因为北方外患威胁仍在，东晋朝廷赖世族及方镇的支持以稳定局势，这使得不少士族掌握强大的武装形成割据。王敦素来桀傲，有意控制朝廷，晋元帝为了抑制王氏权势，以刘隗、刁协、戴渊等人牵制，并防御王敦，削弱其兵权。王敦利用祖逖去世、京城防御不足，于322年发兵，攻陷建康。刁协等人被杀，史称王敦之乱。晋元帝忧愤而死，太子绍继位，是为晋明帝。当时王敦欲专权，移镇姑孰（今安徽当涂县），但於324年病危。晋明帝下令讨伐，平乱成功，由于王导未附逆，所以王氏仍受晋室重用。
325年晋明帝去世，太子衍继立，是为晋成帝。由王导及外戚庾亮辅政。当时军事重镇分由陶侃镇守荆襄地区及由苏峻及祖约等镇守淮南地区。陶侃怀疑因为庾亮的干预，使得未能辅政而感到不满。庾亮为了提防陶侃，任温峤镇守武昌。由于苏峻及祖约对庾亮巩固中央的政策感到不满，于327年反叛。次年苏祖联军攻陷京师，胁持晋成帝，庾亮逃至寻阳（今江西九江市），史称苏峻之乱。此时陶侃观望，经温峤力劝之下决定讨伐苏峻。苏峻迎战阵亡，329年陶温联军收复京师，平乱成功。事後庾亮请罪，外调镇芜湖，朝廷由王导执政。334年陶侃去世，庾亮代之，仍遥控朝廷，与王导交恶。339年后王导与庾亮先後去世，由庾翼执政，掌握荆州军权。
北伐与夺权
在东晋成立后，南迁的晋人莫不希望发动北伐，收复在北方沦陷的家园。但由于世族已安居江南，南方丰富的资产使得重返北方的意愿不高。但是东晋建立后，依然进行了多次的北伐。
东晋初期，朝廷采取以攻为守态度抵御北方5]。317年祖逖意图北伐，晋元帝给予充分支持，不仅从库存数千匹布帛中取出三千匹支援，晋元帝命祖逖相机收复中原。他招募流民建立军队北上，晋元帝还先后派自己的次子和司马飏出兵配合祖逖，并与当地坞堡合作，最後成功收复黄河以南领土，与石勒隔河相持。但由于东晋发生内乱，朝廷於321年派戴渊为征西将军，都督各军守寿阳，镇西将军祖逖不愿隶属其下，修武牢沿黄河防御，又得知朝廷内部王敦和刘隗矛盾重重，忧愤而死。王敦因为祖逖去世而不必顾虑遂叛变。祖逖军由其弟祖约率之，最后也随苏峻叛变。由于晋朝内部矛盾，失地得而复失。晋成帝时则由庾亮、庾翼兄弟主持北伐，他们以荆州为中心，意图发动北伐。但是因被抵制，所以没有实现统一。庾氏兄弟相继去世後，朝廷先后由褚裒、殷浩、谢尚、桓温、司马勋等多次北伐。
346年晋穆帝时，桓温、周抚、司马无忌、毛穆之、袁乔等讨伐成汉（成汉于338年为李寿篡位，改国号为汉），次年讨灭。349年石虎死，晋廷派褚裒北伐，失败。桓温多次破坏北伐，在褚裒北伐失败后引军东下武昌与殷浩争权。晋廷不许，改以殷浩、司马勋、谢尚负责北伐。352年殷浩联合羌将姚襄北伐前秦，被苻健击败。次年殷浩再度北伐，为姚襄所袭，殷浩被桓温弹劾罢免。354年桓温伐前秦，但由于苻健采坚壁清野战术，桓温又态度消极不进，最後晋军缺粮而撤退。356年，桓温讨伐河南姚襄，击溃之并攻占洛阳，修谒皇陵。358年桓温不顾朝廷要求其驻守经营洛阳，仅留毛穆之三千人守洛阳，自行南撤。等到晋哀帝及晋废帝（即司马奕）相继为帝之后，桓温已经控制兵权。当时北方呈现前秦前燕代凉割据的局势，洛阳为前燕占领。桓温为了准备专权，於369年讨伐前燕。当时燕军大败，晋军进驻枋头（今河南浚县附近）与燕将慕容垂对峙。最後晋军缺粮而退，慕容垂率军追杀，晋军大败。371年桓温废晋帝司马奕为东海王，改立司马昱为简文帝。隔年简文帝去世，晋孝武帝继位，373年桓温要求「九锡」，大臣谢安、王坦之拖延该事，不久桓温病死，东晋暂时中止了北伐。
淝水危机
