秦统一后，的讲学已经名传四海，而且成为朝廷智囊“博士院”中的儒生博士。当时比较杰出的儒生、方士有淳于越、韩佟、、安期生、徐福、卢敖等70人。秦始皇经常拿一些古怪的题目考考这些博士，有时也召集他们参加廷议，看起来有点象现代管理学中的头脑风暴法。
与秦始皇有两次生死交锋，引发秦始皇对儒生的厌恶情绪，最终导致历史上著名的“焚书坑儒”事件。一次是介入秦始皇身世之迷的皇室血脉纠纷中；一次作为秦始皇的最杰出的七十博士，在廷论中激烈批驳秦始皇的“家天下”思想。
西汉刘向《说苑*至公》中记载了一件与秦始皇廷辩之事。秦始皇统一天下，乃召群臣而议，他说：“古时候五帝以禅让礼贤传位，而夏商周三王以世继方式传位，哪个更好，我将采取哪一个。”博士七十人一时没人答得上来。这时出来，说：“以天下为公，则用禅让方式；以天下为自家，则用世继的方式。故五帝以天下为公，三王以天下为家。”秦始皇听了感觉的话暗合圣意，故意仰天而叹：“吾德出于五帝，吾将以天下为公，谁可出来继承我的位置？”希望各位儒生能顺他的意，继续恭维他。不料，大声地说：“陛下行桀纣之道，欲为五帝之禅，非陛下所能行也。”就是说，以你秦始皇的德行，是不可能做到禅让的。秦始皇听了大怒：“，你到前面来，你为何要说我行桀纣之道？快快自圆其说，说不上来你就立刻死。”慨然而对：“臣请说之。”他说：“陛下筑台干云，宫殿五里，建千石之钟，万石之虚，妇女连百，倡优累千，兴作骊山宫室一直到雍地，相继不绝，所有一切都是为自己享乐，殚竭天下民力，偏驳自私，而不会推己及人，想到天下的百姓。陛下所谓天下只是一人之天下，哪有什么可与五帝比德行，实施以天下为公？”一番话，从秦始皇的生活享受直说到坟墓建筑，逻辑严密，激昂慷慨，说得秦始皇脸面全黑，半天说不出一句话。从来没人敢如此顶撞秦始皇，廷上一片死寂，更没人敢放一个屁。过了很久，秦始皇才回过神来，喃喃地说：“的话，令我当众出丑了。”于是传位的事，就不再提起，也没有立太子，使秦始皇成为我国封建社会唯一一位既没立皇后又没立太子的皇帝。一直到秦始皇最后一次出巡，在沙丘临死前，才秘密写了遗诏，传位公子扶苏。想不到遗诏被李斯、赵高合谋篡改，传位胡亥，扶苏被赐死，成为千古奇憾。可见的话对秦始皇影响之大。但也从侧面说明秦始皇并不是一个滥杀的残暴君主。
这之后，儒生们的话语渐渐放肆，一些儒生竟然背后议论秦始皇，秦始皇越来越恼火，终于发生“焚书坑儒”事件。消息灵通的，悟性高些的，在秦始皇动手之前隐匿逃出。也离开咸阳到了曲阜，曲阜是儒学的故乡，各地学子纷纷前往求学。收了许多弟子，其中知名者有穆生、白生、申培，还有来自沛县（今属江苏）的刘交，即西汉开国皇帝刘邦的弟弟。秦朝颁布焚书令，烧毁《诗》、《书》，严禁私学，师徒被迫辍业，刘交返回故里，不久即参加了刘邦的反秦队伍。刘邦战胜项羽，举兵围鲁（即曲阜），等鲁中诸儒还在讲习礼乐，弦歌之声不绝，以致刘邦大为感叹，不忍再动干戈，对鲁采取招降。后来鲁地归汉。刘邦再次路过曲阜，曾率弟子前往鲁之南宫拜见刘邦。
西汉建立后，刘交被封为楚王，延请同学穆生、白生、申培等到楚做官，居住曲阜12年后则迁居西汉首都长安（今陕西西安）继续从事讲学事业。应该说新的帝国王朝让重新燃起建功立业的希望。他把儒家经典在授学中重新阐述了一番。楚元王刘交特别喜欢讲习的《诗》，曾亲自为《诗》作传，号称《元王诗》，并要求几个儿子一律读《诗》。为了使自己的后人得到先师荀子的真传，吕太后时，他特派申培伴随自己的儿子郢客前往长安，直接向求学。汉代儒学中的“鲁学”学派，就是弟子所兴起的一个学派，从而开创汉代新儒学，至汉武帝时形成影响整个封建社会的“独尊儒术”的局面。
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