回到留城，部队带回营地，由赵云统率训练龙骑营，由张辽带高顺亲自训练的三十人统率训练陷阵营。而刘琦则得到短暂的安宁。陪貂蝉张宁一起读书，与郑玄一起研究《算术》，同左伯毛弦讨论书法改进造纸……生活轻松而充实。
公元187年，中平四年。
二月，荥阳农民起义。斩杀中牟令落皓及主薄潘业。三月，河南尹何苗带兵平叛，义军败。
韩遂杀边章及北宫玉伯、李文侯，进攻陇西。陇西太守李相如反叛，与韩遂结盟。
八月，原中山太守张纯纠结原泰山大守张举反叛。与乌桓大山丘力居结盟，杀护乌桓校尉公綦稠、右北平太守刘政、辽东太守阳众。汉灵帝命南匈奴单于羌渠率兵随幽州刺史刘虞进讨张纯，休屠各胡反。又令骑都尉公孙赞率兵平叛，公孙赞大胜于石门。
同时，长沙区星率众造反。朝庭任命孙坚为长沙太守，剿灭区星。孙坚因平叛有功被封乌程侯。
而留城的刘琦则与郑玄一同完成《算术》的编注，与左伯毛弦改进的“左伯纸”初成。
赵云多次率龙骑营突进草原腹部驱逐鲜卑部落，步度根不堪受扰，下令西部各部落纷纷北迁。“大汉龙骑”响彻大草原，赵云也赢得“龙胆将军”称号。
十一月，郑玄的学生大儒管宁携东莱人太史慈到留城。刘琦大喜，任太史慈为龙骑营副统领，随赵云训练骑兵。管宁则随郑玄专心治学教书。
同年，大儒陈寔病逝，终年84岁。海内学士三万余众前往吊孝。
公元188年，中平五年。
二月，郭太等黄巾余众在西河郡白波谷再度起事，联合反叛的南匈奴休屠各部，攻略太原河东等地。西河郡守刑纪被休屠胡人杀死，南匈奴单于羌渠被杀，刺使张懿战死。并州大乱。
三月，太常刘蔫以天下兵寇不息，刺史手中无兵权难以安定天下为由，上书灵帝，改刺史为州牧，加重其职权。灵帝为镇压此起彼伏的农民起义，采纳刘蔫见议，改刺史为州牧，并选派列卿、尚书出任州牧。宗正刘虞改任幽州牧，太常刘蔫任益州牧，太仆黄琬为豫州牧。于是州牧成为居于郡守之上的行政长官，拥有一州的行政大权，位高权重。从此州牧各据一方，形同割据，也加剧了汉末诸候纷争局面的形成。
六月，益州马相、赵祗起兵叛乱，杀刺史却俭。益州从事贾龙聚州郡兵讨代，迎刘璋为入川。
八月，灵帝见外威何进拥兵过重，为了制衡权势熏天的何进、何苗兄弟，在西园置统帅部，组建新军。新军没八校尉：上军校尉宦官蹇硕、中军校尉袁绍、下军校尉鲍鸿、典军校尉曹操、助军左校尉赵融、助军右校尉冯芳、左校尉夏牟、右军校尉淳于琼。上军校尉蹇硕成为全国最高军事统帅，外戚大将军何进与宦官“十常士”势同水火。
同年，太行山一带黄巾余众在张燕带领下，居山立寨，北扰并州，南袭冀州，称“黑山军”。
十一月，王国叛乱，兵围陈仓，灵帝拜皇甫嵩为左将军，督前将军董卓，引兵四万，前往围剿。
丁原上任并州刺使后，招各郡兵马于太原聚集，说是要剿灭白波军及南匈奴叛军。张杨引河西郡兵，吕布引五原郡兵，郭缊引雁门郡兵响应。