建武四年，刘秀命耿弇出兵进攻渔阳，耿弇因父亲耿况曾与彭宠有交情，又没有家属留在洛阳，恐怕刘秀引起疑心，于是就上书请求回还洛阳。刘叔下诏要他放心，并命他与王常一起屯兵涿郡，耿况听说此事之后，知道儿子的难处，他立即派耿弇之弟耿国从上谷出发，赶到洛阳去侍奉刘秀，耿况的这一举动，让耿弇和刘秀都安了心，刘秀对耿家的忠心感到十分高兴，河北正需要这样的忠臣来看守，于是又进封耿况为隃糜侯，接着他命耿弇与建义大将军朱祐、汉忠将军王常等进攻彭宠的望都、故安等地十余营垒，结果都顺利攻破了，燕王彭宠穷途末路，最终被杀。
建武四年，刘秀想要发兵占据张步控制下的泰山郡，于是拜陈俊为太山太守，代理大将军事，去攻占太山郡，张步听说之后，派遣其部将去攻打陈俊，双方大战于嬴下，陈俊大破其军，一直追到济南郡的边境。到了建武五年，大司马吴汉被派去攻打平原地区的富平、获索两支农民军，吴汉大破之，并收降者四万余人，刘秀遂命吴汉率军南下攻打徐州，命耿弇东进讨伐齐地的张步。耿弇遂率太山太守陈俊、骑都尉刘歆讨伐张步，张步听说刘秀将要攻打他，就封大将费邑为济南王，令他屯兵历下，又分兵防守祝阿以为犄角之势，并在钟城列营数十座以为后援。
耿弇率领汉军兵临祝阿城下之后，一日就攻下了祝阿，并故意放张步败兵逃回钟城动摇张步的军心。果然，钟城的军民听了异常震恐，全城之人皆弃城东逃，于是，耿弇又兵不血刃地拿下了钟城。费邑得报，急忙分兵于其弟费敢，令其镇守巨里，耿弇便采取了围点打援之计；汉军先围攻巨里，诱使费邑率军来救，然后半路设兵伏击，这一战汉军斩杀了费邑，费敢恐惧万分率守军连夜弃城逃走，去剧县投奔张步去了。随后，汉军又分兵围攻钟城的营寨堡垒，连破四十余营，力拔济南全郡，兵进齐郡剑指临菑。费邑被杀之后，张步马上构筑了第二道防线，他派出三弟张蓝率领嫡系部队镇守西安，各郡郡兵一万多人去守卫临菑，但结果也先后被耿弇攻破，张蓝率残部又退回了剧县。
随后张步带领他的三个弟弟张弘、张蓝、张寿和重异四将、大约十余万人马，直奔临菑而来。重异所部先与汉军接战，这位重异将军，是流民军大彤部前首领，所部极为剽悍善战，耿弇故意示弱，先将突骑精兵隐藏于小城之中，又让汉军前锋诈败，退守临菑小城，以骄张步之心；同时，耿弇又令都尉刘歆、泰山太守陈俊分兵列于城下，作为两翼防御。张步以为耿弇兵少且远道而来，可以一举而取胜，就率领他全部兵力进攻汉军，结果被汉军大将刘歆截住，双方展开了激烈的交战，打了半天，耿弇亲率突骑从小城东城门杀出，冲击张步的步兵阵列，张步大败，引兵回营。
整顿之后，两军再战，张步的主力遭到了重创，士兵杀伤无数，沟堑里都填满了尸体，在大败之下，张步又听说了刘秀率军亲来的消息，张步自忖不敌，就打算连夜撤回剧县。到了这天夜里，张步认为汉军作战了整整一天，必然已经入睡，就下令全军撤退，带着残部以及辎重乘夜撤走；走到半路上，汉军伏兵大起，张步军大乱，各自奔逃；耿弇乘机挥师掩杀，张步大败，纵马向剧县方向逃窜；汉军穷追不舍，一直追到臣昧水上，又是大杀一阵，从临菑至臣昧河边八九十里，到处都是死尸。在这场生死大战之中，耿弇率领数万汉军以少胜多，击溃了十余万张步主力，并缴获刀枪钱粮无数，仅仅是押送辎重的马车，汉军就缴获了二千余辆，张步逃回剧县，命令张蓝、张弘、张寿等人分兵守卫各地，以求喘息。
耿弇却不给他任何机会，继续挥师东进，直取张步的老巢剧县，张步的主力精锐丧失殆尽，无力再战，他不得不放弃剧县，带领残部向南逃窜。刘秀率军入城，又令耿弇率军穷追，张步狼狈逃奔平寿，张步进攻临菑之前曾写信给苏茂，让他一同合击耿弇，苏茂接信之后率领万余精兵来助张步。为了迅速消灭张步和苏茂，刘秀就派遣使者告诉张步和苏茂，谁能斩对方来投降，就封谁为侯。建武五年十月张步斩了苏茂，派使者奉苏茂的首级投降，耿弇接受了张步的投降，随后张步脱去上衣身负斧锧到汉军军门请罪，耿弇把张步送到刘秀的行辕，刘秀遵守诺言，封张步为安丘侯，张步的三个弟弟张蓝、张弘、张寿也分别到各自所在的郡县投降并自系于狱，王闳也赶到剧县向汉军投降，最后刘秀都一一赦免了他们。
刘秀平定东方后非常感慨地对耿弇说：“耿将军以前在南阳就献策要攻齐，以灭张步，但我一直认为这是非常困难不容易达成的事，没想到耿将军如今竟达到目标了，真是有志者事竟成啊！”