其它机构
太师、太傅、太保为三公。明仁宗之后，三公皆为虚衔，为勋戚文武大臣加官、赠官。太子太师、太子太傅、太子太保，明朝只永乐年间，明成祖幸北京，以姚广孝专为太子太师，留辅太子。自是以后，终明一朝皆为虚衔。他们名为辅导太子，但实际上辅导太子的机构是詹事府。詹事府下设两坊、一局、一厅。此外还有太医院，太医院附属有生药库和惠民药局。二十四衙门（十二监、四司、八局，由宦官所担任）。亲军上直二十六卫，除锦衣卫设有南北两个镇抚司，其他二十五卫各设有一个镇抚司，已上俱不属五军都督府管辖。女官，洪武五年，定为六局一司。永乐后，职尽移于宦官，只保留少数女官。
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疆域区划
明朝疆域
明朝明朝疆域在嘉靖以前大体上是“东起朝鲜，西据吐番，南包安南，北距大碛，东西一万一千七百五十里，南北一万零九百四里。”1100万平方公里。南海的“千里长沙，万里石塘”尽入版图。其声教所讫，岁时纳贡，而非命吏置籍，侯尉羁縻者，不在此数。呜呼盛矣!（《明史·地理志》）
北方
明朝初年，多次对蒙古用兵，并在与蒙古边境一带设置四十余个卫所防卫，包括东胜卫、云川卫、官山卫、全宁卫、老哈河卫等，都是明朝边防重地。其走向大致为阴山－大青山南麓－西拉木伦河一线。15世纪后，由于天气转寒，农耕不济，加上边塞军队被燕王抽调参与靖难之战。因此边境略有南移。永乐期间明成祖多次北伐，边境形势一度改观。但在明朝中期以后，随着蒙古的再次强大，明边再次南迁。并修建长城以防御蒙古，在长城沿线设置九边（辽东、蓟州、宣府、大同、延绥、宁夏、甘肃、太原、固原）重镇加强防御。长城也成为明朝中后期的北边，同时也是农耕区与游牧区的界线。
东北
朱元璋设置辽东都司以经营辽东（东北南部）。明朝多次进军黑龙江流域，招抚女真部落，势力一度达到黑龙江口与库页岛。1409年设置奴儿干都司，共辖130多个卫所。1434年废弃，明朝军队全部退守辽东，将东北北部防务交与隶属明朝的少数民族部族，至万历年间该辖区内卫所增加至384个。明末，建州女真逐渐取代了明朝对东北北部的统治，并进占辽东。
东北邻国高丽，及后来的李氏朝鲜，于明初大肆向北扩张领土，通过招谕、剿杀、驱赶女真部落，使本国疆域不断向北推进，一直拓展到鸭绿江、图们江两江流域。明朝虽招抚了鸭绿江图们江流域的女真部落，却不保护女真人利益，满足于朝鲜的“事大至诚”，任凭朝鲜将鸭绿江东岸图们江南岸的女真领地尽收囊中。1393年，朱元璋放弃了在前元朝双城总管府设立铁岭卫的要求；1403年，朱棣同意将历代属于中国的咸兴以北地区划归朝鲜；从1416年至1449年，朝鲜强行在鸭绿江东岸地区设置“西北四郡”，在图们江南岸地区设置“东北六镇”，李氏朝鲜开疆拓土空前绝后，鸭绿江以东图们江以南的中国领土完全丧失。
西北
洪武时期，明朝西北疆界达到今新疆东部哈密地区，并设置一系列卫所。15世纪后，西北吐鲁番与青海蒙古部日益强大。1472年，哈密卫城一度被吐鲁番攻破，卫内迁，后复，1514年再度被并。15世纪后半期后，西北诸卫全部丧失，明朝退守嘉峪关。
西南
1381年，明朝将西南地区完全划入疆域。并设置一系列土司、宣尉司管辖之，边界达到缅甸中北部、老挝北部、泰国北部一线。但后期这些地区多被周边国家所并。
1406年，明军进攻安南，南限达到日南州一带。次年设置交趾布政使司，安南正式成为明朝的一个行政区，下设十五府、卅六州、两百余县。后因当地势力反抗激烈，1427年明朝罢交趾布政使司，放弃安南。安南再次脱离中国独立，恢复黎氏王朝。
东南
