八年前，一个巨大的建设计划无视于景气状况、国库预算的窘迫，以及环保分子女的反对运动等等，硬是在风光明媚的观光区相武湾近海进行了造陆工程。这个俗称新五区的新相武市，是为了削弱本地龙头御堂财阀的势力，所以藉由从全国各地网罗而来的精英之睿智，使政府高层无理、无谋、无道地强迫通过的建设工程，所以这都市同时也代表着权力与利益的结晶。
以全国寥寥无几的大海水浴场之名广为人知的高滨海岸，在近海地带进行造陆所诞生的三日月岛、上弦岛、望月岛、十六夜岛和下弦岛这五个人工岛屿，以新月湾为中心围成环状。岛上盖了拥有高度竞争力的高科技产业公司，还有以素材研究为主，保存了基础建设知识资产的研究所，甚至还有专属顾问团及国际会议等设施。这里不仅是观光区，也是地方经济的核心。因此，原本只是首都圈腹地的相武市，摇身一变成为拥有国际竞争力的学术研究都市新相武市。这个建设计划的核心，就是正在进行创新、以数位化管理的免税商业地带三日月岛，以及身为产业界学界合作计划主角、保有各种设施与知识财富的学园都市十六夜岛。
当初建设这些人工岛屿的概念是为实现产业界学界合作计划而诞生的尖端科技研究圣地。如果加以检视，其实这个计划已经出现了意想不到的发展举例来说，就像在三日月岛的闹区中，因为近似非法占据而诞生的最新御宅族圣地新秋叶原之类虽然这样的意外不在少数，但是就现况来看，大致上应该还是依照着计划在发展。然后，位于建设计划中心地带的就是十六夜学院，以及管理、营运着学院的十六夜财团。
以十六夜岛为中心，总共有一所综合大学，三所专科大学，七所附属高中，三所附属中小学，一所附属幼稚园，以及众多的附属研究所。这个十六夜学院还拥有专属顾问团，是为了保存具有国竞争力的知识资产而设立的综合教育机关。虽然十六夜学院设立仅仅八年，却已经诞生了三位获得诺贝尔奖的学者，特别是科学技术系与经济学系的研究活动，根本令其他学院难以望其项背，因此这里也是日本屈指可数的知名教育机关。在七所附属高中里，光是位于十六夜岛的就有四所。其中唯一拥有综合多元教育课程的，就是十六夜学院附属高中中央校。跟十六夜学院的其他附属高中相比，是夸称教育水准最高的一所。在全国也是名列前茅的名门高中。这里的学生不光是成绩优秀，就连在运动或其他术科，都有良好的表现，而且多半是豪族世家的子女。
但是，这样的一所学院，有两个人足以称为名人代表虽然其中一个是好的代表，另一人是不好的代表不是来自精英家庭。其中一位是拥有掌握史上最强学生会的实力与领导魅力，连任了两届的学生会长中濑古舞。她有个与威风凛凛的外表以及高傲的性格截然不同的出身土地爆发户的独生女。
另外一个就是与她互为对照组，以恐怖的疯狂科学家恶名而轰动学院的麻烦制造者久我原桂一。他来自一般家庭，父母都是普通的地方公务员，却像突变一样生出这个奇特的少年。原本十六夜学院的学费就昂贵得吓人，绝对不是一个普遍地方公务员的儿子(而且还是从小到大不断制造麻烦，所以被断绝亲子关系而独自生活的少年)支付得起的。但是因为他有不少发明取得专利认证，这些收入除了支付生活费和学费，还有大量的剩余资金可以让他闲闲没事就成立一些机构。还不只是这样，对管理桂一发明认证的十六夜财团来说，他的存在就像一棵摇钱村。然而他在学院内所进行的各种诡谲活动，还有因此所引发各种可怕的麻烦，却每每让学院里的人不禁瞠目结舌。
学院当局总是摆出与我无关的姿态，所以校内唯一有权力阻止桂一暴行的，就只有学生会这个组织。而且，对中濑古舞这个冲动鲁莽的女孩所信奉的正义与良心来说，要放任桂一，让他继续给背负着财团野心与权力的学院，以及无辜学生带来无边混乱与困扰的话，这是绝对不能容许的事。
那么，面对这个为了自己的研究与征服世界，就算把灵魂卖给恶魔也不会有丝毫犹豫的疯狂科学家，拥有强大实行能力的学生会所进行的镇压到底达成了何种成效?或许就跟大部分人的想象一样，不管是对学生会，还是对一般学生来说，都不是个可以令人满意的结果。
