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在日本历史上，国家权利掌握在天皇手里的时期并不多，绝大部分时候，是由幕府将军统治日本的。这一点，与汉末时期的情况有类似之处，不过也不尽然相同。当然，日本也出现过不少厉害的天皇，比如在室町幕府之前的神武中兴时期，就有位日本天皇妄图战胜掌握了国家权柄的权臣，获得对国家的控制大权。不过，大部分的天皇都是窝囊废，都只能在幕府将军的威胁下苟延残喘。
日本战国时期之前，掌握国家权力的就是足利家族的室町幕府，而与之对立的就是拥戴天皇的官员贵族。后来，因为室町幕府在继承权上产生了分歧，导致幕府垮台，日本各地诸侯迅速崛起，建立私人武装，并且为争夺控制国家的大权而爆发了战争。这就是日本的战国时代。如果没有明帝国的突然崛起，没有丰臣秀吉入侵朝鲜，没有朱祁钰为了复仇而率军东征的话，也许日本的战乱时期会持续上百年，甚至数百年，才会诞生一个新的幕府，从而结束战乱。也正因为明军的进入，日本的历史在这里发生了巨大的变化。
在回到了东京之后，朱祁钰立即组织策划了两件重要的事情。一是天皇正式册封上杉谦信为平叛大将军，掌握日本兵权，并且破例官拜一品（与明帝国内阁改革之前一样，日本之前只会对有功之人追增一品官员的封号，而不会在其有生之年就封其为一品官员）。二是天皇正式邀请明军协同平叛大将军上杉谦信平定叛乱，讨伐谋反的织田信长等人。
天皇的这两道诏书，为后来明军入日作战找到了一个完全正当的理由。同时，这也是后来日本新幕府建立的前奏，这为今后由上杉家族所控制的新将军幕府打下了基础。当然，最关键的是，天皇名义上将日本的兵权都交给了上杉谦信。而对任何一个国家来说，兵权就是一个国家的统治大权，在拥有了兵权之后，上杉谦信实际上就已经成为了日本的统治者。当然，现在他获得的仅仅是名义上的兵权，而他要想掌握实际的兵权，那就得先平定叛乱，然后削掉各地诸侯手里的私兵，并且将军队集中在将军幕府的控制之下！
随后，朱祁钰也下了诏书，封陈懋为日本经略大元帅。统帅明帝国海陆两军，配合上杉谦信平定叛乱。封朱文正为日本经略府大都督，负责协助天皇处理国政，稳定后方。而其他的明军将领也都得到了相应的称号，反正这也只是走个过场而已。同时，在日作战明军也正式改名为明帝国遣日平乱大军，当然，总司令是陈懋，而不是朱祁钰。名义上，总不能让明帝国的皇帝为了一个附属国的内乱而亲率大军前往讨伐吧。这些都只是名义上的东西，做给别人看的而已。而明军的具体人事关系并没有发生任何变化，统帅明军作战的仍然是皇帝朱祁钰。
朱祁钰做这些事情的原因只有一个，那就是在上杉谦信还没有恢复其家臣团，没有建立起自己的实力之前。由明帝国控制日本。这其中，朱文正的作用就非常的重要。之前，一直有一批日本的官员在为天皇服务。这也是在东征之后，朱祁钰让天皇建立了中央政权之后必然的事情。不过，这些日本官员在叛乱发生的时候都死得差不多了，很多人都没有逃出京都，不是死在了叛军手里，就是投靠了叛军，而真正还在继续为天皇效劳的日本官员寥寥无几。也就是说，日本的中央政府其实已经垮台了，或者说完全失去了行政能力。而朱祁钰封朱文正为日本经略府大都督，就是让朱文正暂时代替天皇在日本行使政府权力，为平叛提供政府支持。显然，朱文正在这其中扮演的角色最为重要。当时，朱祁钰也只有这个选择，谁叫于谦没有派遣更多的政府官员来日本协助他呢！
接下来，上杉谦信招回了宇佐美定满，让宇佐美定满协助他建立军事指挥机构，即使此时上杉谦信手里的军队少得可怜，除了宇佐美定满那五千嫡系之外，就只有从俘虏中挑选出来的不到一万人的部队。当然，这支部队的战斗力非常差，士气也很低落。虽然那些之前为叛军作战的士兵并不在乎为谁作战，他们在乎的只是能否吃上一口饱饭，能否在战争中幸存下来而已。不过，要将他们培训成一支强悍的部队，这几乎不可能。
朱祁钰也迅速地在东京建立起了明军东先军团的司令部，并且从几支军团里抽调了部分参谋人员过来充实这个司令部口在理清了军队的结构，以及明确了战争的目的之后，建立与扩大司令部是必须的。当然，朱祁钰不是那种运筹帷幄，决胜千里型的统帅，他更喜欢在前线指挥战斗，不过这司令部仍然是要有的，这样才能更好地协同明军各部队行动。
等到朱祁钰处理好这些事恃的时候，东军已经撤退到了今市与宇都宫两地，梁岳在前线严格遵照了朱祁钰的意思行动，明军一直通过运动战在消耗东军的实力，并且稳步将战线推进到了关东平原的边缘地区。随着东军退出关东平原，明军也加快了进攻今市与宇都宫的准备工作。要确保关东平原的安全，就必须要控制这两个重要的据点，这也是堵住东军进入关东平原的门户。
后方，谢正卿的第一军正在迅速恢复战斗力。补充给第一军的两万多官兵是从国内新兵中挑选出来的，其中很多人原本应该分配到正在成型的第五集团军去。显然，这些新兵都没有完成规定的训练课程，其中很多新兵甚至只掌握了使用步枪的方法，就被装上了前往日本的运输船，被送到了东京来。
为了能够让第一军在最短的时间内具备作战能力，同时也是为了让第一军参加战略反攻，谢正卿对新兵的训练非常残酷，几乎是用折磨人的办法在让这些以往对帝国军队充满了幻想，却不通世事的年轻军人迅速地从少年变为壮年人。比如，他每日只让新兵休息不到三个时辰，其他时间都是训练。体能训练，格斗训练，使用武器的训练，以及队形战术训练，几乎从来就没有间断过。很多新兵在上厕所的时候都不得不跑步前进！
幸亏当时朱祁钰还没有设立军法部门，负责军队纪律的是侍卫团。如果当时有宪兵的话，有军法部门的话，恐怕谢正卿就要被很多人控告了。当然，朱祁钰对谢正卿的做法也是睁一眼闭一眼。一些参军的贵族子弟早就把谢正卿残酷对待新兵的事情通过一些渠道反映到了朱祁钰这里来。不过，现在确实需要第一军迅速恢复战斗力。战略进攻需要更多的兵力，朱祁钰也就默认了谢正卿的这种做法。就如同朱祁钰对那些新兵所说的一样，平时多流汗，战时少流血。在训练场上的严格要求，这是对军人负责的态度。如果没有过硬的素质，那么在战场上就只能无辜丢掉性命，为帝国增添负担！
一个多月下来，两支船队分别将大批的作战物资送到了东京港。其中一支船队是直接从帝国本土港口出发的，这支船队送来了最新的火炮，步枪，还有大量的手榴弹与地雷。另外一支船队则是从朝鲜港口出发，先去了济州岛，在那边接上了一批朝鲜军队之后再到了东京。而这支船队送来的主要是其他的作战物资，比如帐蓬，粮草，以及医药物品。而随船到来的朝鲜军队也迅速进入东京，代替了负责东京安全与管理任务的明军，让明军能够将兵力集中到前线战场上去。