对于“秦”级的防御能力，共和国海军一直当做绝对机密。
战争结束后，共和国海军也只公布了部分信息，比如“秦”级具备防御聚能弹药的能力，并且能够有效防御部分动能弹药，还具有先进的系统防御能力。总而言之，在到底采用了什么防御技术的问题上，共和国海军一直闭口不谈。
受此影响，也就只能用分析的方式来猜测这种划时代战舰的防御能力与生存能力了。
首先可以肯定，“秦”级肯定有远超过以往战舰的被动防御能力，只不过肯定不是以增加装甲厚度的方式来实现的。从高达15%的动力系统空间占用率{即动力系统占全舰空间的比例}来看，“秦”级很有可能采用了“能量装甲”。说得直接一点，就是通过电能、流体动能、高温内能等等方式来摧毁与破坏弹药穿甲作用的防护装甲。最原始的，就是由英国人在21世纪初体出的压电装甲，即通过在穿甲弹或者高温射流通过两层电压差高达数丝毫万伏的装甲板时产生的高压电流，来破坏穿甲弹的动力结构与高温射流的流体结构，从而大大降低穿甲弹与高温射流的穿甲能力。此外以色列的科学家还提出了“流体装甲”的概念，即利用液体不易压缩、且在受到外力作用时会产生切向力的特点，来破坏穿甲弹的稳定性与高温射流的连续性，从而降低穿甲能力。当然，这些新概念装甲都得到过检验，而且都被证明是比较有效的。问题是，这些装甲的质量都不轻，用在大型战舰上很不现实。由此可知，共和国海军肯定开发出了一种更加先进的能量装甲，比如由强磁场防护装甲。当然，这种早在20年前就被提出来的防护原理只有一道门槛，那就是巨大的能量需求。因为“秦”级是以电磁炮为主战武器的战舰，对动力系统的要求肯定非常高，也就有能力为能量装甲提供足够的能源。
其次是，“秦”级肯定有更加先进的拦截系统。不管怎么说，任何被动的防御手段都不可能确保战舰万无一失。事实上，没有任何战舰能够以增强被动防御的方式避免战沉。要想提高战舰的生存能力，还得加强主动防御，也就是提高拦截系统的作战效率。也就是说，拦截系统必须具备拦截炮弹的能力，还得具备在同一时间拦截更多目标的能力，甚至得根据目标的性质来自动调整输出能量，以最大限度的提高拦截效率。可惜的是，直到第三次世界大战结束，共和国海军也没有公开“秦”级主力舰所配备的拦截系统的主要性能。通过战争期间的战况，只能确定，“秦”级主力舰的拦截系统与以往的拦截系统都不一样，不但作战效能提高了好几倍，而且作战方式也大不相同。当然，这句话应该反过来说，即因为采用了新的作战方式，所以作战效能大大提高。
从衡量战舰战斗力的角度出发，具备了出色的进攻手段与强大的防御能力的战舰就是强大的战舰。
当然，与没有完美的人一样，世界上也没有完美的战舰。
如果说“秦”级有什么缺点的话，至少有一点得到了所有人公认，那就是非常有限的持续作战能力。
这一点，从其武器系统的配制上也看得出来。
按照共和国海军公布的数据，“秦”级的武器系统比重只有11%，即武器系统的质量只有标准排水量的11%。毫无疑问，这是一个偏低的指标。要知道，在“秦”级以前，巡洋舰的这一指标往往在15%左右{因为以往没有与“秦”级类似的战舰，所以只能拿最接近的巡洋舰进行比较}。照这个比例计算，“秦”级武器系统{不包括火控系统，这是算在了电子设备里面}总共只有7200吨左右。即便“秦”级没有配备其他远程武器，并且将拦截系统算到防御系统里面，且电磁炮自身的质量按照30%计算{仍然是巡洋舰的标准}，“秦”级的弹药库里也就只有5000吨炮弹，也就是大约5600发900千克级炮弹{这是最大限度的估算，因为没有计算弹药库自身的质量，以及扬弹系统的质量}。以“秦”级的火力水平，就算以正常速度开火，这点炮弹在10分钟内就将耗光。仅仅够战斗10分钟的备弹量，确实低得吓人。
当然，实际情况并非如此。
