闽都督府
民国初，闽都督府其少数高级官员由临时大总统委任，余则用旧人员，全府实有官佐职员159名，福建都督孙道仁。都督府设参谋长、军政秘书长、高等顾问及行政秘书处。主要办事机构为军务司，下辖八科：有军务、人事、军事、经理、军需、执法、医务、总务科等，共76人。军务司辖卫队、陆军医院、陆军监狱。此外，都督府有将校队安排编余军官。都督府除一些差役为雇员外，余皆军人。多数人有军衔，校尉官分步兵、炮兵、骑兵三类，担任文职工作的军法官、秘书、书记等不授军衔。
陆军第十四师与防卫军
清末陆军暂编第十镇，原为湘军。辛亥革命后即改为闽军第一镇，许崇智为统制。民国元年(1912)8月，南京陆军部电令改编为福建陆军第十四师。民国2年4月，许崇智中将奉令暂代师长。辖步兵第17、28旅，每旅2团，每团步兵3营(均缺第2营)；炮兵2营，工兵1营，骑兵、辎重各1连，军乐1队。共有官581人，兵7336人，匠夫943人。同年12月5日，第十四师奉令撤消，部队被遣散。
宪兵1营，官23人，兵147人，匠夫25人。
防卫军4营、福建长门护台陆军第五标2营，共有官165人，兵2328人，匠夫236人。
民国元年10月以上三部合计：官769人，兵9811人，匠夫1204人，共11784人。
地方司令部与巡防队
福州、泉州、漳州(元年10月底撤，合为漳泉)、汀州、厦门、延津(今南平)等地方司令部，编制极不统一，设官参差不齐。福州城守地方司令官兼带巡防营，设官共10人。除军需官、书记官外，还有司城官7，差遣员29，先锋队先锋官28。泉州地方司令部设执事官等13人。汀州地方司令部设官2人。延津(又称延建)地方司令处设官10人，另有先锋官113人。漳州地方司令部设官40人。民国2年10月，临时大总统任原福建护军使黄培松为厦门要塞司令官，并裁去护军使一职。12月，又任黄为福建漳泉总司令官，黄拥所部民军千余人，仍驻漳州。并设直隶陆军部的清乡办公署。厦门驻军为福建镇抚使岑春煊率领的江苏部队，归黄培松节制。新任福建护军使李厚基不容黄的存在，不久即逼黄退出，部队被接收。
民国初巡防队的编制、布防仍沿袭前清旧例。巡防队各路司令隶属都督指挥，与地方司令官共同负责内卫。民国元年巡防队有17营(每营3哨，300人左右)，共有官255人，兵5151人。分前后中左右五路：前路三营，司令陈金魁兼福州地方司令处总执法，2年3月补陆军少将；后路二营，司令范庆升驻漳州；中路五营，司令曹春发驻泉州；左路五营，司令徐镜清兼建宁镇总兵，该部2000余人，驻闽江上游，为兵力最强的一路，徐在2年3月补陆军少将；右路二营，司令刘蔚驻汀州，2年3月补陆军少将。各营设官不一，大多有管带官、军需长、书记长、医生。各哨有哨长、哨官、司书生。此外，还有福建镇抚使的卫队二营，驻厦门、漳州。各炮台官兵共1600人。以上(元年10月)共官兵6907人。
义勇队、水师与绿营队
闽军义勇队原有6营，民国初扩至28营，有官224人，兵3558人。每营分二哨，计百余人，有管带官、书记长各1，哨长2，司书生3。驻省城2营，余分布全省。元年10月报遣散后尚有9营，实仍保留第1至第26营的番号。
福安水师、内河水师(隶属延建地方司令官)各三营。
绿营队为前清历年裁并留存者，官360人，兵5654人。元年3月以上共有官兵7695人。至民国3年除内河水师保留，余均裁撤。
闽厦要塞司令部
闽厦要塞总司令官辖电光山主台、长门礼台、划鳅炮台、烟台山炮台、北岸炮台、厦门胡里山炮台。各台设管带(少校)。另有水雷营，共有官兵1600人。北洋军建制变化频繁，但要塞炮台基本不变。
陆军小学校及其它
