在总部里面，9S虽然已经被修复，但还需要自行对系统进行调整。
在这个过程中，他突然听到一阵极为诡异的噪音。
为了调查噪音，他黑进了总部的服务器里面。
服务器里面的内容很多，他最先找到的是“器材运输记录”。
他发现，总部向月球人类议会搬运的材料大多是空的；
还有“机体保管记录”里面，也存在着一些端倪——关于黑匣子的情报都被破坏了。
然而，让9S最为震撼的，还是他找到了“人类议会计划”的记录。
这个数据原本是严密封锁的，被他强硬地黑进去了。
它的问题在于：
原本应该是人类议会召开会议，然后布置寄叶部队去执行；
但是，记录上显示的顺序，却是反过来的。
这意味着——人类议会是寄叶部队设置的。
9S隐约猜测到：月球或许根本就没有人类居住，所谓的人类议会，也完全不存在。
这时候，他接到了2B的求援通讯（对方被机械兵信徒困在废弃工厂内）。
切断了服务器的连接后，他前往管理室，操纵终端黑进工厂，来帮助2B和帕斯卡尔。
这个过程中，他变成一个机械兵，通过重重障碍后，为2B打开了电梯闸门。
然后他继续黑进工厂的系统中，控制各道关卡，协助2B逃离工厂。
当2B和帕斯卡尔离开工厂后，9S收到了司令的指令。
两人碰面后，司令询问他为什么黑进了总部的服务器。
9S直接开门见山，质问司令是否根本没有人类和议会。
司令也没有掩饰，直接承认了对方的猜想：
原来，人类早在外星人入侵之前，就已经全部灭绝了。
她之所以组建月球人类议会，是想掌控人工智能的未来。
除此之外，她还将记录了真实的旧世界的录芯片交给了9S。
了解到事情的真相后，9S陷入迷茫之中。
“愿人类荣光永存”这句口号，完全成了一个讽刺。
他甚至不知道该怎么和2B解释。
此时，在地面上，夏娃因为哥哥被2B杀死后，开始进行大肆破坏。
9S搭乘机甲，前往废墟都市支援2B。
之后的剧情和之前一样，二人联手打败了夏娃。
9S感染了病毒，2B迫于无奈杀死了他。
他通过将数据转移到附近的机械兵身上，存活了下来。
只不过，在2B掐死9S的过程中，出现了两个红衣小女孩的虚影。
在一周目中，这两个红衣小女孩出现在营地中，给2B提供了特殊扫描仪。
她俩身上似乎隐藏着不少秘密。
存活后的9S，在总部得到了重生。
在二周目结局的末尾，2B前往9S的房间拿取一些道具。
9S似乎想将真实的历史告诉2B，但最后还是没说出去，只是提醒对方务必小心。
由于亚当、夏娃两个管理员脱离了网络，机械生命体的指挥系统陷入混乱状态。
寄叶部队打算趁机发起总攻，希望能一举夺回地面……
二周目通关后，上官言意识到，仅仅只是换了一个视角，游戏的剧情却几乎完全颠覆。
当人类的存在成为骗局之后，这场人工智能机器人与机械生命体的战争，谁对谁错几乎完全失去了意义。