刘基另外还特别提醒朱元璋一点，此也是当年太和四仙邱玄清对自己所说。
对朱元璋道：「禀陛下，蒙古大元朝入主中国，接续了宋徽宗第九子康王赵构，也就是后世所称的宋高宗，「行在」临安府(杭州市)的大(南)宋朝政权，此事陛下已多次在檄文与文告中，也承认这点。」
「因此，臣另有一事禀报。」
朱元璋道：「先生还有什么事情要说呢？」
刘基道：「当北伐军攻抵大元朝京师大都，陛下是要擒获其主，元帝？」
「还是任由元帝往北方遁逃，至其上都？甚至逃至和林？」
朱元璋听了也思虑一阵，道：「嗯！先生此言，确实是个问题？」
这可让朱元璋想起，当年龙凤政权的韩林儿，没事出兵去安丰救他回来，反而搞成了个大麻烦，给那些最难搞的儒者、史官们，留个弒皇夺权的疑点！
刘基道：「臣认为，陛下既然承认大元朝曾经是中原的正统政权，此次攻陷大都，若是元帝愿意投降，等同大元朝已『禅位』。若元帝遭擒却不愿意投降，则陛下也将文告其罪，再予处决，接续『正统』政权。」
「不过如此一来，大蒙古的黄金家族(成吉思汗后代)成员，将会另立新帝，此新帝若是英明有为，将成一个大麻烦。而若元帝投降我大明，也是另一个大麻烦。」
朱元璋道：「先生所说，朕能明瞭，若是新帝登高一呼，又再招集人马，确实是个大麻烦。但为何说元帝投降，也是个大麻烦？」
刘基回道：「禀陛下，臣过去还在青田时，与武当山的太和四仙有过短暂交流，此四人为江湖颇有名气的张三丰真人当时未记名弟子，其中的邱玄清曾提及，其师尊张三丰真人说过『北方黑气弥漫，魔道猖狂，已难以藉由内部革除，只能由外部推翻改制。』」
「当时，四仙也提供了一些他们在北方打听到的消息与情报，与臣相互讨论；据了解，大元朝所以如此快速地败亡，便是因为元帝为『外魔』所侵，而致失德失道，政令紊乱、朝纲败坏。」
「亦即，元帝本人便是个大祸害、不可留，最好不要留在朝廷、留在中原，若是与其身上的『外魔』，一同遁逃到北方的上都，远离中原，可算最佳结果。」
朱元璋问道：「『外魔』？先生为正统『儒家』，会相信怪力乱神吗？」
刘基道：「臣也不愿相信，不过这是道家的说法。」
「据臣的理解，应是元帝此人『深谙人性』，懂得利用人性的贪婪、欲望，利用人性的弱点、缺憾，操控人心、操控行为；但元帝本人又心术不正，以致造成朝纲紊乱，大元朝加速败亡。」
朱元璋回道：「先生此说也有道理！若是居上位者，不为百姓着想，每日仅在朝廷上搧风点火，确实不乱才怪。」
刘基又道：「所以臣认为，北伐军往北征进时，起初要迅雷不及掩耳般快速挺进，让大元朝廷眼看勤王军已来不及救驾，必会论及北逃。」
「但北伐大军接近达大都时，此时反而应该放慢脚步，放任元帝及其所属北逃。」
朱元璋道：「令其北逃，真的不会成为祸害吗？」
刘基回道：「若仅是元大都之朝廷中人，既便是皇太子爱猷识理达腊，也不足为虑。」
「此些人物，在地方重臣的眼中，不过是一群争权夺利、贪婪好色，不顾大局的朝廷奸臣罢了，以致诏命不行、号招无力。留着这群人，反而对我大明而言，是件好事。」