闽陆军小学校(又称陆军步校)民国初办两期，除军官照章轮流入学，另招自费生，一年或一年半毕业，两期约百余人；后复设讲武堂，由各营选送学员，7个月毕业，约90人。学校官员设监督、提调、书记官、军械官、军需官各1，队长2，区队长5；助教1，教员11(分国文、历史、地理、数学、理化、英文、东(日)文兼军歌)；内外科医生、稽查员、司务长，会计员、军械司事、库储司事各1，司书生3，共设教职员34人。
福建陆军测量局及军械各局厂等，每局设文职二三人。
福建护军使署
民国3年至11年(1914～1922)李厚基统治福建，其头衔时有变换，但始终由其独揽全省军政大权。李自直隶(今河北)入闽时带一个旅，不久，即拥有三个混成旅(陆军第十、十一、十四旅)与一个步兵旅(福建陆军第一旅)。混成旅属北洋中央政府编制，饷银由中央拨给；步兵旅属地方编制，饷银由省拨给。正规军外，还设省警备队和盐务缉私营。至民国10年9月扩充至1个师3个混成旅与9个混成团。即福建陆军第二师、福建陆军第一混成旅、陆军第十混成旅、陆军第十一混成旅、福建陆军第一至第七混成团、福建省警备队第一、第二混成团。李扩充实力的办法有二：一是以补充缺额为名，从原驻防地直隶河间、马厂与江苏徐州两地募兵，入闽不久即扩所部两团为两旅；二是靠地方财政拉扰收编他部。后者番号时常变换，编制极不统一，各军就地给养，财政紊乱争端迭起。中央也曾设法限制李的权力，但不见效(早在民国7年10月北洋中央政府决定《结束闽省军事办法》两条：一为缩减兵额，限定当年十月底止，海军陆战队(原有十团)独立第四师(原有六团)独立第十四师(原有六团)各缩减至四团止，省防军第一、第二旅(每旅二团)、教导团各以一团为限。二是调换防地：陆战队第一旅闽江上游一带；陆战队第二旅福宁府属(今宁德地区)；独立第十四师兴化(今莆田地区)，泉州各属安溪除外；独立第四师漳州属，安溪、永春、德化、大田；省防军第一旅汀州；省防军第二旅龙岩；省防军教导团省城。但因战事发生，此法无效。摘自南京第二历史档案馆全宗一○九九，卷2)。
民国7年，闽粤战事起。4月，北京政府委李厚基与浙军师长董葆暄为援粤军正副总司令，李在厦门设立援粤军总司令部。李于9月兵败后，10月北京派援闽陆军第二十四混成旅王永泉部入闽。8年4月粤军陈炯明与李谈判达成协议，两军划地而守。9年8月孙中山先生令陈炯明率部回粤对付桂军，李接收了粤军所占的地盘。李为了巩固自己的统治，又一次扩军，将闽粤战事中扩编的四个支队(由张清汝、辛桂芳、周永桂、史廷飓任支队司令)改编为四个旅(中一旅后又升为第三师)。另建福建陆军第一、二独立旅，以周永桂、张毅为旅长。李为了防患王永泉与臧致平，将各部队分散驻扎，穿插布防，派王献臣的第三师驻防汀州府属各县，唐国谟的第十混成旅的一个团驻延平府属各县，以钳制王永泉；派第一师第二旅(旅长张清汝)驻泉州，张毅的第二独立旅驻漳州，第十混成旅的另一个团驻厦门，以牵制臧致平。
民国9年(1920)直皖战争中皖系失败，李见直系得势，决心弃皖投直，受到皖系军阀的唾弃。11年，在孙(中山)段(祺瑞)张(作霖)反直三角联盟业已形成的形势下，8月北伐军代表胡汉民与王永泉达成共同进攻福州驱逐李厚基的协定。10月12日李兵败，28日在日本领事保护下离开福州。11月3日在国民党主持下，福州公推王永泉任福建总司令。