淝水之战前夕，前秦东晋对峙图晋孝武帝时，谢安执政，桓冲为荆州刺史，防御荆襄地区；谢玄镇广陵，与谢安防御淮南地区。为了加强中央军力，晋孝武帝令谢玄招募淮南江北百姓，成立北府军。
370年前秦灭掉前燕后，前秦帝苻坚即有意灭东晋以统一天下。373年攻下东晋梁益二州。378年派苻丕围攻襄阳，朱序坚守，於隔年攻破，俘虏了朱序；又派彭超围攻彭城，却被谢玄率北府兵击败。382年吕光平定西域後，苻坚的目标指向东晋。隔年5月桓冲率10万军，意图夺回襄阳，苻坚派苻睿、慕容垂等人防御。8月苻坚认为时机已到，率举国之师南征东晋，兵分三路，声势浩大6]。他亲率步兵60万抵达项城，派苻融为先锋率27万兵攻打寿阳，梁成等人屯洛涧以控制淮河。晋廷震惊，谢安力持镇定，命谢石为前线大都督、谢玄为先锋，与谢琰、桓伊等人率8万北府兵北上救援。
383年10月秦军前锋攻陷寿阳後，苻坚赶往指挥，并派朱序向谢石诸降劝降。但朱序尽洩秦军虚实，并建议速战速决。11月谢玄派刘牢之率五千精兵攻破洛涧，晋军西行，与秦军对峙淝水。12月谢玄向苻坚建议後退决战7]。诸秦将认为阻敌淝水畔比较安全，但苻坚认为半渡而击可主动对决。当秦军後移时，晋军渡水突击，朱序于後军大喊秦军已败。此时秦军大乱，谢玄等人乘胜追击，秦军全面崩溃，苻融战死，苻坚中箭，孤身北返，後由慕容垂护送。此役晋军全面胜利，於东晋历史上意义非凡，史称淝水之战。
战后，谢安都督诸州军事，准备北伐支离破碎的前秦。384年谢安命谢玄、桓石虔率军北伐，谢玄等人自广陵北上，攻克鄄城、广固等地，并修建青州派（水利工程）8]以运送粮草。此役收复山东、河南一带，将领土划至黄河以南。荆州军也成功收复四川、襄阳一带。谢玄继续北上，前锋刘牢之一度打到邺城。但专政朝廷的司马道子忌讳谢氏功高，朝议「以徵役既久，宜置戍而还」，令谢玄回镇淮阴，最后北伐功败垂成。
朋党之乱与桓玄称帝
司马道子为晋孝武帝之弟，甚受信任。淝水之战后谢安谢玄被司马道子排挤，最后相继去世，朝廷逐渐混乱，北府军后由王恭等人统率。桓冲去世後，桓家後来由桓玄领导。390年晋孝武帝对司马道子不满，遂内以王珣、王雅入廷，外以王恭任兖州刺史、殷仲堪任荆州刺史；司马道子也引王国宝及王绪抗衡，朋党乱起。396年晋孝武帝被贵人张氏杀，太子继立，为晋安帝。398年王恭和庾楷上表弹劾王国宝并领兵讨伐，殷仲堪遥援，吴姓世族也发民支持。司马道子畏惧，只好杀王国宝、王绪求和。之後司马道子听从司马尚之建议，任王愉江州刺史为外援。次年王恭联合荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄再度举兵。司马道子命其子司马元显为都督同王愉率军抵御。王愉被击败，联军攻至京师。司马元显收买刘牢之倒戈，王恭败死。殷仲堪与桓玄得知後退至寻阳，由桓玄任盟主，最後双方言和。朝廷为分化殷仲堪势力，任桓玄为江州刺史、殷仲堪为荆州刺史、其部下杨佺期为雍州刺史。399年桓玄杀殷杨二人，并其辖地。
司马元显担忧北府军不可靠，徵江东豪族佃民以建立新军，称为「乐属」。这却使「东土嚣然」，引发民变，399年孙恩率众攻陷会稽，史称孙恩之乱。孙恩世奉五斗米道，五斗米道大受世族及平民信仰。400年孙恩扩张势力，江东豪族9]及五斗米道纷纷响应，江东八郡完全沦陷。401年孙恩偱海路直袭丹徒，京师震撼。刘牢之派刘裕至海盐击败孙恩，孙恩乘船而退，又被刘裕击败。402年3月孙恩为临海太守辛景所败，投海而亡。余众由其妹夫卢循领导。
