于是，朱元璋时期对蒙古的战争，主要就是用武力逼迫逃回大漠草原的蒙古人放弃“大元”这个国号。
西元1369年，朱元璋派遣常遇春、李文忠率领步兵8万、骑兵1万进攻“北元”上都开平。这次出征很顺利，因为城破之前，元顺帝孛儿只斤•妥欢帖木儿就被迫逃亡到应昌（今内蒙古赤峰）。据说，元顺帝当时还作下一首歌来表达自己的悲伤：“失我大都兮，冬无宁处；失我上都兮，夏无以逭暑”。亡国之君苦啊！
此后，朱元璋又陆续派遣大军北征北元。西元1370年，朱元璋派遣徐达、李文忠、邓愈、冯胜、汤和统领大军，分3路进攻蒙古。其中，李文忠为东路，从居庸关进入大漠；徐达为中路；冯胜为西路，主要从河西一带进攻蒙古人。这次出兵，徐达在沈儿峪口大败王保保，俘获北元官员1800多人，士兵8万多人。
此时，元顺帝因哀伤过度而突然去世了，其继承者和宗室又逃亡到了后世外蒙古国的古都哈拉和林。
从西元1368年元大都被明军攻克开始，明洪武三年(西元1370年)，元顺帝妥欢贴睦尔死于应昌，元朝太子爱猷识理达腊继位，即“元昭宗”。于是，北元朝廷退据哈拉和林，仍用“元”作为国号，故史称“北元”。
当然，后世史学家中也有人称“北元”为“残元”。“北元”政权仍以外蒙古哈拉和林之为首都，苟延残喘。
西元1387年，明军攻克了哈拉和林，并将此城彻底毁掉。之后，哈拉和林虽数次被重建，但因西元15世纪初期的蒙古诸部分崩离析，而鞑靼与瓦剌两部蒙古贵族之间相互攻伐，导致首都哈拉和林逐渐没落。
现今，外蒙古国哈拉和林市博物馆中还保存有《兴元阁碑》，刻于元惠宗至正二年（西元1342年），见证了蒙元帝国的兴衰，当然也见证了自己所在的“黄金家族”是如何一步步走向衰败的，毕竟天道有常。
西元1372年，朱元璋派遣徐达、李文忠、冯胜各率五万骑兵，三路出兵进攻北元。此次出征，徐达的中路军遭到了扩廓帖木儿和贺宗哲的围攻，大军死伤惨重，不得不退兵。而西路和东路却得到了胜利，但是收获却很少。因此，大军回朝后，朱元璋“赏罚俱不行”，毕竟这样会容易引起军心动摇，不如压下去。
同时，朱元璋也感觉到蒙古草原的势力难以短时间内彻底平定，于是便将对大漠草原的战略从进攻转而防守，并命令大军驻扎在长城以南，长期驻屯，修建城池，加强边防。这时，明朝开始重新修建长城。
但是，朱元璋为了避免秦、汉王朝修长城时强征民夫的恶劣影响，便把“长城”改名叫“边墙”，以避讳。
西元1382年，明朝军队已经消灭了云南梁王的势力，于是开始和“北元”争夺东北地区。西元1387年，冯胜、蓝玉、傅友德率领明军击败了元朝镇守辽阳行省的纳哈出，并将辽东地区强行纳入了明朝的版图。
为了进一步击败东北的“残元势力”，朱元璋于当年9月命令蓝玉、唐胜宗、郭英北伐蒙古，大军一直打到了“捕鱼儿海”（贝加尔湖），杀死北元官员1000多人。此后，北元皇帝在逃亡和林途中，被部将所杀。
从此，蒙古本部陷入了长期的分裂。而新的蒙古首领已经不再称“皇帝”，而改称“大汗”，而且“元朝”的国号也被蒙古人放弃了。这标志着以“黄金家族”为最高统治集团的“北元政权”已正式灭亡，历史重新开始。
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