最后，大臣们合议，还是得即日正位，让内官进奏，朱由校还是不允，众人便在殿中坐等。这时，吏部尚书周嘉谟又联合众臣合疏进奏，请求李选侍移出乾清宫，迁往别宫。御使左光斗更是说的明白，殿下今已十六岁，内有忠直老成的内官辅佐，外有朝中重臣辅佐，哪里乏人，还须李选侍像照顾婴儿一般贴身相随因此，伏请朱由校即早决断，说如果让李选侍借抚养之名而行专制之实，那武则天之祸就不会太远了。
左光斗用武则天来比喻李选侍，一则不希望出现后宫专权的情形出现，二是担心朱由校血气未定，把持不住，坠入当初唐高宗纳父亲后妃武则天的事情中，这确实一番肺腑忠言。
朱由校听了，觉得甚是有理，便发布上谕，说移宫已有圣旨，册封贵妃一事，尊卑难称，著礼部再议，给事中暴谦贞却毫不保留地坦白说;皇长子即将登上大宝，上有百灵呵护，下有群工拥戴，何用此妇人女子，而且李选侍并非忠诚爱国，万一封典得行，专权用事，恐怕难以抑制。
好在宫中忙乱，没人理会，这一番话并未引出宫廷风波。
不料，李选侍那边却正听取心腹李进忠的主意，邀朱由校和她同宫，还忿然宣言，要逮捕杨涟、左光斗。
这时，杨涟在宫门遇见李进忠，询问李选侍何日离宫
李进忠摇手说，“李娘娘甚怒，今母子一宫，正欲追究左御使武氏之说呢!”
杨涟怒叱道，“误矣，幸遇我。皇长子今非昨比，选侍移宫，异日封号自在，且皇长子年长矣，若属得无慎乎”
李进忠被逼问的默然无语。
扬涟说的明白，李选侍和太子朱由校不是亲生母子关系，况且太子朱由校已经成人，住在一起不合适，李选侍真的要效法武则天，大臣们绝对不答应。
科道官员惠世扬、张泼从东宫门出来，说今日选侍垂帘，下旨逮捕左光斗。
杨涟才不害怕呢，立即驳斥道：”没有这事！贵妃有何权力逮捕大臣？”
此时，宫禁一时人心惶惶，谁也弄不清楚是如何变局，皇帝是亲近李选侍对付朝臣，还是倾向于朝臣疏远李选侍，大臣们一个个狐疑满腹。
过了几天，李选侍还是住在乾清宫，逍遥自在，根本没有移宫之意。
杨涟便直言上奏，“先帝过世，人心惶危，都说选侍假借保护之名，阴图专权之实，伏请殿下暂居慈庆宫，拔别宫先迁出选侍，然后再奉驾还宫，祖宗宗社最重，宫帏恩宠为轻，如今登基已在明日，哪有天子偏处东宫之处？这移宫一事，臣等进言在今日，殿下也当实行在今日。”
随后，杨涟又去拜见方从哲。
方从哲起初认为这件事不用太着急，晚两天也没什么关系。
杨涟却说道：“太子明天就要登基了，难道登基为天子后还要回到东宫的住处吗选侍今天不愿离开乾清宫，难道以后就会主动离开了吗”
方从哲被杨涟说服，两人统一了意见后，又去请求太子颁下严令。
于是，朱由校登基在即，下令命李选侍移出乾清宫，移住仁寿殿，他还下令收捕李选侍身边的几个亲信太监，理由是他们涉嫌偷盗大内库藏。
如此情形下，势单力孤的李选侍还是敌不过皇帝的一纸命令，移宫已成定局，这时群臣们倒反过来劝皇帝，看在昔日光宗的旧宠之上，遵照光宗的嘱托，善待李选侍母女。
小皇帝虽然对李选侍往日咄咄逼人的态度十分不满，但还是接受了群臣的意见。
最终，在外廷大臣的严词逼迫和宫中太监王安的恐吓之下，李选侍终于无奈的决定离开乾清宫。
九月初五日，李选侍抱着皇八女，徒步从乾清宫走向宫妃养老处--仁寿殿哕鸾宫。
于是，这件震动宫闱的明朝三大疑案之一的“移宫案“终于落下了帷幕。李选侍以失败而告终，熹宗朱由校进驻乾清宫，登上宝座。
李选侍封后的要求没有实现，做皇太后控制朝政的愿望也落了空。她赖在乾清宫不走是否是受到了郑贵妃得幕后主使，这个后人亦无从得知，但是其意图很明显，就是要通过控制皇太子朱由校来操纵整个朝政。
根据许熙重《宪章外史续编》记载，朱由校即位后说李选侍命太监李进忠曾传话给他:“每日章奏，必先奏看过，方与朕览，即要垂帘听政处分。”
可见，李选侍是有垂帘听政的野心的，后人还推测，她之所以赖在乾清宫不走，就是要同郑贵妃“邀封太后及太皇太后，同处分政事”。如果她的目的实现了，也许明朝就要先出一个“慈禧太后”了。
此后，李选侍正式退出历史舞台，再没有搞事情，安安分分的开始了养老生涯。
说起来，朱由校、朱由检这哥俩也都不错，几年过去，李选侍的女儿长大了，朱由校封其为乐安公主，朱由检接班后，给乐安公主选了一个好女婿，这个女婿便是巩永固。
李选侍失势后搬进了冷宫，但没有受到虐待，朱由校对其照顾的不错，朱由检登基当皇帝后，一如既往，还封了李选侍为康妃。