得超过1500辆{包括坦克、装甲战车、自行火炮、轮式装甲车辆等}、空军的作战飞机不得超过200架{包括战斗机、武装直升机、运输直升机、反潜巡逻机、运输机、预警机等}且不得拥有进攻性空中力量{主要指轰炸机、加油机、战略侦察机、电子战飞机与远程巡逻机}、海军战舰吨位不得超过15万吨{泛指标准排水量250吨以上的所有舰艇}且不得拥有进攻性舰艇{主要指航母、潜艇、两栖攻击舰、搭载3架及其以上直升机的大型战舰等}，且不得发展战略性军事力量{包括弹道导弹、射程超过300千米的巡航导弹、运载火箭、军事侦察卫星、军事通信卫星等}。
非常苛刻的条件，也非常具有现实意义的条件。
在共和国再也不肯做出让步的情况下，日本只能妥协，同时提出了一项新的要求，即日本可以组建一支用来维持国内秩序，且人数不超过50万的准军事力量。
借中日停战谈判的机会，朝鲜还与日本签署了《独岛主权条约》。
虽然日本丢掉了除伊豆诸岛之外的所有外岛，再丢掉独岛算不上大事，但是朝鲜在此时出来“闹事”，差点让中日停战谈判破裂。毕竟在绝大部分日本人看来，日本国力远不如共和国，输给共和国无可厚非，可是向朝鲜做出让步，无疑是最大的耻辱。只是在美欧等国的压力下，日本不得不承认朝鲜对独岛享有主权，从而在对马岛的主权归属问题上占据了主动权，没让对马岛落入朝鲜手中。
最后一个问题就是停战条约的签署地点。
按照一般情况，条约应该在谈判地点，也就是巴黎签署。共和国则坚决要求在日本下关签署，并且不肯做出任何让步。外界并不知道，这是王元庆的直接指示。为什么在下关签署停战条约？原因很简单，100多年前，上一份中日双边不平等条约就在还被称为马关的下关签署！
日本没有选择余地，已经在众多丧权辱国的协议上做出妥协，不差最后一点。
2030年12月30日，以“秦岭”号巡洋舰为首的共和国舰队开赴濑户内海，进驻下关港。经过1天准备，2030年的最后一天，双方将在“秦岭”号的后甲板上签署日本历史上第二份，也是自第二次世界大战之后签署的第一份停战条约。
“秦岭”号因此被载入史册。
《下关条约》也因此成为中日两国关系的标志件。