在日军侵朝时，李舜臣是朝鲜全罗道水军左营节度使。而在此之前，李舜臣就认识到，日本侵朝只是迟早的事情，所以，他上任之后立即就加强了水军建设，强化水军的训练，大量购买火炮，制造火药。而他甚至还改良了朝鲜传统的战船——龟船。经过李舜臣改进之后的龟船，其船身又铁皮蒙盖，防护能力大为加强，日军使用的火炮根本无法对其造成伤害，甚至可以说是后世铁甲舰的先祖。另外，龟船的运载能力也大为加强，整船装载火炮二十六门，士兵一百六十多人，续航力有了极大的提高。进过改进的龟船可以四面发炮，进退迅捷，战斗力和防护力极佳，可以说，是当时全世界最先进的战舰。显然，这种大威力的战舰，在对日作战中发挥了极为重要的作用。
乍一看，恐怕所有人都会认为李舜臣是朝鲜水军将领，实际上却并非如此！李舜臣最先出名不是在这场对抗入侵的战争中，早在朝鲜对抗蒙古骑兵入侵的战争之中，李舜臣就已经成为了朝鲜名将。当时，他率领的朝鲜骑兵力挫蒙古骑兵，挡住了要杀入朝鲜境内劫掠的蒙古军队，为保卫朝鲜立下了汗马功劳！不过，与绝大部分的朝鲜武将一样，在立下战功之后，因为遭到皇帝的猜疑，文臣的嫉妒，基本上是得不到好处的。李舜臣并没有因为击败蒙古侵略军而得到赏赐，反而被调到了全罗道来到水军节度使！大概，当时李舜臣是很气愤的吧。他根本不会想到，正是这一变动，最终让他成为了朝鲜历史上最有名的水军将领，民族英雄，甚至后来，朝鲜建造的一艘达到世界先进水平的战舰都是以他的名字命名的！
在战争初期，日军的计划是水陆并进，这里的水军不仅仅是要负担扫荡朝鲜海岸的任务，更重要的是，陆军的大部分补给物资都是由水军负责前运的。这对陆军的快速推进非常重要。就在朝鲜军队一泻千里，溃不成军的时候。李舜臣站了出来，终于肩负起了自己的历史使命率领朝鲜水军，在海上抵挡日寇的入侵！
李舜臣听闻日寇入侵，他做的第一件事情就是找到了全罗到水军右节度使李亿祺，然后又联合庆尚道水师，主动出海寻找日军水师。日军大将藤堂高虎闻讯，立即率船队出战。两支舰队在玉浦海海面遭遇。
李舜臣指挥朝鲜水师突击日军船队，将措手不及，根本就没有来得及做好准备的日军打得大败。击沉日船二十六艘，夺回日军劫掠的大批财物。随后，李舜臣没有做任何停留，继续追歼日军残余舰只，第二天，在赤珍浦击溃日军另外一支补给船队，击沉日船十三艘，取得了朝鲜水军的开门红。而朝鲜史书中也将其称为“赤珍浦大捷”，是朝鲜军队在卫国战争中获得的第一次重大胜利！
李舜臣所率朝鲜水师的行动还有一个重大的意义——严重打乱了丰臣秀吉的侵朝部署。当时，大批物资都需要由日军水师运往朝鲜，支援前线作战部队，而李舜臣的这支舰队只要存在，日军船队就不可能大胆的前往朝鲜，甚至连出港都要先仔细考虑一下。这也是为什么加藤清正要在朝鲜搞大规模的屠杀与抢劫的一个原因吧，因为当时日军送到朝鲜的物资根本就不够作战需要，加藤清正不搞抢劫，他哪来的粮食支持进攻？
接下来，李舜臣乘胜追击，先后在泗川，唐浦还面取得了两次大捷。其中唐浦海战，李舜臣袭击日军大将龟井兹矩率领的日军舰队，数度诱敌作战，最终大败日军。而朝鲜龟船在这两场大战中大显神威，击沉敌船上百艘，连龟井兹矩也在战斗中被朝鲜火炮击毙！而这是死在朝鲜军队手里的第一名日军将领！
李舜臣在朝鲜海域大闹两月之后，丰臣秀吉也急了起来，这么打下去，他的侵朝军队都得因为断粮而完蛋。他立即调遣嫡系大将胁坂安治率领大批水军从熊川开赴朝鲜，对付李舜臣的朝鲜水军。另外，来岛家族的水军也跟随出动，以稳固海上运输线。李舜臣在得知这一消息至后，立即与李亿祺的水军联合迎敌。这一战，李舜臣先派出一些不起眼的小板屋船出阵诱敌，胁坂安治见朝鲜水军兵少，就将日军舰队分为左中右三阵，一起杀来。朝鲜板屋船掉头逃命，日军穷追不舍，到了闲山岛时，埋伏在闲山岛北侧的朝鲜水军突然杀出，一举击溃日军水军右翼，胁坂安治立即命令日军舰队包围朝鲜水军。此时，李舜臣充分地利用了龟船快速灵活的优势，突破日军包围圈，直接朝日军本阵杀去，然后万炮齐发，击溃日军本阵，胁坂安治见本阵崩溃，不得不掉头逃跑。
这一战，日军大败，李舜臣率军追击，击沉日船七十三艘，日军伤亡惨重，数千将士被杀或者是溺水身亡。而来岛家的当家来岛通总也势穷自杀。而大名一时的海盗大名来岛家也在此后不久土崩瓦解。
这一战，朝鲜史书上称为“闲山岛大捷”。可以说，这是海权时代非常典型的一场大海战，后世马汉在其名著《海权论》中，都将其列为经典海战战役，并且为后世各代海军将领所研习。也正因为这一战，成就了李舜臣的威名，今后日军水师听到“李舜臣”三个字都吓得双腿发软，自不敢出海应战了。而李舜臣则顺势进攻釜山，断日军粮道。从此，朝鲜海军夺取了制海权，日军向朝鲜的物资运送异常困难，为后面的安州大捷做出了巨大的贡献！
显然，李舜臣在海上大败日军水师的作用还不仅仅这么一点。此时，安州保卫战还没有打响，日军一路高歌猛进，气势如虹，丰臣秀吉更是兴奋不已，几乎都在想像自己当上了朝鲜关白，大明关白之后能有什么样的享受，能否成为日本历史上最伟大的将军，成为新的日本之神了。不过，他的美梦没有做都久，朝鲜水师大败日军水师的消息一传来，丰臣秀吉差点从椅子上滚了下来！
也正是在这个时候，加藤清正在朝鲜滥杀百姓，以此冒充军功（当时，几乎每一个日军将领都这么做，不过加藤做得最为过分）的事情也传了回来，丰臣秀吉大怒，差点就要派人去把加藤清正的脑袋取回来。
不过，海上败了，加藤清正的第二兵团却在地面上连连获胜，冲在了最前面，丰臣秀吉也就原谅了这条疯狗的疯狂行为。不过，冒充军功的事情还是要处理的，而且加藤的行为也要约束，这不是激起朝鲜百姓做殊死反抗吗？
最后，丰臣秀吉派遣三大奉行石田三成，增田长盛，大谷吉继渡海赴朝，对各部的战果进行检视。而加藤清正认为这三人偏袒小西行长（实为小西给了这三人很大的好处，本来小西家族就很富有），对自己却极为严苛，引起了加藤清正的不满，加深了日军将领内部的矛盾。显然，这对后来的朝鲜战局发展产生了极为深远的影响。
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