当时的普鲁士国王弗里德里希·威廉叁世曾给马森巴赫的建议以支持，并着手进行军需总监部的改组工作。沙恩霍斯特提出的设想更接近于现代总参谋部。他建议组建一个“军队总参谋部”，下设4个处。分别负责战略战术、军队内部事务、补给、炮兵和弹药事务。1817年，普鲁士正式使用“总参谋部”这一称谓。但它的地位和职能还远远不是现代意义上的总参谋部。
总参谋长冯·米夫林元帅在其任职期间（1821-1829年任总参谋长），注重对总参谋部军官进行系统训练，尤其在测绘方面；重视旅行训练，并建立了相应的机构；发展了沙盘作业；强调战史研究；加强了对邻国军队的观察。米夫林的继任者威廉·冯·克劳泽内克将军（1829-1848年任总参谋长）除了继承其前任的工作外，还曾在1834-1835年考虑过铁路的作用，但没有对其进行深入和持续的研究。毛奇的前任卡尔·冯·赖赫尔将军（18481857年任总参谋长）尤其注重对总参谋部军官的培养和选拔。他规定，从事总参谋部勤务的军官必须在普通军事学校学习叁年，在测绘局工作叁年，夏季从事野外测绘勤务，冬季从事军事科学工作。
赖赫尔十分注重新技术在军事中的运用。1848年，即在他任总参谋长的第一年，便将后膛枪引入普军。1855年，他起草了一份关于国内外铁路运输能力的报告，将铁路纳入展开和作战计划之中。在赖赫尔与战争部长博因的合作下，总参谋部的特殊地位逐渐显露出来：总参谋部军官可以在总参谋部内晋升；自1843年总参谋部军官的军服有了有别于其他军兵种的特殊标志。
毛奇任总参谋长期间，在其前几任成就的基础上，对总参谋部进行了改造，并以他个人的超凡才能赢得国王的高度信任，从而使总参谋部获得军队的指挥大权，将普鲁士总参谋部推向其全盛，成为当时欧洲乃至世界所效仿的样板。
毛奇指出，在历史上有些统帅不需要别人出主意，而是自己思考问题，自己定下决心，周围的人只是执行他的意志而已。但这种巨星一百年也难得涌现出一个。他说：“在大多数情况下，军队指导者需要顾问”，“一支军队组建一个司令部是十分重要的”。
毛奇对于提高总参谋部的地位和扩大其职能做了不懈的努力和奋争。当时他已认识到由于军事技术的进步和复杂化，以及作战人员的急剧增加和作战地域的扩大，军队有一个统一的计划、指挥机构对于取得战争的胜利具有重大意义。在对丹麦的战争中，由于毛奇的参与，使战争迅速取得胜利。
这一胜利，使总参谋长第一次成为新闻人物，也引起国王的注意。1866年6月2日，国王颁布命令，授予毛奇以指挥军队的全权，宣布总参谋长与战争部长保持平行的指导关系，从而使总参谋部第一次成了全军最高的、具有实权的指挥、协调机构，成了国家首脑的名副其实的军事顾问。这开创了普鲁士军事史上第一次正式由总参谋长指挥作战行动的先例。在此之前，总参谋部这一组织虽然以各种不同名称和组织形式存在60余年，但一直处于辅助位置，无权对军队实施指挥，这种状况不仅在德国如此，在欧洲其他各国亦然，只是自对丹麦战争胜利之后，普鲁士总参谋部才获得作战计划制定权和战时军队指挥权，只是从这个时候开始，总参谋部这一组织才可以说是具有今天意义上的总参谋部。
毛奇在总参谋部建设和运用，以及总参谋部军官的训练上付出的巨大心血，使总参谋部在战争中发挥了军队大脑的职能。毛奇任总参谋长期间，普鲁士进行的叁次战争基本上是在与对手势均力敌、甚至在某些方面处于劣势的情况下进行的。普鲁士的胜利主要应归功于指挥，归功于有一个由出色的总参谋长领导的出色的总参谋部。
早在1868年2月，法国驻柏林的武官就向国内报告说，“假如战争爆发，在普鲁士所具有的一切优势因素之中，最重大和最难以否认的，就是其总参军官团组织……我们的无法与之相比……在下一次战争中，普鲁士的参谋组织，将在有利于普鲁士军队的优势因素中成为一个最难对付的因素。”在统一战争中和战争后．普鲁士总参谋部已成为欧洲、乃至世界各国军队纷纷效法的样板，其总参谋部的组成、编制、任务等已成为基本模式延续至今。
