按照停战协议，在2051年前，也就是在库尔德人进行全民表决、决定是否独立建国之前，共和国不得在占领区内武装库尔德人军事力量，最多只能根据维持占领区的社会治安需要成立一支人数不超过5万人的警察部队，而且警察部队中至少得有20%的土耳其人{与土耳其人在占领区内的比例相当}。虽然停战协议并没禁止共和国在占领区之外的地方成立库尔德人武装力量，因此早在2042年，军情局就在伊拉克北部地区成立了一座专门用来培训库尔德人武装力量的训练营地，并且以每年大约2000人的速度培养具有极高军事素养的库尔德军事人员。但是在2051年8月3日之前，共和国不能在占领区成立军事力量，也就只能在警察部队上做文章。
裴承毅在2047年10月份访问巴格达与大马士革，就是希望伊拉克与叙利亚在这个问题上提供帮助。说直接一点，共和国打算在占领区成立一支专门对付恐怖组织的特种警察部队，而该部队的经费与培训基地还没有着落。当然，反恐主力绝对不是稚嫩的库尔德武装警察部队，而是共和国的特种部队。裴承毅需要得到的除了经费与基地之外，还有两国的相关情报。更重要的是，如果能够利用反恐问题把伊拉克与叙利亚拉到一起，还能为今后从占领区撤军提供帮助。
正是如此，从2047年底开始，共和队在占领区内展开了一系列的军事行动。
在这些军事行动中，共和队存在的问题暴露了出来，裴承毅也就因此获得了推动军事改革的理由。
2048年6月，在制订该财年度国防预算的时候，裴承毅提出了针对总参谋部的改革方案，也就是让总参谋部正式隶属于国防部，成为直接向国防部负责的军事指挥机构，并且在总参谋部与各军兵种司令部的基础上成立参谋长委员会，而该委员会的首要职责就是为共和国的军事发展与军事行动负责。当然，将由总参谋长出任该委员会主席。
毋庸置疑，这一改革措施非常大胆，也非常激进。
从某种意义上讲，颜靖宇不大可能批准这样的改革方案。不管怎么说，作为非军人出身的国家元首，颜靖宇最害怕的就是军人专权。早在40多年前，纪佑国就利用国防部与总参谋部的相互斗争来控制军队，而且王元庆与顾卫民在采用了同样的手段。不管裴承毅有没有专权的野心，颜靖宇都得防着一手。
问题是，颜靖宇还不是王元庆那样的铁腕政治家，至少在2048年的时候还不是。
更重要的是，这一年，共和党再次在大选中胜出，连续第三次问鼎总统宝座。
也就是说，美国肯定会在对外扩张上有所作为，对共和国施加压力，甚至产生威胁。
在此情况下，不管颜靖宇愿意还是不愿意，都得在军事改革上支持裴承毅，即为共和国的根本利益着想。
换个角度看，裴承毅在2048年中期提出改革计划，与美国的大选也有关系。
虽然在2048年6月的时候，美国大选还没有开始，谁也不能保证共和党会胜出，但是关键不在这里，即不管是共和党胜出，还是呼声很高的民新党胜出，共和国都得在军事改革上加快步伐。原因很简单，民新党的洛布林夫人是前共和党政府的国务卿，而彼得雷乌斯更是前美军上将。
当然，在颜靖宇的立场上，不可能一次性批准裴承毅的所有改革方案。
2048年底，美国大选尘埃落定之后，颜靖宇批准了在国防部成立“参谋长委员会”的改革方案，并且亲自参加相关工作。按照裴承毅制订的详细改革计划，“参谋长委员会”总共有7名成员，即陆军参谋长、海军参谋长、空军参谋长、天军参谋长、陆战队参谋长、电子兵团参谋长与国防部长安排的一位参谋长级行政官员。“参谋长委员会”的主要责任是负责军队的管理与发展规划工作，并且在重大军事行动中向国家元首与国防部长推荐合适的前线指挥官，并且在重大人事安排上提供参考意见。“参谋长委员会”主席一职由总参谋长兼任。因为总参谋长已经开始“轮值”，所以参谋长委员会主席也是“轮值”。不同的是，两个独立兵种的参谋长也有了担任主席的机会，而且轮值的周期不是10年，而是2年。由词可见，“参谋长委员会”实际上就是用来取代总参谋长的，而且在很大的程度上分担了总参谋部在共和事力量中的作用。只要改革坚持下去，要不了多久，总参谋部就将变成参谋长会议下的一个专职的军事指挥机构，即成为国防部下设的众多机构之一，不再是与国防部平起平坐的国家权力机构。
毫无疑问，这次改革绝对是第三次军事改革收尾工作中最重要的一环。
虽然颜靖宇没有批准另外一项改革措施，也就是将总参谋部置于国防部之下，由国防部长直接领导，但是裴承毅的改革目的已经实现，按照外界猜测，最迟在2052年，也就是下一次换届选举的时候，不管颜靖宇能否获得连任，裴承毅、或者接替他的国防部长都将把总参谋部变成一个历史性的军事机构。事实上，随着裴承毅的影响力扩大，颜靖宇要想在下次换届选举中获胜，就得在军事改革上支持裴承毅。因此有人认为，在2052年之前，颜靖宇就会向裴承毅妥协，把总参谋部放到国防部之下。
在不同的人眼里，共和国的军事改革有着不同的意义。
比如在共和国公民看来，裴承毅推行军事改革，实际上是在巩固基础，为今后获得更大的政治成就做准备，而颜靖宇在军事改革上半推半就，除了维护与裴承毅的关系之外，还想借此控制裴承毅。
问题是，在外界看来，共和国的军事改革别有一番深意。
美国当局就认为，共和国的军事改革是在为下一场战争做准备。原因很简单，裴承毅已经是国防部长，不可能像2035年与2041年那样，以共和国陆军上将的身份去指挥共和队作战。如此一来，在共和国需要面对下一场大规模战争的时候，裴承毅要想在指挥工作上发挥作用，就得把总参谋部放在国防部的下面。
至于裴承毅是不是在为战争做准备，根本不用多言。
要知道，到2049年的时候，中东战争已经过去8年，随着众多阿拉伯国家在统一问题上取得一致意见，中东局势再次变得不那么平静。
关键就是，裴承毅有必要再次为国家冲锋陷阵吗？