燕王道：“他**死了。”
方孝孺又道：“何不立成王子？”
燕王道：“国赖长君，不利冲人。”
方孝孺道：“何不立成王弟？”
燕王语塞，无可置词，勉强说道：“此朕家事，先生不必与闻。”
方孝孺还想再说，燕王已顾令左右，递与纸笔，又婉语道：“先生为一代儒宗，今日即位颁诏，烦先生起草，幸勿再辞！”
方孝孺投笔于地，且哭且骂道：“要杀便杀，诏不可草。”
燕王也不觉气愤，便道：“你何能遽死？即便你不怕死，难道不顾念九族吗？”
方孝孺厉声道：“便灭我十族，我也不怕。”说到这里，拾笔大书四字，掷予燕王道：“这便是你的草诏。”
燕王不瞧犹可，瞧着纸上，乃是“燕贼篡位”四字，触目惊心，不由大怒道：“你敢呼我为贼吗？”喝令左右用刀抉方孝孺口，直至耳旁，再驱使到狱中。下令收方孝孺九族，并及朋友门生作为十族，每收一人，便给方孝孺看。方孝孺毫不一顾，于是一律杀死
最后将方孝孺牵出聚宝门外，加以极刑。方孝孺慷慨就戮，赋绝命词道：“天降乱离兮，孰知其由？奸臣得计兮，谋国用犹。忠臣发愤兮，血泪交流。以此殉君兮，抑又何求？呜呼哀哉！庶不我尤。”
方孝孺的弟弟方孝友，也被逮就戮，与方孝孺同死于聚宝门外。临刑时，方孝孺对他泪下，方孝友口占一诗道：“阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。”这就是成语难兄难弟的来历。
方孝孺妻郑氏，及二子中宪、中愈，皆自刭。二女年未及笄，被逮过淮河，俱投河溺死。宗族亲友及门下士连坐被诛，共八百七十三人，廖镛、廖铭等俱坐死。
道衍提起往事，见逼得朱棣亲口答允他了，当下勉力坐起。朱棣见了，惊道：“少师但有心事，说出来就是，不必如此！”
道衍咳道：“陛下，和尚最后求您一事，请您下令宽恕建文帝主录僧，令他们自由吧！”
道衍的话一出口，朱棣一下作声不得，抚须沉思起来。
道衍说的事大有来历，朱棣打败了侄子建文帝朱允炆，攻进京师应天。建文帝朱允炆听闻之后，便欲拔刀自尽。少监王钺在侧，忙跪下道：“陛下不可轻生，从前高皇帝升遐时，曾有一箧，付与掌宫太监，并遗嘱道：‘子孙若有大难，可开箧一视，自有方法。’”
程济插口道：“箧在何处？”
王钺道：“藏在奉先殿左侧。”
左右闻了此言，都说大难已到，快取遗箧开视。建文帝忙命王钺取箧，一会儿，有四个太监扛一红箧入殿，这箧很沉重，四围都用铁皮包裹，连锁心内也灌生铁。
王钺取了铁锥，将箧敲开，大家注视箧中，都以为有什么秘缄可以退敌。谁知箧中藏着度牒三张，—名应文，一名应能，一名应贤，连袈裟僧帽僧鞋等物无不具备，并有薙刀一柄，白银十锭，朱书一纸，纸中写着：“允炆从鬼门出，余人从水关御沟出行，薄暮可会集神乐观西房。”
建文帝叹息道：“命该如此，还有什么可说的？”
程济取出薙刀，与建文祝发。吴王教授杨应能，因名符度牒，与建文帝一起落发。
监察御史叶希贤道：“臣名希贤，宜以应贤度牒属臣。”也剃了头发。
三人脱了衣冠，披着袈裟，藏好度牒，整备出走，一面命令纵火焚宫。顿时火光熊熊，把金碧辉煌的大内尽行毁去。皇后马氏，投火自尽，妃嫔等除出走外，多半焚死。
建文帝痛哭一场，便欲动身。在殿尚有五六十人，都伏地大恸，愿随出亡。建文帝道：“人多不便出走，你们各请自便。”
鬼门在太平门内，系内城一矮扉，仅容一人出入，外通水道。建文帝伛偻先出，其余几人也鱼贯出门。门外适有小舟待着，舟中有一道装老人招呼建文帝乘舟，并叩首口称万岁。
建文帝问他姓名，他道：“姓王名升，就是神乐观住持。昨夜梦见高皇帝命臣来此，所以舣舟守候。”
帝与九人登舟，舟随风驶，历时已至神乐观，由王升导入观中。时已薄暮，俄见杨应能、叶希贤等十三人同至，共计得二十二人。
建文帝道：“我已为僧，此后应以师弟相称，不必行君臣礼了。”诸臣涕泣应诺。
廖平道：“大家随师出走，原是一片诚心，但随行不必多人，更不可多人，就其中无家室牵累，并有膂力可以护卫者，方可随师左右，至多不过五人，余俱遥为应援，可好么？”
建文帝点头称是。于是席地环坐，由王升呈进夜膳，草草食毕。约定杨应能、叶希贤、程济三人，陪伴在建文帝身边。应能、希贤称比邱，济称道人，郭节、宋和、赵天泰、牛景先、王之臣数人，往来道路，给衣运食。彼等俱隐姓埋名，改号称呼。余十数人分住各处。建文帝又与诸人计议道：“我留此不便，不如远去滇南，依西平侯沐晟。”
史彬道：“大家人太多了，敌人耳目众多，而且不知动向，倘或有人告密，反生滋害，不如往来天下，东西南北，皆可为家，何必定去云南？”
建文帝觉得大有道理，是夜便寄宿馆中。天将晓，建文帝足痛不能行走，便由史彬、牛景先二人，步至中河桥，觅舟往载。
正好有一艇到来，船夫是吴江人，与史彬同籍。史彬和他相识，问明来意，才知是史彬家人差遣来探消息的。史彬大喜，回去报告建文帝，建文帝便到了史彬家，同行为叶、杨、程、牛、冯、宋、史七人，其余的都告别各自回家，只是订了后会之期。建文帝在史彬家，居室西偏曰清远轩，建文帝改名水月观，亲笔用篆文书写。
等到燕王即位，削夺逃亡诸臣官衔，并命礼部行文，追缴先时诰敕。苏州府遣吴江邑丞巩德，到史彬家索取诰敕等件，史彬和他相见，巩德道：“建文皇帝听说在你家，是否属实？”
史彬惊道：“这是没有的事！”巩德不信而去。
建文帝闻着此信，知道难再住了，于是与杨、叶两比邱，及程道人，别了史彬，不知去向。
建文帝好文章，善作诗歌，曾经过贵州，题诗壁间，留有二律云：
风尘一夕忽南侵，天命潜移四海心。
凤返丹山红日远，龙归沧海碧云深。
紫微有象星还拱，玉漏无声水自沈。
遥想禁城今夜月，六宫犹望翠华临。
阅罢楞严磬懒敲，笑看黄屋寄团瓢。
南来瘴岭千层迥，北望天门万里遥。
款段久忘飞凤辇，袈裟新换衮龙袍。
百官此日知何处，唯有群乌早晚朝。
朱棣知晓建文帝当了和尚，便命给事中胡潆等人专管此事，寻遍天下，在和尚中物色建文帝，久之不得，都已经十余年了。
道衍见朱棣想了良久仍是犹豫不决，就又道：“相传先帝高皇帝襄助他，陛下何必赶尽杀绝，日后在地下怎么见先帝？”
朱棣听了，震惊不已，咬牙道：“好，明日我就下令宽恕天下所有和尚！”