举例来说，一年两个月前，因为要迎接一年级新生，学院内十分热闹。久我原桂一很快地就放弃了所有的既有社团（这也是理所当然的，不管大家怎么卖力邀请他，根本就不能有足以满足他特殊嗜好的社团)。让我来唤醒大家的回忆，说说他注意到茶道社时所发生的事吧!茶道社只有一位社员，这个社员就是在高中时代已经担任茶道教室的代理教师，茶道技术也获得高段认可的涟恋歌，依照规定，只要她还没退社，茶道社就会一直存续下去。但是桂一为了建立征服世界研究社，竟然要求茶道社让出活动室(而且他的理由还是铺了榻榻米的研究室是很好的崭新尝试)。结果恋歌不只是干脆地让出社团活动室，还更进一步加入征服世界研究社这件事情过后，学生之间就出现了有两个怪人成立了奇怪社团的传闻，学生会甚至把这件事视为征服世界研究社侵占茶道社，让这场闹剧瞬间变成悲剧。学生会的强制执行部队也曾经想要行使权力夺回茶道教室，但是到了现场，却发现茶道教室不知何时已经被桂一改造成基地。后来不知道是这个疯狂科学家驱使特异科技制造出的扭曲力场造成自毁，还是因为学生会副会长乱菊硬是拉开茶道教室的木格子门，使出长刀必杀技巽流长刀术奥义?青花鱼押寿司斩所产生的强大非科学高周波能量激射，因此让周遭的七间社团话动室陷人半毁或全毁的惨状
中濑古、藤堂二人带领的学生会才开始运作半个月，就订立了整合全校社团及同好会的规则，她们还接收了校内非法设立的餐饮店，并且重新划分营业组织。就是有这么强势的政策，才会产生完美无瑕的最强学生会的传说。然而，自从彻底颠覆了学生会威信的征服世界研究社侵占茶道社事件以来，仅有两名社员的征服世界研究社，就成为学生会唯一且最大的敌人。之后的一年多，以校园为舞台所发生的多次抗争中，学生会总是拿征服世界研究社莫可奈何，在学生之间也因此传出学生会没有认真对抗，导致灾害大幅增加之类的冷嘲热讽。基于以上事件，深受不负责任等批评的学生会会长舞。还有担任她左右手的副会长乱菊，虽然非常不能接受，但是客观地就事实来研判，也不得不承认这样的批评确实有道理。
征服世界?随便让他们去玩就好了，反正也没有人会觉得他们真的可以征服世界吧，这没什么大不了的。
一般学生对这个社团的想法，多半也是**不离十。如果要说她们不负责任，确实是有点不负责任，但还是得先对久我原桂一这个少年有些认识才能理解。就好比说，台风并不是为了给人带来灾害才到处肆虐的。若要说狂风暴雨有何目的，应该只是要释放出自身强大的能量吧，只不过是释放得过了头。想要征服世界的少年，其实也跟这种天灾很类似。因为他只会暂时热中于眼前的事，没过多久就会因为厌腻而放弃。所以只要等他的兴头过去就好了。如果奋勇挺身与暴风雨对抗，也只会扩大灾情。这是所有人都明白的道理，聪明如学生会会长也应该能够理解。没错，舞也明白但是她就是责任感太重了，自尊也高了些，抓狂的速度比其他人快了些，同时也顽固了了些，又比普通人来得难以通融。
舞与乱菊拉着恋歌一起飞奔到广播室却找不到桂一，无辜的广播委员拼命尝试从外部侵入者的手中夺回校内广播的控制权，却只能重复着无意义的努力。
久我原到底在哪里?
舞咬牙切齿地质同，恋歌再次搞不清楚地对她灿烂笑着。
咦，你说小桂吗?他应该就在社团话动室吧!
什么!既然知道干嘛不立刻告诉我们!
咦?可是你们又没有问我?
这家伙难道你是自发教育的人型化身[注：自发教育是一种以迂回手段促进学生自动学习的教育方式。此为对恋歌知情不报的讥讽]吗?
会长，我们快去吧!
咦啊啊，对喔!
在乱菊的催促下，几个人匆忙往征服世界研究社(附带说明，恋歌几次送往学生会的社团成立申请书都被舞当场撕碎，所以正式记录上还没有警察同好会这个社团)的社团活动室跑去，途中舞就瞪着恋歌问道：
我说啊，所谓的守护学院内外的法律及秩序第一件工作就是入侵广播吗?
这个才不是工作呢!只不过是宣传罢了。
恋歌柔和地笑着回答。
这种事我会不知道吗?
