太平军解决三江口清军后，即传檄广州府所辖各县，至九月底，实际控制香山、增城、番禺、顺德、东莞、三水、新宁、清远等县，另有南海、佛山、新安、连山州等县或被迫反正，或主动反正。
广州府辖十五县一散州只龙门和丛化两县据城自守，不愿归降太平军。龙门叫尚可远所领平南藩下汉军攻破，丛化则叫南雄副将孙义部并太平军一部攻破。二部破城时对城中百姓多有杀戮，言称有辫者即为刁民，逮之便杀，造成二县万余百姓丧命。
消息传至广州，周士相立即发下严令，称日后凡破府县，不论有辫是否无辫，都不得滥杀。有辫者为难民，无辫者为顺民，除非该城守军对太平军造成重大伤亡，否则不得屠城。
为严明军纪，以正太平军大明王师之名，周士相下令斩攻破龙门军百户，原任平南藩下协领一员；总旗二人，原任平南藩下佐领两员，以为惩戒。同时派员接管丛化与龙门县务，调香山县永乐乡长宋达明、龙眼乡长万长隆为二县知县。另令广州府立即调运钱粮安置二县难民，接济百姓，建乡设村，以为长久之计。
反正诸县，只名义上属广州府管辖，南海、佛山、新安、连山州四州县仍旧由原先清廷委任的知县管事，这几县的营兵也不过是换上明军的红色军服而矣，除此之外，一切并无改动。
南海千户王兆兴、佛山千户赵自强，新安千户林兴国、连山州千户吴安远都是绿营将领，王兆兴与赵自强是主动率兵反正，林兴国和吴安远则是见势不妙被迫反正。四人虽授太平军千户职，但其部属营兵仍为其私兵，县中事务也由原清廷委任的知县负责，对于广州只是名义上服从，县内钱粮并不上缴，甚至境内军民都不曾割辫，明显是在明清双方摇摆。若太平军败，则四县再次易帜也是转瞬之间的事。
对此，周士相不予理会，叫广州府不必对四县有何摊派，也不必派人到四县，叫四县就这么保持现状。之所以如此，却是心有余而力不足。收复广州不过月余，周士相既要整合降兵，又要在实际控制的几县进行土地整并，还要派兵剿匪，安置难民，恢复生产，一桩桩事情实在是压得他不得一刻喘息，又哪里能顾得上那四个阳奉阴违的县。
这四县保持现状，名义上服从广州，已经是最好的结局了。便是周士相气不过，或是担心有隐患，派兵去剿，短时间内还是得让四县保持现状，甚至连知县官吏都派不出。既然无法实际控制这四县，又何必派兵去打。
新成军的步军第一镇入驻清远，皆因该县为广州最北端的重镇，与韶州接壤，若韶州有事，则第一镇便可直接攻入韶州。新会和肇庆是广州的南大门和西大门，清远便是广州的北大门。
四镇组成后即在驻防地内清剿土匪和散兵，对于那些打着太平军旗号却不愿接受太平军指挥的绿营兵也一律清剿。原增城守备胡明义部“奉命”让出增城往新安县去，增城由第三镇蒋和部接管。经过整整一个多月的剿匪，共歼灭大小土匪4000余人，挑选青壮1000余补入太平军，其余老弱一律发往香山安置，划给土地实行屯垦。
为有效控制平南、靖南、绿营降兵，除将其家眷迁至各处分别安排，削去其中、高级将领的带兵之权外，周士相另外人为制造汉军之间的裂痕，使他们不能齐心。