周显最近很忙，虽然将刘泽清驱逐到了运河之西，但近十万大军崩散而逃。他们无法逃过河去和刘泽清会和，便只能散于济南府内的诸县。
比较好的，他们在自己领将的率领下，向南或者向西逃。南面是李定国，西边是李岩，不愿归降周显的他们逃向那里向两人投降。而其他的，情况则要惨上很多。为了活下去，没有约束的他们或上千人，或几百人，乃至十几人，几个人合在一起，四处洗劫村庄，抢夺金银和吃的。
本来已经深受兵灾之乱的济南府百姓，再一次遭受了一次灭顶之灾，不少村庄被屠杀的一个不剩。但哪里有欺压，哪里就有反抗。无数百姓在本地乡绅的组织下也自主的汇聚在一起，他们拿起锄头、棍子抵抗这些乱兵。不少逃脱官军追杀的叛军士卒没死在战场上，反而被普通百姓乱棍打死。
周显占据济南城后，却没有立即派兵去清剿这些逃散的叛军士卒，而是下令全军休整。直到后来，俞百易率领新招募的万余新兵到达，周显才从勇字营挑出了两个千人队。每一百个老卒，配上六百新兵，再加上选出的三百叛军俘虏，前去接收周边诸县，并积极出击，到处清剿这些乱兵。
而剩余的兵卒，除了白翥率领近四千士卒驻扎在德州外，剩余的都集中于济南城中。即使后来贺锦出兵占据了曲阜，在泗水对岸设立防线，周显依旧没有出兵。只是让孙轩率领千余骑兵和仁字营的两个千人队返回泰安，增援谈时迈，帮助他稳住局面。
之所以如此，是因为周显还忙着整肃济南城的诸多事情。
在夺取济南城的第二天天明，周显下令全城搜索还未出来投降的叛军将士。一日间，便搜出来了近两千人，全部被他下令斩首在西门口。一时间人头滚滚，彻底震慑了城中的百官和乡绅。本来还混不在意的他们顿时慌了，连忙通过各种关系联系周显，送钱送粮，只愿讨得一命。
看着这些人滑稽的表演，周显没有过多理会，只是下令照单全收。而另一方面，他利用现有的资源从俘虏中挑选精壮士卒，并将他们打散后编入自军。而之前和刘泽清交战俘获的两千余匹军马被周显交给了武志英，让他从全军挑出两千会骑马的加以训练。
在政务方面。以前，刘泽清为了加强控制，将大部分官吏都放置在济南城中。而周显在拜访了谢升之后，听取了他的建议。
首先归顺刘泽清的诸多官吏，和跟随刘泽清反叛的军中将领一起被押解到京师，家产全部没收。受刘泽清挟持而被迫归降者，依罪而定，大部分任从轻处罚，按照他们的官职降一级或两级继续录用。而对于那些拒不归顺，被刘泽清斩杀或者免官者，抚恤其亲属，或重用其本人。
只不过在实施过程中，周显没有完全依照他们是否从贼这种简单的标准进行处罚，而主要看他们本身的才能。对于一些实干的人，周显一般不动他们的官职。而对于一些腐儒，大部分时候是被周显一罢到底。
在高名衡到达济南之前，周显已经任命八成以上的州官、县吏。他虽然对周显这样的恣意行事有所不满，但也无可奈可。毕竟，军权完全掌握在周显手中，而且刘泽清之乱还未完全被平定。