在任总参谋长期间，毛奇根据战争的需要，对总参谋部进行了重大改组。他将总参谋部编为3个处，分别负责3个战场。第1处负责土耳其、希腊、奥地利、俄国、瑞典、挪威、丹麦、和亚洲。第2处负责普鲁士——德国、瑞士和意大利。第3处负责法国、英国、比利时、荷兰、西班牙、葡萄牙和美国。特别重要的是，赋予第2处负责组织、训练、动员和展开工作的职能。1858年，毛奇建议在总参谋部增设一个军事科学处，4年后即1862年，军事科学处正式建立。毛奇将全军最优秀的历史学家和测量、统计、地形测绘专家集中到该处，使总参谋部、同时也使战争这个一直为贵族所垄断的领域，被科学家所占领。此外，为适应新技术和新形势的需要，增设了一个铁道处，1869年正式编为第4处，该处在作战中发挥了巨大作用。1875年，毛奇将野外测绘勤务交由一名直属于总长的“野外测绘主任”统管，使总参谋长得以集中全力于军队的动员和展开工作。随着总参谋部地位的提高和职能的增加，总参谋都的人员也不断增加。1857年，只有64人；翌年，毛奇正式接任总参谋长职位之后，将人员增加到109人；1871年为135人；到1888年，总参谋部人员达155人。
随着总参谋部机构的建设，毛奇认识到大批训练有素的参谋人员对军队的指挥具有重大意义，因此对参谋的选择和培养非常重视。他说：“选择参谋，不是看其军衔”，而是对其能力和品质的绝对信任。有了好的参谋，还要善于组织和使用。“如果一个统帅周围有一大群各自为战、互无联系的人，那么这种人越多，越是聪明，越是自以为是，事情就越是糟糕。”战后，毛奇致力于将总参谋都建设成为一个培养军队精英和研究战争经验的学校。他不但为总参谋部军官讲解战略、战术问题，而且还亲自参加总参谋部进行的图上作业和旅行训练。总之，毛奇是普鲁士——德国总参谋部权力和职能变革中的关键性人物。在他之后的无论施利芬或小毛奇，都因袭着他的成果。
云铮是毛奇的粉丝，他对于毛奇这种坚持集中大批专业人才为战争战略战术服务的思想十分赞同，并且认为在当前条件下也是可以建立总参的。——虽然要简陋很多，但至少可以把架子搭起来。
一个月后，杭州城破已经两个月，苏州也已经岌岌可危。大魏东南局势一片糜烂，万昌皇帝下旨将朱勉等民愤极大的官员撤职查办，并开始调动戍卫山东的济南卫南下江苏镇压反贼。同时，安徽江西等东南五省兵力都开始向江宁-苏州-杭州这一带集中，主力围剿就在不远的将来。
同一天，鹰扬卫嫡系中坚将领云冰、陈一波、朱澜沧三人被一纸调令征调回了燕京，次日，北疆总督府总参谋部正是成立。
当某些奉调前来的军官仍然觉得少帅此举是在削他们军权的时候，云铮竟然宣布第一任总参谋长由他自己亲自兼任！
与此同时，鹰扬卫副都指挥使云逸及燕云卫老将原第一卫指挥使云城出任副总参谋长。云冰出任国内作战研究处处长、陈一波出任北方作战研究处处长、朱澜沧出任海东作战研究处处长、云浪出任海军作战研究处处长……
鹰扬卫和少帅派大举“占领”总参要职之后，一些军方将领才逐渐改变印象——似乎，少帅真的打算让这什么总参谋部拿到大？
除总参之外，少帅派嫡系、鹰扬卫监令徐邵扬内调燕京，出任新建立的总监察部总监察长。原燕云卫第五卫指挥使云坤调任燕云卫副都指，原燕云第四卫副指挥使郭征北调任鹰扬卫监令，原燕云第七卫指挥使云溪升任真定卫副都指，原燕云第八卫指挥使云济升任太原卫副都指，原燕云第五卫副指挥使杜新成升任真定卫监令，原燕云第六卫副指挥使蒋广生升任太原卫监令……
以上诸人空出的职务，由其推荐部属，经少帅云铮同意，报请大帅正式任命后生效。这一批换上来的新指挥使们，显然也是少帅派嫡系……而他们再空出来的职务，则由今年或最近几年从雏鹰学院毕业的年轻军官担任。不用多说，这些人依然是少帅派……
一时间，少帅派实力大涨。现在少帅派在北疆四大卫中，鹰扬卫是百分百完全掌握，这个不必说。燕云卫十二个卫至少有八个卫是完全掌握的，而在真定卫和太原卫中，也分别完全掌握了四个卫和两个卫。
可以这么说，在如今北疆拥有的四十八个卫里面，云铮以亲信嫡系直接控制的卫已经达到二十六个。在北疆正规军二十六万八千八百人里面，有十四万五千六百人已经算是少帅派了……此时的云铮，可谓坐拥雄兵，静观中原变化。
但就在此时，辽国却传来了一个让他勃然大怒的消息……
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