1553年葡萄牙租占澳门，获得停泊船只权，1557年取得居留权。但明政府对葡萄牙人可进行管理，依然拥有澳门主权。
1624年荷兰殖民者进入台湾南部，筑热兰遮城。1626年西班牙殖民者进入台湾北部。1642年荷兰赶走西班牙，占领台湾大部。1661年，郑成功进攻台湾，次年驱走荷兰人，正式收复台湾。
行政区划
1376年（洪武九年）改行省为承宣布政使司，但习惯上仍称“省”。1370年于各省设置一都卫，1375年改为都指挥使司。1428年弃安南后，明朝在全国设置两京十三使司，包括京师（北直隶）、陕西、山西、山东、河南（以上为北五省）、南京（南直隶）、浙江、江西、湖广、四川（以上为中五省）、广东、福建、广西、贵州、云南（以上为南五省）。共设置16都司、5行都司、2留守司。其中十三个是与布政使司同名的都司，其它三个是万全都司、大宁都司和辽东都司。五行都司是陕西（治甘州卫，今张掖）、四川（治建昌卫，今西昌）、湖广（治郧阳卫，今湖北郧县）、福建（治建宁府，今建瓯市）、山西（治大同府）。两留守司是洪武年间设置的中都留守司（今凤阳）和嘉靖年间置于承天府（今湖北钟祥）的兴都留守司。此外，在政教合一的青海、西藏地区设置有乌思藏都司、朵甘都司（实际控制为当地宗教首领八**王分辖各政教中心的寺院，还有各诸侯家属封地），另有置于今甘肃、青海交界地区的哈密、曲先等卫，以上均属羁縻性质，与内地的都司、行都司性质不同。
明朝实行一省分置都、布、按三司的制度，原为防止地方权力集中。宣德后开始派部（六部）、院（都察院）大臣以总督和巡抚的名义督抚地方行政。景泰朝之后成为各省常制。总督主要署理军务，分短期与长期两种。巡抚主理民政，每省皆有，有的一巡抚辖两布政使地，如正统年间和山西河南巡抚。有的一省一巡抚。有的一省几巡抚。如北直隶有顺天巡抚（驻遵化）、保定巡抚（驻真定，今河北正定）、宣府巡抚（驻宣府镇，今河北宣化，一度兼领山西大同府）三巡抚；南直隶有两巡抚：应天巡抚（驻苏州府，今江苏苏州）、凤阳巡抚（驻淮安府，今江苏淮安楚州）。有的在几省交界处设置一巡抚，如南赣韶汀巡抚就越江西、广东、福建三省。
据《明史·地理志》记载，终明一朝有府140，州193，县1138。而根据《明史·兵志二》记载，明有卫493，所359。此外，明还设置了介于省和府、县之间的道。道分为分守道和分巡道两种。明代并改元的路为府，以税粮多寡为划分标准。粮廿万石以上为上府。廿万以下十万以上为中府，十万以下为下府。
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经济发展
私营工商业的发展
明朝无论是铁，造船，建筑等重工业，还是丝绸，纺织，瓷器，印刷等轻工业，在世界都是遥遥领先，工业产量占全世界的2/3以上，比农业产量在全世界的比例还要高得多。明朝民间的工业不断壮大，而官营工业却不断萎缩。
明朝以较短的时间完成了宋朝手工业从官营到私营的演变，而且变化得更为彻底。迄至明朝后期，除了盐业等少数几个行业还在实行以商人为主体的盐引制外，大多数手工业都摆脱了官府的控制，成为民间手工业。所以，如果说中国农业的私有化出现于战国与汉代，那么，中国手工业的完全私有化，则迟至明代。
晚明时中国民间私营经济力量远比同期西方强大，当英国商人手工场业主拥有几万英镑已算巨富时，明朝民间商人和资本家动用几百万两的银子进行贸易和生产已经是很寻常，郑芝龙海上贸易集团的经济实力达到每年收入数千万两白银，当时荷兰的东印度公司根本无法与之相抗衡。