放学后人烟稀少的校园内，桂一的声音依旧以巨大的音量放送出来。
从我们勇敢地挺身而出，与万恶的学生会奋战的第一天开始、就不断支持我们的同学们，请不用担心，我们是绝对不会跟学生会妥协的。至今在校园内引发诸多灾难与混乱的暴虐学生会会长中濑古舞，以及副会长藤堂乱菊，虽然她们的横暴事迹还历历在目，但是如今她们已洗心革面，提出校内安全宣言，表达出将会为了维持校内秩序与和平而奉献，所以我们愿意以宽大的心胸接受她们，并在此宣布，我们也会为了建构新的校圆秩序而贯献一己之力!
校园内真会有支持征服世界研究社的怪人吗?桂一无视这个根本的疑问，还是继续发表他的演说。
那个家伙
他竟然还指名道姓，害我也跟着出名了。
舞握紧拳头把牙齿咬得咯咯作响，乱菊只得无奈地苦笑。
那个，小舞啊!
不知是否终于注意到舞狰拧的表情，恋歌有点迟疑地开口了。
我说过很多次了，不要在我的名字前面加上小字!你想要说什么?
舞用吊成倒三角的眼睛狠狠地瞪着恋歌，像是觉得所有事都是她搞出来的。
小舞真的是暴虐学生会会长吗?我觉得还是不要继续做些让大家困扰的事情比较好。
你说谁暴虐啊?那种满口谎话的家伙说的话也能信吗?你一直都跟那个家伙在一起，应该很清楚吧?一直一直一直做些让大家感到困扰的人根本就是他自己吧!而且他到底是什么意思啊?竟然还用那种虽然害怕狂暴的学生会会长，但还是不得不鼓起勇气提出忠告的口气!
唔！对不起嘛!
舞骂得口沫横飞，像是要扑上去咬人的气势让恋歌感到害怕，乱菊则拼命地从背后抓住她。
会长!请你先镇定下来。
因为听到外面大吵大闹，社团活动大楼有好几扇门都打了开来。但是，一看到暴跳如雷的舞的身影，所有的门又慌慌张张关紧了。
从旁人的眼光来看，应该只会觉得是舞在欺负恋歌吧！
(学生会又要受到批评了)_
总有一天要斩了久我原桂一在乱菊的心中，第二十次下定这个决心。
在广播室的操控下，可以将校内广播的有效区域调整成大中小三个阶段。一向与节制这个名词无缘的桂一，当然是把开关切换到最大的有效广播区域。还不只是特别教室、教职员室，或是宿舍这些校内建筑，还有十六夜岛上的相关设施，就连同这半径五公里内的IDPhone都是广播的范围。就算现在校内没几个学生，但是学生宿舍、三日月岛的购物中心，甚至是旧六区的海水浴场及观光区，都是在广播范围内，结果大约有八成的学生和学院相关人士听见了这段广播。
附加说明，IDPhone形同十六夜学院的学生证，是一种跟学生证同尺寸的小型手机，可以连接十六夜学院的主电脑和资料库，所以不只可以接收学校发出的各种通知，或是用于十六夜图书馆的资料搜寻，还可以作为学生互相联络的通讯工具。因此不只是学校的教职员，就连全校所有学生都是每人一部，每个使用者都要支付五元的专利费用给发明者，而收下这笔钱的发明者就是桂一。光是这项发明，大概就能支付他半年的学费了。
耕平!你注意一点嘛!
好好好
好说一次就够了!
三日月大楼的精品服饰店，有一对正在约会的高中生情侣并肩走着。虽说是情侣，但是这两人怎么看都不像有着对等的关系。那位少女穿着十六夜学院附属高中红梅校的水手服，不知能不能说是气宇轩昂总之就是自信地走着。红梅校分为男子部和女子部。女子部是继承了明治时代教会学校招牌的名门女子高中，也是个历史悠久的千金小姐学校。而站在她身边的少年，也同样穿着十六夜学院附属高中中央校的制服，他帮正在购物的女孩抱着堆积如山的商品，看起来一脸的不耐烦，但还是乖乖地跟着女孩的步调走着。
就在这时，放在他口袋取的IDPhone突然以巨大的音量开始播放桂一的演讲。
哇!
耕平吓了一跳，手上的商品纷纷掉落在地，少女很不高兴地说：
那是什么啊?
这是IDPhone，是十六夜学院的学生证兼手机
耕平从口袋里拿出IDPhone，看了之后错愕地歪着头。
怎么了?