可以说，当时政府改革的核心就是要控制住内阁总理大臣手里的权力，不仅仅朱祁钰这么想，于谦也是同样的想法。历史上对于谦的评价很多，所以也就不多说了。在两人都认识到，如果内阁总理大臣的权力过大的话，这对帝国的稳定将是一个严重的威胁。因此，两人为了解决这个问题，用了两个重要的办法。
一是再次改变政府结构，通过新增加部门来削弱内阁总理大臣对各部门的影响。当然，其中有一点是没有改变的，那就是各部门的部长除了接受内阁总理大臣的直接领导之外，还直接向皇帝负责。换句话说，内阁总理大臣并没有办法直接控制内阁的各个部门，在内阁大臣都有权力向皇帝提请奏章，以及禀奏国务的情况下，内阁总理大臣实际上就成为了被皇帝安排在了内阁中的大管家，如果内阁总理大臣想要与皇帝争权的话，那么他首先考虑的就应该是怎么去对付下面的那些大臣，以及绕过皇帝对内阁的控制。显然，这本身是不可能的，因为不管是谁，绝不可能控制所有的内阁大臣，皇帝也不例外。显然，这一办法实际上是加强了内阁政府的权力平衡，在增设了更多的部门，更加细化了各个部门的权限之后，任何人在内阁中都无法拥有绝对的控制大权了。
二是改变内阁总理的任命，监督办法。以往，内阁总理是由皇帝任命，然后在贵族议院走了个表决的过场之后，就可以上任了。现在，朱祁钰取消了贵族议院在这一事上的权力。内阁总理直接由皇帝任命，并且直接向皇帝负责。作为交换条件，朱祁钰将罢免与弹劾内阁总理大臣的权力分了一半给贵族议院，即贵族议院有权力提出罢免与弹劾内阁总理的议案。该议案在议院通过之后，将直接呈交给皇帝，经皇帝批准，就能罢免内阁总理大臣。当然，如果皇帝愿意的话，也可以直接罢免内阁总理大臣，并且任命新的内阁总理大臣。而这么做的目的，除了将内阁总理完全变成皇帝在内阁政府中的大管家之外，还有一层意义。那就是，将议院完全设置成为了内阁的监督机构，内阁总理大臣也将受到议院的监督！
采用了这两个办法之后，内阁总理大臣的权力实际上受到了更大的限制，而且其在政治上的地位也发生了变化。可以说，于谦是帝国历史上绝无仅有的一位内阁总理大臣。在他的那个时代，帝国的内阁总理大臣，实际上就是帝国的二号元首。这虽然与帝国当时的情况有一些关系（没有太子，也就没有副元首），但这也是皇帝对于谦的信任所产生的直接结果。显然，在于谦之后，绝对没有第二个内阁总理大臣还能够得到皇帝的完全信任。比如，朱祁钰在亲征的时候，就将帝国的的所有权力都交给了于谦，这需要多高的信任？显然，特殊的历史时期，特殊的历史人物决定了这一特殊的现象，而在此之后，就绝不可能出现类似的事情了！而朱祁钰这次通过两个主要的手段来限制内阁总理大臣的权力，实际上，就是要为于谦的离任做好准备。当时，皇帝才三十六岁，而于谦已经有六十多岁了，显然，这个皇帝最为依赖的助手不可能陪伴他走完这一生，那么，于谦离任之后，自然需要有一个更为有效的手段来约束内阁总理大臣！
如果看得更深一层的话，这次的政府改革本身还是为了强化皇权。可以说，在第一次政治改革之后，内阁总理大臣已经成为了皇权的最大威胁者，或者说是约束皇权的最大力量。显然，在于谦担任内阁总理大臣的时候，这个问题并不存在，因为他本人就是皇权的拥护与支持者。可于谦之后，问题就没有这么简单了。新任的内阁总理大臣必然是年轻官员，显然这些有新思维的年轻官员不一定会继续支持皇权，特别是在资本经济大规模发展的时候，资本家已经成为了帝国政府中的主宰力量，为了能够获得更大的利益，如果在皇权与资本发生了冲突的时候，显然，这些资本家的代言人就不会衷心的拥护皇权了。因此，在无法保证今后的内阁总理大臣能够拥护皇权的情况之下，唯一的办法就是限制内阁总理大臣的权力，削弱内阁总理大臣的影响力，以此来保证皇权！
当然，要巩固皇权，仅仅是依靠削弱内阁总理大臣的权力是不够的。从政府改革的各个政策来看，比如扩大政府规模，限制官员经商，清查官员资产等等政策来看，这些其实都是在巩固皇权。不过，也正是如此，才导致这次的政府改革困难重重，五年时间，也许还仅仅只是个开始而已。而且，从这次改革一开始，就遭到了众多人的反对，特别是其中对政府官员的两点限制，更成为了争论的焦点。
一是限制官员经商，这是朱祁钰坚决要完成的改革任务。寡头商人集团能够在帝国造成那么大的危害，其中的一个主要原因就是，这些商人在政府中有代言人，因此他们可以控制一些政府官员，从而为自己牟取高额利润。而这种官商勾结的现象已经存在了上千年了，显然，这对新的资本经济是没有半点帮助的。朱祁钰在政府改革的初期就提出了这一点，即任何人在成为政府官员的时候，都得放弃一切商业活动。为此，朱祁钰甚至让钱广入专门成立了一个官员委托基金，由该基金委托管理官员的财务。当然，这个政策本身是好的，不过在当时却直接涉及到了官员的基本利益，因此遇到了很大的阻力。即使最后朱祁钰强行推广了这一政策，甚至不惜辞退了一批比较优秀的官员，不过，真正完善这一制度，恐怕还要等到数百年之后了。
二是清查官员资产。这是个让所有人都头痛的问题，廉洁的官员并不担心，不过，又有几个官员能够做到真正的廉洁呢？而通过南昌案，广东案（柴氏家族案），朱祁钰对贪污官员是深痛恶绝的。当然，因此而引发的大案并不少，甚至在朱祁钰下令冻结所有官员在银行的存款，并且动用帝国警察部队开始彻底清查官员资产的时候，还有不少的官员因此而自寻短见呢！
不管怎么说，朱祁钰在国内用了五年的时间来改组政府，这一工作是非常有必要的，而且这也是巩固帝国基础的必要措施。如果没有一个完善的，高效的，廉明的政府，那么就没有办法推动帝国发展。当然，在更大的程度上，朱祁钰实际上将政府当作了自己手里的工具，没有好的工具，怎么来构建他理想中的帝国呢？
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