战争转入战略相持阶段，敌后战场逐渐成为中国抗战主战场
日军占领武汉、广州后，战线延长，兵力分散，财政经济困难。同时，中国人民坚决抗战，尤其是八路军、新四军在广阔的华北、华中敌后战场上消耗与牵制其大量兵力，与正面战场国民党军相配合，在战略上对日军构成严重威胁。因而，日军不得不改变速战速决的战略方针，停止正面战场的战略进攻，改取以保守占领区为主的方针，逐渐转移其主要兵力打击共产党领导的抗日武装力量。这样，八路军、新四军和华南抗日游击队抗击日军侵华总兵力（不含关东军）达到58％以上，敌后战场（又称解放区战场）逐渐成为中国抗战的主要战场。中日战争进入战略相持阶段。
1938年11～12月间，日本近卫文麿内阁连续发表声明，改变过去“不以国民政府为（谈判）对手”的立场，转而采取以政治诱降为主、军事打击为辅的政策；提出“善邻友好、共同防共、经济合作”的“近卫三原则”，引诱国民政府降日反共；并推行“以华制华”“以战养战”的策略，积极扶植傀儡政权，发展伪军，加紧掠夺占领区内的人力、物力、财力。1939年9月，第二次世界大战在欧洲展开。日军大本营为统一指挥侵华日军（不含关东军），在南京成立中国派遣军总司令部。1940年9月27日，日本与德国、意大利结成法西斯军事联盟。
国民党当局由于在战争中多次失利和惧怕共产党领导的人民抗日力量日益发展，在日本诱降和英、美对日妥协政策的影响下，从战争初期抗日较为积极，同共产党关系也比较好，逐渐转为消极抗日，积极反共。1938年12月，国民党副总裁、国民参政会议长汪精卫公开投降日本，随后成立南京傀儡政权。1939年1月，国民党五届五中全会通过《限制异党活动办法》，设立“防共委员会”。不久，又秘密颁发《共党问题处置办法》《沦陷区防范共党活动办法》等反共文件。11月，国民党五届六中全会确定以军事限共为主，政治限共为辅的方针，随即掀起第一次反共高潮，调动军队进攻八路军和山西新军。国内出现严重的投降、分裂、倒退的危险。1939～1940年，日军对正面战场先后发动南昌、长沙、桂南、枣宜等战役。中国军队在此期间发动了1939年冬季攻势作战，并取得第一次长沙会战和昆仑关作战的胜利，但丧失了东南沿海大部分地区和南昌、宜昌等重要城市。
中国共产党于1938年9月底～11月上旬在延安召开扩大的六届六中全会，提出要不断巩固与扩大抗日民族统一战线，把党的主要工作方面放在战区和敌后，确定了巩固华北，发展华中、华南的战略任务。1939～1940年，中国共产党及所领导的抗日武装部队，高举坚持抗战、反对投降，坚持团结、反对分裂，坚持进步、反对倒退的旗帜，同日伪军的“扫荡”和国民党顽固派的军事磨擦进行坚决的斗争，放手扩大抗日力量，使抗日根据地得到迅猛发展，成为坚持中国抗战的中坚力量。
在华北，日军华北方面军集中其大部兵力和几乎全部伪军，采取分割、封锁和“扫荡”等手段，轮番对各抗日根据地进行“肃正作战”，企图实现由“点”“线”占领扩大到“面”的占领。八路军于1938年底～1939年初，以3个师的主力挺进冀、鲁、豫平原，挫败日伪军对冀中、冀南和鲁西北等地区的大规模“扫荡”，巩固与扩大了抗日根据地。从1939年夏开始，日军进攻重点由平原转向山区抗日根据地。晋察冀、晋冀豫、晋西北、山东等抗日根据地军民，采取内线与外线相结合，主力军与地方武装、民兵相结合，挫败日伪军的多次“扫荡”。1939年冬～1940年春，国民党顽固派军队进攻陕甘宁边区和晋西南、晋西北、晋东南、冀南、冀鲁豫等抗日根据地，八路军和山西新军为坚持团结抗日，实施自卫反击，打退了国民党顽固派掀起的第一次反共高潮。为打破日军的“囚笼政策”，争取华北战局更有利地发展，并影响全国的抗战局势，克服国民党妥协投降的危险，八路军于1940年8月～1941年1月，先后出动105个团共27万余人的兵力，对华北日伪军占领的交通线及据点，展开大规模的进攻，史称“百团大战”。在前3个半月的作战中，进行大小战斗1824次，破坏铁路474千米、公路1500余千米，毙伤俘日伪军4万余人，沉重地打击了日军，坚定了全国人民的抗战信心，进一步提高了中国共产党及其领导的抗日武装力量的声威。
在华中，新四军执行东进北上方针，向淞沪、皖东、豫皖苏边及皖东北、豫鄂边发展。1940年夏，八路军第2纵队主力南下豫皖苏边区，新四军江南指挥部率主力渡长江北上苏北，10月上旬取得反击国民党顽固派军队的黄桥战役的胜利，从而打开了苏北抗战的局面。
在华南，除琼崖（即海南岛）红军游击队转为抗日武装开展游击战争外，中共在广东省东江、珠江三角洲等地区建立抗日武装，积极开展游击战争，创建了抗日根据地。