南京那边，延平郡王无疑是受骗了，瓜州、镇江两战的胜利和江南大批州县望风来附让他做出了错误判断，竟然相信了南京城内的清军会在一个月之后投降。
清两江总督郎廷佐一面以江南提督管效忠的名义卑辞“请降”，借以缓兵；一面不惜以放弃部分州县为代价，从附近地区调集一切可用的军队，同时向清廷发出十万火急的求援奏疏。在周左援军到达之前，郎廷佐、硕尔辉、噶褚哈、管效忠等人自知兵力不敌，不敢出城作战。
最早赶到南京的援军是苏州水师总兵梁化凤统带的4000兵。梁化凤先是在苏州与江宁巡抚蒋国柱的抚标兵会合，尔后进至丹阳时连续接到总督郎廷佐四次调兵入援南京的羽书。
梁化凤知道南京危急，连夜进兵，于26日上午到达句容县。此时句容已向郑军纳款投降，地方又是丘陵曼衍，草木蒙茏，所以梁化凤怀疑郑军会在句容有埋伏，下令严密戒备，搜索前进，结果毫无郑军踪迹。
通过险处以后，梁化凤长松一口气，笑着对部下说道：“海贼太大意了，句容这等险地都不置兵扼险，倘若他们部署数千兵在此，我等焉能过去。”
当天深夜梁化凤即率兵到达南京城下，郎廷佐闻知梁化凤来援，欣喜异常，忙命开正阳门让梁军入城。此后，在郑军大规模“围城”期间，又有江苏、浙江等地的驻防清军相继赶到南京。
计有：苏松提督标下游击徐登第领马步兵300名；
金山营参将张国俊领马步兵1000名；
水师右营守备王大成领马步兵150名；
驻防杭州协领牙他里等领官兵500名；
浙闽总督赵国祚和驻防杭州昂邦章京柯魁派镶黄旗固山大雅大里、甲喇章京佟浩年带领驻防杭州披甲满洲兵500名；
浙江巡抚佟国器派抚标游击刘承荫领精兵500名；
和州副将赖天光领兵600名；
当涂游击蒋庆领兵260名；
芜湖参将赵真领兵480名；
围城期间，南京上、下游清军源源不断通过郑军防线进入南京，安庆方面，清安亲王岳乐也发兵1600名乘船赴援，竟在郑军水师眼皮底子眼进了南京城。前后大半月，进入南京的援军多达一万余人，而山东、河南、江南各地援军陆续不绝。