福建护军使署成立于民国3年9月18日，这时李的头衔全称是陆军中将福建护军使督理福建军务。护军使署设在前清将军衙门(今省立医院址)，下设参谋、秘书、副官三处，军务、军需、军法三课，共有职官89人，另有兵弁48人。袁世凯称帝，封李为一等子爵，民国5年(1916)3月21日，特任李为建武将军督理福建军务上将衔陆军中将。护军使署遂改为建武将军行署，仍设三处三课，共有职官52人，另有差弁与夫役76人。袁世凯垮台后，7月6日段祺瑞政府改各省将军为督军，李遂授任福建督军，实授陆军上将。建武将军行署改督军公署，编制和人事安排基本不变。
陆军第十混成旅和福建陆军第一旅
民国2年10月，李厚基率第四师第七旅(辖步兵第五、第十四团)3385人取海道自马尾入闽。第五团，团长唐国谟，官兵1610人，民国3年驻厦门、泉州一带，同年4月唐兼厦门要塞司令官。第十四团，团长姚建屏，加该旅炮连、机关枪连共1775人。李任镇守使后，旅长一职由姚兼理，翌年3月姚加给陆军少将衔。第五团后改为陆军第十旅，再扩为第十混成旅，旅长唐国谟。6年9月唐为厦门镇守使兼第十混成旅旅长。厦门镇守使署人员由该旅本部职员兼充，计73人。
第十四团驻防福州和闽北部分地区，后加上李厚基招募的3000北籍壮丁扩为福建陆军第一旅，旅长姚建屏(先为贾文祥)。6年8月护法战争前夕，姚旅扩编为福建陆军第一师，姚为师长，驻闽北各地。8年李疑姚与王永泉勾结，将第一师司令部撤销，姚调福州任省防司令。
陆军第十一混成旅
福建陆军第十四师遣散后留下的闽籍官兵，于民国2年12月编为陆军第二十七混成旅，驻防闽东各县，其中数营尚属湘籍精壮。临时大总统任王麒为旅长，归李镇守使节制调遣。该旅辖步兵二团(每团三营，每营四连)、炮兵营(欠一连)、机关枪连、马队。民国5年改番号为陆军第十一混成旅，旅长王麒。民国4年该旅官佐实有299人。
陆军第十四混成旅
民国5年9月由海军总长刘冠雄、旅长臧致平率北洋陆军第十师第十九旅辖步兵三十七、三十八团、炮团三营暨炮兵营，共3659人，乘船入闽南，改番号为第十四混成旅，驻防漳州与闽西部分地区，归李厚基统辖，旅部先驻诏安后移漳州。6年9月，臧为汀漳镇守使兼第十四混成旅旅长，镇守使署人员以该旅本部职员兼充，计77人。民国7年12月后，臧兼厦门镇守使。该旅饷银、服装、皮鞋均由北京陆军部供给。8年1至8月曾七封急电催饷(由于北洋中央政府长期供给很不及时，官兵生活苦不堪言，非嫡系的臧旅尤甚。民国8年8月30日臧电称“……加以时疫发生，士兵病者十之六七，故者每日不下二十余名，恁何应付？现在商行息欠达十四万余元，已被拒绝不能再借；又中西药料累欠至一万四千余元，又衣棺款约一千余元，久未清偿，无法再赊；他如柴菜杂支零星外欠约一万余元，纷纷索讨，日日搪塞。而近日尤有不堪者：病者乏药治疗，故者赤身埋葬，官长典当生活，士兵形同乞丐，惨目伤心，不忍殚述。……”以上摘自南京第二历史档案馆全宗一0一一，卷811。)，此时臧旅已扩至750改编为福建陆军第二师，臧为师长。10年10月该师辖步兵第三、四旅，炮兵第二团，每旅步兵二团，除第七团缺第二营外，每团均三个营。臧非李厚基的直接部属，所部有较强的战斗力，且据有漳厦富庶之地，李疑他与王永泉勾结，11年6月，李突到漳州，解除臧的师长职务，改由自己兼任，令臧专任汀漳镇守使。臧愤然离漳赴沪。
福建督理公署
民国12年(1923)3月，北洋直系军阀吴佩孚派长江上游警备总司令兼第二师师长孙传芳为援闽军总司令，驻赣的第十二师师长周荫人为副总司令，率部队由鄂、赣从杉关进入闽境。4月孙传芳就任福建军务督理(全称为“督理福建军务善后事宜”)，王永泉任军务帮办兼兴(化)泉(州)永(春)护军使(护军使公署不另设)，周荫人为闽北护军使(公署设延平)。孙认为王的实力不可低估，因此极力收编福建各路杂牌军及各地民军引为己助。翌年3月孙传芳以权诈的手段驱走皖系的王永泉，王的部队，除傅席珍的第二十四旅及杨化昭的第四旅的残部随臧致平、杨化昭退到浙江外，不是投降，就是被歼。后孙任周为军务帮办，周拒而不受，为了避免正面冲突，孙遂让出军务督理职。5月，北京政府免去孙的督理职，任周为福建军务督理。6月，任孙为闽粤边防督办(见《福建文史资料》第九辑第24页《孙传芳督闽纪实》一文)。9月，任孙为浙江军务督理兼闽浙巡阅使。隔年孙发动讨奉战争，胜利后自封为浙闽皖赣苏五省联军总司令。