402年司马元显为免桓玄乘乱偷袭，抢先西征，任刘牢之为先锋，司马尚之为后部。桓玄也率军东下，大破司马尚之，刘牢之认为司马元显无用而倒戈，引桓军入建康。桓玄控制朝廷，诛杀异己，先后杀司马元显与道子，夺取刘牢之兵权，诛戮部分北府将领，提拔北府将领刘裕。桓玄最初有意革新朝廷，但最後豪奢纵欲，政令无常，渐失人心。403年桓玄篡位称帝，建国桓楚。司马遵与毛璩等起兵拥晋后，刘裕同北府旧将何无忌、刘毅举兵，收复建康，桓玄挟晋安帝西撤江陵。而後桓玄又率军东下，被刘毅击败。最后桓玄逃往蜀地，途中被冯迁所杀。桓振、桓谦又挟晋安帝反抗，直到405年肃清桓氏势力，何无忌得以迎晋安帝复位，也掌控了朝廷。
刘裕篡晋
刘裕掌控朝廷，荆州刺史刘毅忌妒，意图举兵。412年刘裕抢先讨伐之，刘毅兵败自杀。谯蜀为东晋叛将谯纵所建。在405年时，益州刺史毛璩率军讨伐江陵桓振，蜀军不愿远征，便推谯纵为主叛晋。随後攻陷成都，杀死毛璩，谯纵也自号成都王。408年晋廷派刘敬宜率军讨伐但失败。413年刘裕派西陵太守朱龄石率军西伐，攻占成都。谯纵败退自杀，谯蜀亡。
卢循为孙恩继承人，桓玄为安抚之任为永嘉太守，但他仍不断袭扰沿海。404年卢循由海路攻占广州，隔年晋廷为安抚而命他为广州刺史。410年卢循趁刘裕北伐南燕之机，与其姐夫徐道覆分二路北伐，合溃刘毅於桑洛州（今江西九江市），乘势攻入京师建康，史称卢偱之乱。此时刘裕已赶回，卢循和徐道覆发生内讧，卢循久攻京师不破，撤守寻阳。10月徐道覆进攻江陵，为守将刘道规所败。12月卢循败於晋军，退守广州。411年刘裕派兵击杀徐道覆。卢循最後於交州被交州刺史杜慧度歼灭，投水自杀，至此乱事平定。
刘裕消灭若干异己後，为了名正言顺称帝，先後发动两次北伐。当时南燕慕容超屡屡入侵，409年刘裕率军伐南燕。於次年攻破南燕都城广固（今山东青州市），擒杀慕容超，南燕亡。而後因卢循叛乱，刘裕回师。後秦因为屡遭夏主赫连勃勃入侵，国势大衰，幼主姚泓初立。416年12月刘裕再度北伐，连克许昌、洛阳。隔年刘裕兵分两路围攻关中，最後攻破长安，後秦亡。但於该年冬天，留守京师的刘穆之突然去世，为免朝廷生变，刘裕不得不亲返。他命其幼子刘义真同王镇恶、沈田子等诸将防守长安，後来诸将内哄，夏主赫连勃勃率军攻击。417年冬刘裕命刘义真等将领率军东归，遭夏军追击，元气大伤，至此北伐结束。关中失守後，刘裕开始积极谋取帝位。同年刘裕杀晋安帝，立其弟德文，为晋恭帝。420年刘裕废晋恭帝自立，建国宋，史称南朝宋，是为宋武帝，东晋至此灭亡。439年北魏统一华北後，至此进入南北朝时期。
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疆域及行政区划
西晋承袭曹魏领土，统一後领有孙吴疆域。疆域北至山西、河北及辽东，与南匈奴、鲜卑及高句丽相邻；东至海；南至交州（今越南北部）；西至甘肃、云南，与河西鲜卑、羌及氐相邻。
西晋政区制度承袭东汉末期的制度，为州、郡、县三级制。於三国曹魏时期有司、豫、兖、青、徐、冀、幽、并、雍、凉、荆、扬十二州，灭蜀汉後分益州置梁州。265年西晋代曹魏後，分雍、凉、梁三州之地设秦州，後分益州地设宁州，後分幽州地设平州。280年灭孙吴後得荆、扬、交、广四州，并将荆、扬两州与原曹魏荆、扬两州合并，共十九州。秦州、宁州曾经废止，後来复置。291年分荆、扬州地设江州，307年分荆、江州地设湘州，至此共二十一州。州以下分郡、王国。晋武帝防止野心世族篡位，制定分封制，依人口多寡封国诸王，有大国、次国、小国三种类型（详见晋朝诸王列表）。但诸王仅得租税，王国如同郡县。诸王的军权，主要来自镇守之地。郡、王国以下为县。县大者置令，小者置长。至於公国、侯国，其地位同县。
