就在上海失陷没有多久，沈云龙又从苏婉君那里得知日军在攻陷上海以后，开始朝着南京进发……
11月中旬，日本华中方面军在司令官松井石根指挥下，分三路向南京进攻。其第，11、第13、第16师团沿京沪铁路，第3、第9师团经苏州、金坛西进。第10军沿太湖南岸进攻，其第114师团经宜兴、溧阳，第6师团经广德直指南京，第18师团经广德直趋芜湖。中国政府在此情况下，于20日发表迁都宣言，将政府机关迁抵重庆(部分军政机关留武汉、长沙办公)。24日，军事委员会任命唐生智为南京卫戍司令长官，指挥第2军团、第66、第7l、第72、第74、第78、第83军等部队约10万人保卫南京；25日，又决定成立第7战区，以刘湘为司令长官，指挥第23集团军和由淞沪前线撤退下来的第8、第15集团军，在长江下游沿岸布防。由淞沪前线撤退下来的第3战区部队，在顾祝同指挥下于皖南地区策应保卫南京作战。12月初，各路日军进迫南京外围。南京卫戍部队以江宁镇、牛首山、淳化镇、汤山、龙潭一线为正面阵地；板桥至淳化一线，孟塘至龙潭一线为防御主阵地；雨花台、紫金山、乌龙山、幕府山、及南京城垣为防御复廓阵地。5日，日军开始攻击守军主阵地。至8日，日军分别占领南京东郊的汤山、半边山，南郊的湖熟、淳化和秣陵关，西南郊的板桥、大胜关。守军主阵地各部队撤退。日军接踵追击，迅速进至复廓阵地之前。9日，日军发出通牒劝告守军投降，遭到拒绝。松井石根于10日13时下令攻城。其第16师团攻击紫金山及其两侧地区。在此地防守的中国教导总队战至16时，退守遗族学校、中山陵及第一峰。日军第16师团继续攻击，至12日占领紫金山。日军第9师团于9日进抵光华门，10日攻击城东郊守军，12日逼进城垣，被护城河水所阻，暂停攻击，作渡河准备。日军第114师团和第6师团向雨花台方面守军第74军阵地攻击。守军逐次向水西门撤退，战至12日16时，守军伤亡过大，形成溃乱。日军占领雨花台，并攻占中华门一段城墙。雨花台及中山门城墙被日军炮火击毁多处。守城各军闻雨花台失守，相继向城内撤退。退入城内的第88师和第87师经中山路北撤，拟出挹江门，中途为特务队及第36师所阻，秩序大乱。在此情况下，唐生智于12日17时决定部队突围，一部突出重围转向浙皖边境，一部乘船或泅水渡江外，大部阵亡。13日，日军进入南京。
六朝古都、民国首府南京，就此沦陷。
南京失守后，接下来发生的就是我们民族的奇耻大辱“南京大屠杀”。
日军在南京进行了惨绝人寰的大屠杀，大量南京市居民、滞留南京城的官兵被杀害，大量妇女被**、**。被杀害的人数，中国官方认同的是30万，而战后东京大审判中判定的人数是20万。
躺在病床上的沈云龙在报纸上看到了有关南京大屠杀的报导以后，心中悲痛莫名。这些该死的日本侵略者都应该去死。打定这个主意以后，后来凡是落和沈云龙部队交战的日本人，从无一个活口，乃至在若干年以后，盟军在日本登陆，中**队在日本首都东京，制造了一场比“南京大屠杀”更为残忍几倍的“东京十日”。
12月中旬，沈云龙所负的伤，基本上痊愈了。而且他和苏婉君的关系也愈来愈密切。
一天，沈云龙正在和苏婉君一起聊天，一个少校军官来到了沈云龙的病房。
“沈云龙上校，好久不见。身体好了吗？”
沈云龙抬头一看，那个军官好眼熟啊。“你是”
“沈旅长难道已经忘了吗？上次辞公召见，也是我带你去的啊。”那个少校微笑道。
这下沈云龙想起来了，起身和那个少校握手说道：“原来是你啊，好久不见了。真不好意思，到现在我还不知道你叫什么呢？”
“我姓宋，是辞公的副官。”军官介绍自己道。
“宋副官，你今天来又有什么好事啊？”沈云龙打趣道。
“是这样的，辞公今天派我来，主要是看看沈旅长的伤好了没有，如果已经好了，那么就请沈旅长和我去辞公那里一趟。”
沈云龙一听，原来是陈诚要见自己，于是问道：“宋副官，不知辞公这次召见，有何指示啊？”
“这个我也不是太清楚，你还是自己问辞公好了。”
这时沈云龙从口袋里拿出一条小黄鱼，塞到宋副官的手里，宋副官低头看了看，于是便低声说道：“好像陪都那边有消息来了，沈旅长怕是要高升了。”
“真的？”沈云龙问道。
“恩，这次是委坐钦点的，云龙兄以后可要多多关照小弟了。”
“什么话？以后还要宋副官在辞公面前为我多美言几句，云龙日后定当重谢啊。”说着沈云龙又从口袋里拿出一条小黄鱼塞到宋副官的手里。