周接任后，首先改组督理公署人员，大肆扩军，以巩固政权，最多时总兵力达到近六万人。接着向不听号令的民军兴师问罪。13年12月，围歼了驻扎泉州南安的福建第二师高义部。隔年又进剿卢兴邦部。15年农历正月初一，对陈国辉部发起进攻。9月，国民革命军进攻江西，五省联军总司令孙传芳派周为第四方面军总司令，受命进攻潮汕地区。周亲率方面军总部抵永定县城，指挥所部三万余人攻粤。10月8日，周的总部遭国民革命军主力的突袭，周逃回延平后，还思挽回颓势，遂重设第四方面军总司令部，无奈各部已成惊弓之鸟，不听命令。12月，国民革命军东路军占领福州后，周见大势已去，遂率部经政和入浙，在温州将由闽到达的部队，合编两旅，尚有二万余人。
福建督理公署，在孙传芳督闽时，沿用原有的机构与人员，没有大的变动。周荫人接任督理后，即改组督理公署，设三课(军需、军务、军法)一处(陆军审判处)，重新任命了参谋长、秘书长与各课、处长。
陆军第二师与陆军第十、第二十四混成旅
12年6月，以孙传芳为师长的陆军第二师入闽时实有官兵4713人，后从直隶(今河北)河间与豫东两地募兵约万余人，除补充二师外，还新编两个旅又二个团。同年7月报经北京批准，以第二师之备补兵为基础，重新组建陆军第十混成旅(原第十混成旅已瓦解)，孟昭月(原为第二师第三旅旅长)任旅长兼第一团团长，该旅辖二团，每团三营，约3500人。又重新组建陆军第二十四混成旅，约3500人，张俊峰(原为第二师第四旅旅长)为旅长。两旅装备精良、素质较佳，是嫡系中的精锐部队。
督署内卫部队
12年7月孙传芳组建督署卫队第一团、第二团，各约2000人，由第二师参谋长孙基昌和督署副官长张世铭分别兼任团长。
周荫人接任督理时，续建第三团，每团均辖三个步兵营，一机枪连，一迫击炮排，官兵约一千七八百人，由第十二师参谋长王炎、梁春圃、督理公署副官长王云岳分任团长。此外，还有督署手枪营，约四五百人，督署直辖机关枪连，机枪八挺，约一百二三十人。
福建陆军第一、二、三师和第一、六、七、八旅
孙传芳在入闽之初，即委民军郭锦堂为福建陆军第一旅旅长，所部仍驻沙县、归化(今明溪)、永安三县。孙入驻省城后，即放手收编各路杂牌军及各地民军，至13年6月编成如下：委李厚基旧部张毅为厦门镇守使兼福建陆军第一师师长，驻漳属八县；委民军高义为福建陆军第二师师长，驻泉州、南安一带；委李厚基旧部王献臣为福建陆军第三师师长，驻汀属八县；委永春民军吴威为福建陆军第六旅旅长，德化、大田民军林怀瑜为第七旅旅长(该部实力不足千人，旋并于吴威旅)；委安溪民军陈国辉为福建陆军第八旅旅长。另委莆仙民军林寿国为福建陆军第一独立团团长，令其部开驻福州训练。
中央陆军第十二师与周荫人新编部队
周荫人自兼师长的中央陆军第十二师，入闽时仅六七千人。还在孙传芳督闽时，周即着力扩充该部，12年底扩至9191人。周接任督理后，另新编三旅：中央陆军第二十九混成旅，约3000余人，旅长孔昭同(原第十二师步兵第二十四旅旅长)，驻防泉州、南安一带；中央陆军第三十混成旅，约3000余人，旅长苏埏(原第十二师团长)驻防延平一带；福建陆军补充第一旅，约3000余人，旅长蒋启凤(原第十二师第四十七团团长)，驻防福州、惠安一带。