在制海作战中，“秦”级肯定不会持续开火，而会以短促急射的方式，在打完一次齐射之后，对弹着情况进行评估，然后调整瞄准点，再开火。如此一来，即便最大持续开火时间仅有几分钟，实际战斗时间也有数小时。如果执行对地支援任务，那就更不是问题了，因为“秦”级的主炮可以使用450千克与200千克级炮弹，而且大部分时候对付的都是地面固定目标，所以弹药消耗量肯定没有制海作战那么惊人。
总而言之，“秦”级的这一缺陷，成为了限制其作战使用的主要因素。
事实上，在建造了8艘“秦”级与8艘“唐”级{以历史上的王朝命名，为“秦”级的小改型，主要性能指标与“秦”级完全一致}之后，共和国海军的第三种，也就是“汉”级{以民族名称命名}在主炮数量没有增加的情况下{只是换了改进型的电磁炮}，标准排水量一下子增加到了10500吨，即增加了40000吨，相当于增长了61.5%。在增加的排水量中，武器系统占了60%，而其中绝大部分都是用来增加弹药携带量，以及采用安全标准更高的新结构弹药库。
这一变动足以说明，连共和国海军都忍受不了“秦”级的备弹量。
要知道，“汉”级一口气建造了60艘，是整个大战期间，共和国海军建造得最多的一种主力舰，也是共和国海军在大战期间的绝对主力。
也许有人会问，1艘65000吨的战舰上，就只有6门电磁炮？
如果不计算拦截系统中的激光炮、粒子束炮与小口径电磁炮的话，“秦”级确实只有6门电磁炮，而没有其他进攻武器。当然，在必要的时候，3架垂直起降反潜巡逻机也能携带导弹与炸弹执行攻击任务。
可以说，这也是“秦”级遭到诟病的一个地方。
要知道，在2万多吨的巡洋舰上，除了3门电磁炮之外，还有200多枚导弹，以及5加具有攻击能力的垂直起降飞机。即便“秦”级的电磁炮是6门，而且口径大得多，不为其配备其他主战武器，也确实太让人难以接受了。当然，这种火力布置，足以证明共和国海军对大口径电磁炮的威力有足够信心。更重要的是，在“秦”级以后，其他几级主力舰都只配备了大口径电磁炮，而没有其他攻击性武器。如果从大口径电磁炮在实战中的表现来看，这一配制还算是比较合理的话，那么没有配备远程防空系统，就很难让人接受了。要知道，即便是得到重重保护的航母，除了配备拦截系统之外，还有数套射程超过30千米的近程防空导弹。即便如此，在面对空中威胁，特别是反舰导弹的集群攻击时，舰队的防空系统都显得力不从心，更何况没有远程防空系统的主力舰？当然，这也是需要为“秦”级配备护航战舰的主要原因。
问题就在这里，以“秦”级的排水量，增添一些防空系统应该不是问题。
换个角度看，如果“秦”级没有足够的综合作战能力，与配备了拦截系统的火力舰又有什么区别呢？作为战舰，特别是排水量数万吨的主力战舰，具备综合作战能力是最基本的要求，也是战舰的基本“素质”。即便不从军事角度出发，从经济角度考虑，为“秦”级配备区域防空系统，也要比为其提供一艘具备区域防空能力的巡洋舰划算得多吧。再说了，共和国拥有建造15万吨级超级航母的能力，将“秦”级的排水量增加10000吨，也不会给建造工作带来任何问题。
可以说，以当时的情况，共和国海军没有任何理由吝啬那么点投入。
有意思的是，在后面的“唐”级与“汉”级上，也没有配备区域防空系统。“唐”级还好说，毕竟与“秦”级采用了同样的基础设计，改动并不大，排水量也没有增加多少，所以没有配备区域防空系统也很正常。可是对于标准排水量超过10万吨的“汉”级来说，没有配备区域防空系统，就让人完全无法理解了。要知道，只需要将“汉”级每门主炮的备弹量减少2000吨，就能为其配备一套能够在一次战斗中拦截400个目标的区域防空系统，从而使其防御能力提升50%以上。不管怎么计算，这都是一笔非常划算的买卖，共和国海军没有任何理由拒绝。