淝水之战前後东晋疆域变迁图东晋政区袭承西晋，也是实行州、郡、县三级制。但是其州郡越分越多，辖区缩小。西晋末年，大量流民南渡。东晋朝廷为了安抚侨民及侨姓世族，以原籍州郡县名寄治别处，而无实地，此即侨州郡县。等到安定後实施土断，使其州郡领有实地，户籍和赋役与一般州郡县相同。
东晋政区随其疆域的变化而有增减。由于外族入侵与晋军北伐，北疆时常变动；四川先後出现成汉、谯蜀等国；东南疆域大致固定。晋元帝时期，石勒入侵，北疆只剩淮南江陵一带。成汉占据四川，於347年被桓温灭。桓温发动三次北伐，一度收复山东及河南地区，後败於前燕而止。前秦屡次入侵东晋领土，此时东晋仅剩扬、荆、江、广、交、豫、徐、兖、益、宁七州，及兖、青、冀、司、幽、并、益等侨州，共十五州。383年淝水之战，前秦惨败。隔年谢玄北伐，成功收复黄河、秦岭以南地区。之後东晋内乱，桓玄篡位，谯蜀独立，疆域萎缩。刘裕崛起後攻灭谯蜀并发动两次北伐，收复四川、山东、河南及关中地区。然而刘裕因故返京，将领内乱，夏人入侵，关中得而复失。此时东晋领有扬、北徐、豫、江、北青、司、荆、北雍、东益、宁、交、广、北并、北冀、梁、徐、北兖等十七州，及幽、冀、东秦、青、并、兖、秦、雍等侨州，共二十五州。
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政治体制
两晋的政治体制为世族政治10]。世族的形成源自汉魏，主要由地方豪强、经学世家或累世为官者组成。220年曹魏实施九品中正制作为拔选人才的制度，以取代因战乱而崩溃的察举制度。魏晋时担任审查的中正一般为二品，但二品官几乎为世族，使得世族获得拔选人才的权力。由于拔选往往重视家世而忽略才德，最後形成「上品无寒门、下品无世族」的局面。九品中正制不仅维护门阀统治的主要工具，也构成其一部份。东晋时，世族政治达到巅峰，以侨姓世族为主。随晋室南迁的北方世族为「侨姓」，南方世族则为「吴姓」。东晋朝廷对吴姓世族采取排斥态度，吴姓世族也不愿与其积极合作，久之双方隔阂加深。但随者江南的开发，寒族及吴姓世族也逐渐抬头。
架构方面，朝廷的决策机关与行政机关也逐渐分立。尚书省、中书省及门下省依序独立出来，由汉代的三公九卿制走向隋唐的三省六部制。西晋承袭曹魏，中书监职权甚重，名实方面俱称为宰相。由于地处枢近，虽然官位在尚书令之下，但权力在其之上。同时门下也自中书分到部分权力11]，共同掌管决策，尚书则掌管行政。尚书的内部架构发展较为充分，在西晋即有省、曹、郎曹三级机构，「八座」之官。中书及门下直到东晋方扩张机构，中书省分局曹以协理奏章，门下至晋哀帝时建立门下省。後来皇帝为了提防权力渐盛的中书省，以门下省参与政治以牵制之。两晋的三公虽然无实权为荣誉职，但可为皇帝顾问，该职也用来安置权臣。当时一些权臣，大多以三公录尚书事、加领中书及门下，或加领大将军、持节都督中外诸军事。至於监察制度，御史台成为完全独立的部门，直接由皇帝控制。然而其主要功能为维护皇帝威严，并非扫荡贪污。御史台架构完整，属官分为监察司法的治书侍御史、维持朝殿威权的殿中侍御史和监督官吏是否渎职的侍御史。
律令方面，由于《魏律》内容繁杂，早在司马昭执政时即命贾充、羊祜、杜预、裴楷等人参考《汉律》及《魏律》来修编新法律。267年完成新律，次年颁行全国，此即《晋律》。因於泰始年间颁行，又称《泰始律》。这是魏晋南北朝时期唯一实行全中国的法典。张斐、杜预各别又为《晋律》作注本《律解》（张著）及《律本》（杜著）。经晋武帝批准後，该注与律文具有同等法律效力，所以又与《晋律》统称「张杜律」。这种以注辅文的立法方式影响後世，如唐代的《永徽律疏》。
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