既然不敢派兵讨伐，隆武朝廷对任思齐的跋扈只能限于口头上，经过商议之后，隆武帝下了一道诏书，派人去南京谴责任思齐擅杀之举，命令任思齐悬崖勒马，停止杀戮南直的士绅。
对隆武朝廷的诏书，任思齐嗤之以鼻，当即把使者赶了出去。于此同时，任思齐宣布响应鲁监国的请求，派任兴凡带领大兵三万攻打杭州。
三月二十日，任兴凡兵临杭州城下，击溃了出城迎战的八旗梅勒章京朱马喇和绿营总兵田雄，于此同时，司马南和奥利尔带领两支舰队兵临杭州湾，用舰船上的大炮轰击杭州城。
杭州城内的清军不足万人，对付浙东的鲁王部队自然是绰绰有余，可要对付崇明军就不够看了。
可是任思齐前端时日嗜杀的后果终于显现了出来，杭州城内的士绅们害怕城陷之后遭到崇明军的迫害，积极组织家仆乡丁协助清军守城，使得守城的兵力达到三万人之多，几乎与城外的明军相等。
司马南派人把大炮运进了钱塘江，猛轰杭州城墙，城上的清军几乎不能立足。任兴凡趁机派人挖出杭州西城的城墙，埋进上万斤的火药，一声巨响炸开了几十丈宽的城墙，崇明军杀入了杭州城中。
崇明军的战力今非昔比，每个队中火枪兵和长枪手数量各占一半，大量的板甲装备到军中使得防御力大增。攻入城中之后，迅速击溃了迎战的一千多八旗，见势不妙，绿营将领张杰率军投降。经过了一天的巷战消灭了所有的清兵，杀死了满清浙闽总督张存仁。
见崇明军攻克了杭州，鲁监国忙派人前来，索要杭州。任兴凡大掠了一番之后，带兵退出了杭州。
四月一日，鲁监国进入杭州，大封群臣，以任思齐立下不世之功封为崇明郡王，南直隶江南部分为其封地。
拿下杭州之后，鲁监国的势力扩大到整个浙江，若再加上任思齐的地盘，几乎能和隆武帝抗衡，于是便生出了称帝的心思，被张国维等人拼命劝阻。
南京丢失的消息传到了北京，曾一度引起清廷的恐慌，多尔衮仔细分析之后，认为任思齐只是趁着南京空虚钻了空子，其军队的战力根本无法和八旗兵抗衡。
弘光二年三月（任思齐不承认隆武正统，依然用弘光年号），也就是西元1646年三月，多尔衮再次派出三路大军伐明。
东路军以豫亲王多铎为统帅，包括尚可喜耿仲明的汉八旗，由两万八旗三万绿营组成，兵出扬州，攻略东南。中路军还是以阿济格为统帅，恭顺王孔有德为先锋，连同平南大将军勒克德浑的部下，兵出南阳，经襄阳武昌，攻打湖广的明军何腾蛟部。西路军则以豪格为主帅，以平西王吴三桂为先锋，经西安下汉中，攻打四川的大西王张献忠。