此时，许国的野心已暴露无疑，他和申时行两人又演绎了一场张居正对高拱的好戏，他表面上似乎与申时行同心协力，内心里对申时行的嫉忌无比，他故意公开申时行的秘密揭帖公布于众，暗地里捅刀子使绊子，已达到自己不可告人的目的。可惜，他没有张居正的哪个好命，不没几天，次辅许国也被人参劾，愤怒的皇帝批准他“回籍调养”，对他一点也不挽留，让他丢尽面子。两天以后，皇帝才接受了申先生的辞呈，准许申时行辞职了。
在这一场旷日持久的悲剧性的冲突中，没有胜利者，斗争的双方都付出了惨重的代价。“国本之争”是历时十余年，惹起了许多的风波，使申时行等好几个大学时相继离职，黯然离去。朝臣们更是被打得遍体鳞伤，体无完肤，被罢黔，被处罚的官员不记其数，文官集团受到很大的伤害。朝臣们有时激烈，有时暂时平静，但是都小心翼翼，讲究策略害怕一时意气把事情弄僵反而不可收拾。万历也深受其害，无论他多么宠爱郑贵妃和常洵，这废长立幼一举决不会被廷臣所接受，他如果公开坚持自己的主张，最后势必引起大规模的流血，而且流血之后也未必就能如愿以偿。他成了一个孤家寡人，始终得不到官员们的谅解，无法和官员们达成共识，只好躲进深宫不在过问世事，这也是没办法的办法，因为只有这样皇帝和官员不见面才不会发生冲突。万历皇帝本身也不愿意动不动就处罚官员，于是，这样双方就形成了暂时的僵持局面。
万历皇帝性格懦弱，遇事没有主见，郑贵妃到底是个女流之辈，爱子心切，她没有武则天的雄韬伟略，在处理立储这个问题上，万历拿不出好的主意，郑贵妃也没有很好的参谋参谋，致使万历皇帝在这个问题上犯了很多错误，一错再错，越弄越僵。他的第一步是册封郑氏为皇贵妃，位于皇后之下而在其他妃嫔之上，在这个问题虽然有人提出异议但是没有引起多大的纷争。既然皇子的母亲被封为皇贵妃，皇后又没有子嗣，子以母贵，常洵超越常洛而立为皇储就可以顺理成章，理所当然，如果万历皇帝一再坚持这个观点，众臣就是有意见也起不了多的作用。
万历皇帝的软弱和愚昧还表现在，申时行等群臣要求册封朱常落为太子时表现的十分犹豫，像个小偷，做事一点也不理直气壮，先是无情的折磨朱常落又说这个事是皇家的私事，外臣不得干涉。后来又借口王皇后还有生育能力，不应过早册立太子，凡此种种，既显得皇帝没有一点魄力，又让世人产生一种皇帝不讲信用的感觉，反倒把事情弄得越来越复杂了。
常洛并不天生即具有继承大统的权利，他的几个弟弟也同样没有这种权利。在没被皇帝册封以前统统没有名义。立长而不立幼，只是传统的习惯而不是法律，并非一定要这样办。明朝的许多皇帝并不一定就是长子，照样越过前边的皇子当了皇帝，这种事在历朝历代更是数不胜数明朝也屡见不鲜。太祖洪武皇帝的规定，嫡子有继承皇位的优先权，可见皇子的地位决定于其母亲的地位，而出生年月乃属次要。常洛之母为恭妃，常洵之母则为皇贵妃，子以母贵的原则在祖训前仍然大可商酌，所以万历皇帝要是有一定的魄力，坚持按自己的意见办臣子们也毫无办法。
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