赵自强在小北山之战的表现为周士相敲响了警钟，为了避免日后再出现镇将之间不和，或镇将与督抚不和以致造成战事失利，周士相决意在广西建立野战军团，以整合广西各镇兵马，明确指挥号令，统一职权所属，避免出现镇将各自为战、不服调令的现象。同时，也防止将领拥兵自重。
广西军团由第四镇、第五镇、及新编狼兵两镇组成，共有士兵31000余人，武器方面火铳5200杆，火炮83门，刀、矛、弓箭、狼筅等武器若干，另有铁甲725幅，棉甲12300具，战马652匹，驽马1360匹。新整合的广西军团以歼灭线国安所部清军，封堵桂黔边境为当前主要任务。
有鉴于于世忠在小北山之战的杰出表现，周士相令其出任广西野战军团都指挥使，以下各镇官兵建制不变。第五镇仍由于世忠兼领，作为都指挥使直属镇。
于世忠其人，对明室、对永历朝廷颇多忠诚，西征广西以来，其三次上书周士相请早日入滇，故而任命于世忠为广西野战军团都指挥使，军帅府内部争论颇多。在湘西剿匪的赵四海甚至特意回了沅州一趟，直言用那降将赵自强出任远征军都督，已是叫老兄弟们看不过眼，不过因远征军是用兵安南，此举有些近似流放，所以弟兄们倒也勉强认了。可这于世忠先前不过是个旅校，其人又是浙江人，怎能就一下压过了邵九公，一跃而任广西军团都指挥使?
对此，周士相的答复是有才能者，不问出身只要立有大功都当重用。倘若对有功者不赏，有过者不罚，何以立军，又何以让全军上下归心？
又私下对赵四海道，那于世忠忠于明室不假，可我们太平军也是大明之兵，我等亦是大明之人，怎就不能容忠于明室之人居军中高位呢？
相对于世忠以旅校之职窜升军团都指挥使，老弟兄广西巡抚邵九公却不再兼任第四镇镇将一职，而是由其副将王有喜接任。同时，广西巡抚衙门迁往南宁，柳州改作广西军团都指挥使驻地。原虎贲将军、第十镇镇将王兴所部仍隶广西巡抚指挥。第十镇今后的任务是在广西巡抚衙门的指挥下对广西南部和西部山区的土人武装进行剿灭，换言之，第十镇在相当长一段时间内将主要从事剿匪，从而让广西版图实质归于明统。邵九公这个广西巡抚今后也将成为文官性质，主要精力将放在恢复生产、安置灾民、招纳流民，建立广西地方政权事务上。
单以权力而言，邵九公这个巡抚权力下降很大，之前他以巡抚之职统领广西诸镇太平军，对广西军政一把抓，现在，则是只能管理地方，只对转为广西驻防兵的第十镇有指挥提调之权，这不能不说是被削权了。
不过，邵九公对于没能出任广西军团都指挥使并没有感到多少失落，反而如释千斤，心头如一颗大石落地。
人贵有自知之明，邵九公深知自己才能有限，恃重有余，进取不足，这在成平时节自是难得品质，但眼下明清相争，太平军力抗西南数十万清军，过于恃重就显得有些不合适宜。若是小北山之战他可以更胆大一点，恐怕吴麻子也不会战死，往前推的话，高进库也有可能不会在独山州身败。总之，邵九公自认无法统领大军，真要他继续主持广西战事，说不定又会出什么纰漏。将广西野战军团交给于世忠，其实也是邵九公的进言，因为他也觉得于世忠比自己强。