在抗战中，他曾多年担任中国红十字会副会长，特别是他任副会长时正值抗战前后，于救助伤兵输送物资、建立抵抗部队，做出了贡献。
全面抗战爆发后，杜月笙以中国红十字会副会长名义组织上海市救护委员会，救护军民达260万人。
1937年8月13日，日寇全面进攻上海，上海守军奋起抗战。杜月笙以中国红十字会总会副会长名义，联合各团体组织上海市救护委员会，并同时成立救护队10队、急救队13队、临时救护医院24所，征集救护汽车98辆，并特约公、私医院16所收容受伤军民。
据统计，杜月笙所领导的救护输送医疗工作，共救护了抗日受伤军民44398人。此后，杜月笙又筹划在松江、昆山、苏州、无锡、杭州等地设立重伤医院，每年医院少则收治伤员二三百人，多则达三四千人。南京沦陷之后，中国红十字会总会及各地工作人员大多撤退到汉口。杜月笙亲自乘飞机到汉口，与政府有关部门统一商定救护方针，在汉口成立临时救护委员会，设置医疗队37队，后因需要逐渐增加至178队，共有工作人员近3000人。
据统计，至抗战结束，红十字会所救护的军民总数已达260万人。这一可观的成绩，与红十字会广大工作人员的努力分不开，但杜月笙在其中的领导作用不容忽视。救护工作所需的物资、车辆，许多都出于杜的号召，也不排除他自己的“毁家纾难”。在这一点上，他号召他所能影响的团体包括他的帮会组织捐助抗战，是起了很大作用的。在抗战中，他坚持在上海，包括参加抗敌后援会工作，直至11月上海沦陷，他才秘密撤退。
在上海抗战中，与戴笠共同创建了一支1万人的武装游击部队，配合正规军，参加抗战
杜月笙在上海抗战中所办的另一件大事是与戴笠共同创办了“苏浙行动委员会别动队”参加抗战。尽管戴笠一生以与**作斗争为己任，但在抗战中，他的思想倾向基本属于黄埔系中主战的少壮派军人阵营，在这一点上，“人之爱国，谁不如我”的杜月笙与他是一致的。两人本来即为挚友，在抗日这一点上又有共识，所以两人商定在上海建立一支1万人的武装游击部队，以帮会和工人为基础，配合正规军作战，并负责肃谍防奸等工作。
杜月笙自己出钱捐赠了5000支快慢机手枪，又利用自己的影响，动员了帮会成员、工人、学生、店员、失业青年入伍。10月，这支仅以一月时间仓促成立的游击部队，在上海南市和苏州河两岸配合正规军与日寇作战，尽管作战力差，但大多成员异常英勇顽强，为中华民族抗战作出了牺牲。
据事后统计:别动队战死兵共1500人以上，受伤500余人。据说，杜月笙颇为悲痛，他不是心疼钱，而是哀怜那些为国捐躯的青年，其中很多人是他的徒弟。
中国红十字会总会理事室迁移香港后，杜月笙亲自主持工作，筹措救护事业经费