司马恢之的水军退去几里，依旧驻守，杨佺期像做前锋，又怕桓玄像上次一样，半途杀出，坐收渔翁之利，让桓玄做先锋，又不甘心。
不过，桓玄没有他想得那么多，他还要急着和在建康附近的王恭会和，于是，当晚，没和杨佺期商量，让冯该直接往前走，和司马恢之来个正面的交锋。
晚上，坐在小船上的桓玄观战，他非常放心，朝廷的军队根本没有什么抵抗之力，局势完全掌握在自己手里，不多时，司马恢之全军覆没，败逃，手下问要不要追捕他。桓玄摇摇头，这些人，留不留着性命都一样。
桓玄日夜兼程赶往建康，却在收到一则前方的消息的时候停了下来。
刘牢之已经叛变了，而王恭逃至半路被追上，现在已经被送至建康，等待处理。
桓玄停下来，等着两日后赶到的杨佺期，他请求杨佺期也先等着，如果现在进攻太急，让司马道子等不安，杀了王恭，就不好了，他的意思是先停在这里，派人和司马道子等交涉。
杨佺期显然不赞成桓玄的说法，他认为，如果司马道子真想害王恭，无论桓玄怎么做，王恭都是死路一条，还不如及早进军，用武力解救王恭。
被桓玄请来的王愉也说经过这两次，恐怕王恭是凶多吉少了，交涉无益。看着这姐夫有点幸灾乐祸，桓玄心里郁结，要不是看在王绥的面子上，桓玄真不知道自己会怎么对他。
另一边的庾楷非常识相地不说话了，毕竟这事是他挑起来了，现在王恭有险，自己难辞其咎。他不知道桓玄和王恭的感情还有点深，在他看来，王恭也是与争夺权力的对象，这些人应该是少一个好一个。
此时，还在后面的殷仲堪也派人发来指示，让二人继续前进。
除了手上的几个将领，兵卒都是殷仲堪的，桓玄不能不听他的话，为了保住王恭，桓玄提议让王愉先回去，劝说司马道子放走王恭。王愉拒绝了，败军之将回去为敌军求情，怎么说都不合适。
朝中的人，桓玄也指望不上，不愿意王恭死的人不在少数，但是能为他说句话，也有能力解救他的就很少了。
每个人都有自己的算盘，悠闲地跟在更后面的殷仲堪好不容易出兵一次，按照桓玄和杨佺期的进攻石头的气势，好像拿下建康也不是什么大问题，而且，王恭死了对自己似乎更有益处。
桓玄抵不过这一群人，只能退步，派亲兵混入前面打探消息。
过几天就可以到达石头了，石头的守将本来是司马元显，桓玄对这孩子还有点印象，现在应该也还是个少年。桓玄的兵将要到达时，元显回奔京城，桓玄稍微有点看不起这司马元显，不过，他能理解他。
现在石头的主要守将是丹阳尹王恺，他发动京邑中数万百姓据守石头城。至于其他地方，王珣守京城的北郊，而谢琰在城内宣阳门屯下重兵，以备不测。谢琰不似司马小儿易对付，而王珣，桓玄也是在想象不出和他兵刃相接会是怎样的一个场景。
尚未至石头，桓玄收到消息，王恭在建康的倪塘就被斩首了，他的五个儿子，弟弟王爽，兄长的儿子王和及，还有他的属下孟璞、张恪皆被害。
桓玄听说王恭在临行刑前仍整理须鬓，神色自若，对监刑的人说：“我就是太相信别人了，才会到达这种地步；我举兵的用心，都是为了社稷啊只求百世之后，还有人记得我王恭。”王恭被杀后抄家，家中除了书籍，就没有多余的财物了。
百世之后，记住王恭的人并不多，说起来，像王恭这样忠和奸表现得都不明显的人最容易让人忘记。都说盖棺定论，但是像王恭这样，极少有什么论出来，说他忠吧，窝里横也没什么，而且，直到最后，他都是小心，即使是讨伐，也不敢找司马道子出手，说他是乱臣，又太冤枉他了。
不过后人怎么看，收到这个消息后的桓玄，来时的意气几乎消失殆尽，王恭的死对他的打击不小，他几乎就想回荆州，回家。
手上的兵力不到五千，不知道出于恐惧还是厌烦，桓玄不再挣扎，回船舱收拾东西。
正当桓玄正忙，杨佺期进来了，在门口就被吓了一跳。
桓玄听到动静回头，也不生气，只道：“不管杨将军会不会继续前进，我已经没有兴趣再玩了。”
杨佺期刚开始被吓到的是桓玄船舱里的装饰，满壁挂着字画，还有几盆植物随意摆放，完全不是行军打仗的人该有的样子，现在又被桓玄的话惊到了，本以为他会因为愤怒而不顾一切，做出什么复仇之类的傻事，没想到是害怕了。
桓玄不管杨佺期心里想的，开始收挂在上面的字画。
杨佺期则在一边哈哈大笑起来，笑得直不起腰，眼泪都快笑出来了。