在商业都市的发展规模、人口城市化状况和市场化程度方面：16世纪的欧洲城市规模较小，1519年至1558年时期，拥有2万至3万人口即可称为“大城市”。根据德国地理学家奥尔布里希特的计算，1600年以前，欧洲的城市人口不到总人口的5％。16世纪初，欧洲没有一座突破20万人口的城市，拥有10万至20万人口的城市也只有5座；直至16世纪末至l7世纪初期，人口在15万以上的商业城市才上升为4座。从城市规模和人口比例看，晚明中国的城市化程度反倒稍高一些。据伊懋可的数据，中国城市人口在明朝末年占到总人口的6％至7.5％。据曹树基的估计，1630年时中国城市化率已达到8％。
商业的空前繁荣
明代中后期，农产品呈现粮食生产的专业化、商业化趋势。江南广东一大片原来产粮区由于大半甚至**成都用来生产棉花甘蔗等经济作物而成为粮食进口区，其它一些地方则靠供给粮食成为商品粮食出口区。
嘉定地区因植棉业发展，“邑中种稻不能什一”，加上商业人口剧增，本地产粮不足以自饱，必须仰食四方。
长江三角洲一带是当时桑、棉经济作物和手工业最发达的地步，常思患粮食不足……区域内调剂甚繁。但整个区域仍有不足，须由湖北，江西，安徽运入，所谓“半仰食于江、楚、庐、安之栗”。
一般粮食作物的种植，主要有稻、麦、粟、梁、黍、菽等多种谷类；某些本来可以自给的区域，由于手工业的发展，非农业人口的剧增，或经济作物种植面积的不断扩大，使本地生产粮食不能满足需求，因而每年需从外地输入大量粮食。
不少土地主缙绅也逐步将资金投向工商业，“富者缩资而趋末”，以徽商、晋商、闽商、粤商等为名号的商帮亦逐渐形成，并在一定地区和行业中有着举足轻重的地位。农业人口转为工商业者的数量急增。明代戏曲理论家何良俊比较正德前后，说：昔日逐末之人尚少，今去农而改业为工商者，三倍于前矣。昔日原无游手之人，今去农而游手趁食者，又十之二三矣，大抵以十分百姓而言，已六七分去农……今一甲所存无四五户……则空一里之人，奔走络绎于道路。谁复有种田之人哉。吾恐田卒污莱，民不土著，而地方将有土崩瓦解之势矣。可不为之寒心哉。
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科技成就
天文气象
十四世纪中叶的《白猿献三光图》（作者不详）载有132幅云图，并与天气变化联系起来，绝大部分与现代气象学原理相一致。（欧洲到1879年才出版只有十六幅的云图。）
1383年南京设京师观象台1439年造浑天仪置北京（1900年被八国联军德国劫走，1921年索回，置南京紫金山天文台）。
1442年北京设观象台。
1446年建晷影堂(位于北京古观象台西南侧)
1607年李之藻撰《浑盖通宪图说》刊行(介绍西方天文观阐释浑天说)1617年张燮著《东西洋考》记载海洋占候等的详细资料。
1634年正式安装我国第一架天文望远镜：“筩”(yong)
1643年出版《崇祯历书》。
数学物理
1450年吴敬撰《九章算法比类大全》
1524年王文素著成54卷总计1500多问近50万字《新集通证古今算学宝鉴》。
1584年朱载堉著《律吕精义》出版
1592年程大位撰《算法统宗》最早记载使用珠算方法开平方和开立方。1606年徐光启与利玛窦开始合译《几何原本》。
1613年李之藻据西人克拉维斯《实用算术概论》和中国程大位《算法统宗》编译而成《同文算指》。
1637年，宋应星在《论气·气声》中对声音的产生和传播作出了合乎科学的解释，认为声音是由于物体振动或急速运动冲击空气而产生的，并通过空气传播，同水波相类似。方以智在《物理小识》卷2中提出：“宙（时间）轮于宇（空间），则宇中有宙，宙中有宇。”提出了时间和空间不能彼此独立存在的时空观。在《物理小识》卷1中正确地解释了蒙气差（即大气折射）现象。民间光学仪器制造家孙云球制造放大镜、显微镜等几十种光学仪器，并著《镜史》（已佚）。
医学