八旗制度的特点是以旗统人，即以旗统兵。凡隶于八旗者皆可以为兵。实际上，清代兵有常数，饷有定额，随着满族人口的不断增加，并非所有满族人都能披甲，而到后来披甲的人数占满族人口的比例愈来愈小。清太祖、太宗时期，八旗组织有较快的发展。
八旗满、蒙、汉佐领共583个，又半分佐领28个。清统治全国之初，由于统一全国的战争需要，以及平定各地的反清斗争，满洲八旗发展迅速。康熙时满洲佐领达到669个，嘉庆时增加到681个。此后维持在这一水平上。蒙古佐领顺治时增加11个，康熙时又增加76个，雍正二年(1724)定制为204个。八旗制度建立时有蒙古人编在满洲八旗内，直到清末亦有蒙古佐领35个，又半分佐领2个，编在满洲八旗下。顺治十五年有汉军佐领206个，又半分佐领3个。康熙五十一年(1712)增至258个，又半分佐领1个。雍正十二年定制为270个。此后，因八旗生计愈来愈困难，一部分汉军出旗为民。乾隆五十五年(1790)汉军佐领减少到266个。此后终清不改。八旗官兵的额数，清末光绪、宣统时，实存职官约6680人，兵丁12万人。
八旗初建时兵民合一，全民皆兵，凡满洲成员皆隶于满洲八旗之下。旗的组织具有军事、行政和生产等多方面职能。入关前，八旗兵丁平时从事生产劳动，战时荷戈从征，军械粮草自备。入关以后，为了巩固满族贵族的统治，加强对全国各族人民的控制，同时为了解除八旗官兵的后顾之忧，更好地为清王朝效命，建立了八旗常备兵制和兵饷制度，与绿营共同构成清朝统治全国的强有力的军事工具，八旗兵从而成了职业兵。八旗兵无论满洲、蒙古或汉军，均以营为单位，由都统及副都统率领，称作骁骑营，用于驻防或征战。并有炮营、枪营、护炮藤牌营，附属于汉军骁骑营。
八旗有一套完整的制度。如封爵，天命、天聪时期定王公爵止于贝勒，崇德元年始走亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公、镇国将军、辅国将军、奉国将军九等。顺治十年(1653)增奉恩将军为十等。亦有异姓封王、公、侯、伯、子、男的，但汉人甚少。清代世职，太宗时与官名本多相同，顺治四年成为荣誉称号。乾隆元年定民爵精奇尼哈番为子爵，阿思哈尼哈番为男爵，阿达哈哈番为轻车都尉，拜他喇布勒哈番为骑都尉，拖沙喇哈番为云骑尉。八旗按引军旗色定户籍。壮丁原则上三年编审一次，分正户、另户、另记档案及旗下家人等。八旗兴办宗室觉罗学、官学等，课其子弟。八旗宗室王公及官兵的婚丧等均有规定。清初定旗民不通婚，直到光绪二十七年(1901)才取消禁令，实际上民间早已通婚。
禁卫军制清朝定都北京以后，绝大部分八旗兵丁屯驻在北京附近，戍卫京师的八旗则按其方位驻守，称驻京八旗，俗称京旗。另抽出一部分旗兵派驻全国各重要城市和军事要地，称驻防八旗。驻京八旗负责皇宫和京师的安全，实即禁军。清禁卫军制大类有二，即郎卫和兵卫。郎卫即指御前近卫，专门负责皇帝及后妃等的警卫与服务，其内部又根据具体任务的不同，设置侍卫处、銮仪卫、善扑营等不同的机构。侍卫处初选上三旗子弟中才武出众者分班入值，掌上三旗侍卫亲军之政令，供宿卫扈从之需。銮仪卫亦系侍从武职，掌管帝、后车驾仪仗等机构。宣统元年(1909)避溥仪名讳，改为銮舆卫。善扑营，顺治初年曾设善射鹄、善强弓、善扑等侍卫，各有专管，统在三旗额内。康熙八年为惩治鳌拜专横乱政，选侍卫中一部分年少有力者练习扑击之戏，鳌拜入见时，即令侍卫等掊而絷之，于是有善扑营之设。该营专习掼交、射箭、赛马等技艺，供皇帝游玩宴乐时表演。兵卫即指京师及宫禁的警卫，也根据不同的任务及防卫的需要，分设前锋、护军、步兵等不同的营制。
八旗的驻防入关以前，已有八旗驻防之设。清统治全国以后，分为畿辅驻防、满洲驻防和各直省驻防。畿辅驻防为守卫京师附近地区，包括保定、张家口、热河、察哈尔及木兰围场等地。各省驻防多为省会或重镇。八旗驻地及兵额，视各代而有增损、裁并，但变化不是太大。清末全国驻防共有817个佐领。
八旗在全国各地驻防，一般不设都统。在重要地区如盛京、吉林、黑龙江、江宁、杭州、福州、广州、荆州、西安、成都、绥远等处设将军。凡设将军处下设副都统。将军为该地区的最高军事长官，但不理民政。后热河、察哈尔由副都统升为都统后，即为该地区长官。
八旗的旗务管理无论满洲、蒙古或汉军，均由固山额真管理。顺治十七年，固山额真一律改称都统。各旗均设都统一人，副都统二人。雍正元年，设八旗都统衙门，由上述各旗都统二十四人及副都统四十八人组成，掌满洲、蒙古、汉军八旗之政令，稽其户口，经其教养，序其官爵，简其军赋。凡八旗之方位，京师及各地之驻防，陵寝守卫，壮丁编审，选子弟充执事，选送秀女，以授地之法定八旗世业，奴仆管理，田租定额，房产购置，红白赏恤，选送俊秀入官学出具考试名册，会选旗营官员，功过劝惩，世职袭废，稽户丁，定兵额，选马甲等等，无不统一管理。