事实上，根据一些不太可靠的消息，在“汉”级动工建造前，负责设计工作的江南造船厂军用舰船设计院就多次提出，应该为“汉”级增添区域防空系统，哪怕只是多用途驱逐舰上那种精简版的区域防空系统，也能大幅度提高“汉”级的综合作战效率。结果是，几次提议均被海军驳回。正是如此，很多人都认为，共和国海军在战争期间损失的主力舰，顽固不化的海军司令与海军后勤处长要负最大的责任。
当然，这也确实说明了海军是一支非常顽固的军队。
问题是，换个角度看的话就能发现，这也证明了海军对新战术的信赖程度，以及对海战发展方向的高度认知。设想一下，如果大口径电磁炮将完全取代反舰导弹，就像100多年前，航空炸弹与航空鱼雷完全取代了巨炮的穿甲弹一样，那么为对付反舰导弹而存在的区域防空系统又有什么价值呢，如同对付穿甲弹的厚重装甲在航空炸弹与航空鱼雷面前毫无意义一样，区域防空系统也迟早会被淘汰出局。
虽然这并不表示防空系统毫无价值，毕竟在地面战场上，航空兵与巡航导弹还有很大的发挥空间，因此区域防空系统就有存在价值，而在大洋战场上，因为需要用战舰掩护岛屿上的陆战队，所以海军也需要区域防空系统，但是这并不表示需要将区域防空系统装到主力舰上，不管怎么说，航母上也没有配备区域防空系统。
由此可见，“秦”级是主力舰，取代的是航母，而不是护航战舰。
明确这个定位之后，海军自然会坚持己见，即不为“秦”级配备任何与主要打击手段无关的进攻武器，即便是防御系统，也以自卫为主，其他的全部交给护航战舰，以此最大限度的提高主力舰的战斗力。
从舰队作战的角度出发，这绝对是最有效的发展方向。
即便退后一点来看，在主力舰交战的时候，为了避免误伤，护航战舰都会躲得到几十千米之外，可是区域防空系统的作战半径高达数百千米，即便是驱逐舰上的简化版本也在200千米以上，因此护航战舰仍然能够为主力舰提供防空掩护。如此一来，与其让主力舰手忙脚乱的应付各种威胁，还不如把防御重任交给护航战舰，让主力舰集中力量对付敌人的主力舰，以进攻代替防御。
必须承认，共和国海军在开发“秦”级主力舰的时候，肯定有非常明确的战术思想。
最重要的是，共和国海军的新战术思想已经形成体系。
可以说，这也正是美国海军最欠缺的地方。虽然有理由相信，美国海军在摸索新的海战方式的时候，也以新的制海作战手段提出了新的海战战术，并且以新的战术思想来指导建造新的海战平台，但是从美国海军的“先进海上战术测试平台”、也就是“长滩”级主力舰的性能指标与武器配备来看，美国海军的战术思想肯定没有形成体系，不然不会在这种模仿“秦”级的主力舰上配备300多枚导弹。以及一套作战距离高达200千米的能量型区域防空系统。
虽然从表面上看，“长滩”级更加强大。事实上，即便到了战后，也有很多人认为，“长滩”级才是战争初期最强大的主力舰，而“秦”级只是一种性能单一的战舰。但是实事求是的讲，如果配备的武器派不上用场，即对攻击敌人、或者保护自身起不到任何作用，那么将再多的武器堆砌到一起，也成为不了强大的作战系统，只不过是一堆看上去强大，却毫无用处的摆设罢了。
别的不说，“长滩”级也只建造了8艘，而美国海军的第二级主力舰，即“长岛”级就取消了所有电磁炮之外的所有远程攻击武器{区域防空系统还没有撤消}，也足以说明，“长滩”级上的很多武器系统都是摆设。
当然，一种战舰是否强大，除了理性客观的分析之外，主要还得看实战表现。
正是如此，如果要在两种战舰中分出雌雄，除了做性能数据对比之外，最直接、也是最有效的办法，就是让这两种战舰开上战场，真刀实枪的干上一场，由战斗的胜负、而不是理论分析来做出裁决。
与上一代主力舰，即航母比起来，新一代主力舰最幸运的、也是最不幸的就是在诞生之后就被送上了战场。
当然，幸运的是胜利者、不幸的是失败者。